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myexperiment8

워크플로우를 사용하는 e-Scientists와 Social Networking 얼마전 [네트워크와 융합과학] 암세포 연구에도 '네트워크' 이론 적용이라는 기사를 본적이있다. 간단하게 요약하자면 인터넷과 같은 정보 네트워크에서 연결선이 많은 허브를 가지고 있고 이러한 허브가 존재하는 척도 없는 네트워크는 인터넷과 같은 정보 네트워크에서만이 아니라, 단백질 상호작용네트워크에서도 허브 단백질의 존재가 있어 이 또한 척도 없는 네트워크를 형성하고 있다. 이렇듯이 인터넷 시대를 맞이하여 정보교환이 활발해지고, 서치엔진의 발달로 각 연구 분야에에서 숨겨져 있던 연구결과들이 드러나고있다. 이러한 연구결과의 융합으로 새로운 연구의 창출 노력이 일어나고 있다는 것이다. 이 글은 융합과 허브라는 두 단어로 마무리된다. 허브를 통한 정보의 교환, 공유, 협업 그리고 새로운 융합의 탄생... 그러다가 .. 2007. 8. 30.
KOBIC의 Biopipe 경진대회 - 삼일째 오후 어제 포스팅에서 언급했던것과 같이 Biopipe를 통해 문제를 해결하려고 Biopipe 사이트에 들어가서 차근차근 진행하다가 내가 잘못해서 그런지 몰라도 처음부터 꽉 막혀 버렸다. WSDbfetch_fetchData를 통해서 서열을 얻고 이를 protein 서열로 바꾸기 위해nucleic_translation_transeq를 사용했다. 각각의 모듈을 독립적으로 실행시 잘 돌아간다. 전체적으로 돌리면 아무런 반응이 없다. 시간이 흐른뒤 점심을 먹고 다시 해보니 잘 된다. 이런 QnA란에 올랐던 글을 지웠다. 아직 답변이 올라오기 전이라. 내가 뭔가 잘못했던건가??? 그래 이번엔 searchSimple을 통해 protein 서열에 대해 blastp를 수행하려고 했다. nucleic_translation_tr.. 2007. 8. 23.
실험을 공유하자 두번째 이야기 - myexperiment 저번 포스팅에서더 잠깐 언급했지만 드디어 myexperiment가 클로즈 베타 테스트를 실시하고 있습니다. 메일을 보냈더니 2~3일 후에 접근 권한을 주는 메일이 와서 어제 한번 쭉 둘러보았다. myexperiment는 작게 보면 Taverna라는 워크플로우 디자인 도구의 결과물(일련의 실험 과정)을 서로 공유하는 web2.0스러운 bio science 관련 웹페이지라고 보면 될것이다. Taverna는 가장 대중적인 웹 서비스 워크플로우 디자인 도구로서 EPSRC(Engineering and Physical Sciences Research Council)의 펀드의 myGrid 프로젝트의 일부로서 GNU Lesser General Public License(LGPL) 하에서 자유롭게 사용이 가능하다. 또한.. 2007. 7. 26.
실험을 공유합시다. 영국에서는 e-Biologist를 위해 Grid, Web Services, Semantic Web을 통한 myGrid라는 workbench서비스를 제공하고 있다. myGrid 프로젝트중 Taverna라는 Open Source로 진행되는 workflow 툴이 있는데, 여기서 더 나아가 myExperiment를 통해 workflow를 공유하고 발전시키려는 프로젝트를 진행하고 있다. 2007. 7. 2.