유전자정보분석

개인 유전체 데이터의 시각화 2

hongiiv 2013. 4. 24. 14:13
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저번 시간에 이어 두번째 개인 유전체 데이터의 시각화에 대한 이야기 입니다. 오늘은 Genome browser를 비롯한 다양한 시각화 방법에 대해서 알아보겠습니다.  지난 시간을 정리 한다면 다음의 두 가지로 요약될 수 있습니다.

  • 테이블 형태의 개인 유전체 데이터 시각화 : 일반인들에게 익숙하고 요약된 정보를 보여주는데에 적합
  • Ideogram을 이용한 개인 유전체 데이터 시각화: 유전체 데이터를 시각화함에 있어 염색체 모양을 이용하는 방법 
Linear genome browser
지도는 위도/경도의 두개의 값을 통해서 특정한 위치에 접근이 가능한것처럼 genome 데이터는 염색체번호 염색체상의 일련의 linear한 위치로 접근이 가능하다. 앞에 놓인 자(scale)를 보면 쉽게 이해가 갈것이다. 많은 genome browser들이 바로 이러한 컨셉을 기반으로 정보를 visualization하며, 대표적으로 UCSC에서 만든 UCSC Genome Browser가 있다. 이러한 linear genome browser는 다음과 같은 특징을 가지고 있다. 
  • linear한 좌표를 이용하여 정보를 표시
  • 좌표 하단에 여러개의 트랙에 정보를 표시하는 형태로 정보를 전달
  • 각 트랙에는 다양한 타입의 정보를 통합하여 표시
  • 사용자는 중 인/아웃 기능을 통해 레벨에 따른 다양한 정보를 표시 (네이봉지도를 보면 줌아웃하면 개략적인 정보만 보이다 좀인하면 디테일하게 보이듯이) 


환상 (써클) 모양 browser
linear를 구부려서 양말단을 이어주면 바로 환상의 browser가 된다. 대표적으로 Circos나 MitoWheel 등이 있다. 미생물처럼 비교적 크기가 작거나 암 유전체에서 rearrangement 정보를 표시하는데 그만이다. 또한 두 종을 각각 반원에 표시하여 두종간의 homologous segment를 표시하는 등의 다양게 활용이 가능하다.


지도와 같은 Browser
지금까지 linear하게 즉, X값만을 이용하여 genome 정보를 표시하는데 반해 지도와 같이 x, y의 좌표를 모두 이용하여 정보를 표시하는 방법이다. 

직접 genome browser 만들기
jBrowse는 데이터를 직접 커스터마이즈하여 자신의 데이터를 볼 수 있도록 해준다. 현재 genomeunzipped에서 개인 유전체 데이터를 브라우징하는데에 사용하고 있다.

결론
바빠서 마무리 못함. 


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