단맛만좋아요

NGS 데이터를 가지고 variation을 찾고 annotation하는데 정답이 있을까요? 뭐 굳이 찾는다면 Broad에서 1000 Genomes Project를 하면서 우리 이렇게 했어!!라고 내놓은것쯤 되려나요? 암튼 또하나의 NGS 데이터를 분석하는 파이프라인, 딱풀이 나왔습니다. 왠 딱풀이냐 @.@ 걍 전 딱풀이라고 부르겠습니다. 근데 이딱풀 그저 그런 딱풀인데, 멋지구리하게 포장해놨습니다. 바로 이런 능력이 필요한데 말이죠. 그럼 딱풀 포장 벗겨보겠습니다. Nat Biotechnol. 2012 Mar 7;30(3):226-9. doi: 10.1038/nbt.2134.Detecting and annotating genetic variations using the HugeSeq pipeline.La..

요즘 많은 연구자분들이 genome 관련 데이터를 자신의 연구에 사용하고 계십니다. 이에 따라서 국내에서 많은 교육과정이 생겨나고 꾸준히 진행되고 있습니다. 여기서는 현재 제가 아는 대표적인 과정들을 넣어 놓았으니 참고하시기 바랍니다. KOBIC 차세대 생명정보 교육 프로그램 (http://education.kobic.re.kr) KOBIC(국가생명연구자원정보센터)에서는 현재 7회까지 차세대생명정보학 교육이 이루어지고 있는데요. 간간히 NGS 관련 교육이 올라오고 있습니다. 년간 교육계획을 보면 지난해 12월에 이어서 오는 4월에도 NGS 관련 교육이 있을 예정이더군요. WGS (Whole Genome Sequencing), WES (Whole Exome Sequencing), Epi-Genome, RN..

오늘 GenomeWeb 기사를 보다가 "Life Tech to Partner with Dx Companies on Clinical Use of Ion Torrent"라는 기사를 보았습니다. 여기서 몇개의 단어만 바꾸면 "Genomics to Partner with Hospital on Clinical Use of NGS tech"가 되겠죠. 그렇습니다. 이게 요즘 화두입니다. 그래서 이에 대한 제 생각을 두서없이 한번 적어보려고 합니다. 물론 내용 중에 사실과는 다른 잘못된 부분이 있을수도 있고, 제가 많이 배우지 않아 관점을 벗어나거나 큰 그림을 못 보고 지껄이는걸 수도 있습니다. 그렇다면 과감하게 그냥 넘어가세요. ㅋㅋㅋ 미국: 국가차원 미 국립보건원(NIH)은 $5억를 유전체 시퀀싱에 기반한 진단 ..

KPGP 공개 데이터를 가지고 분석하기 전에 그들간의 어떠한 연결 고리가 있는지 확인하는 방법에 대해서 저번 포스팅에서 잠깐 다루었습니다. 실제 모든 KPGP 공개 데이터를 가지고 kinship을 분석해 보니 제가 원하던 결과가 나오지 않아서 현재 좀 의하한 상태입니다. Genome 연구에서의 데이터 공개의 의미 공개된 genome 데이터는 기본적으로 그들간의 kinship이 있어서는 안됩니다. 아니 있어도 됩니다. 하지만, 혈연관계가 있다면은 마땅히 그 정보 또한 공개되어야 합니다. 그래야만 완벽한 공개 데이터라고 할 수 있습니다. 기본적으로 genome 데이터는 부모에서 자식에게로 유전되는 즉 관계가 있는 데이터입니다. 따라서 자신이 어떠한 연구를 수행하는냐에 따라서 이러한 혈연관계가 있는 데이터를 ..

Galaxy를 이용한 NGS 데이터 분석에 대한 두번째 시간이자 마지막입니다. ^^;; 본 문서는 크게 3부분으로 구성되어 있습니다. 다음 시간에는 Galaxy를 비롯한 OpenSource 진영과 상용 분석툴에 대한 내용과 실제 Whole genome 데이터를 다룰때 고려해야 할 점과 좀 더 자세한 분석 옵션과 고려할 사항들에 대해서 이야기 해보도록 하겠습니다. 당장 나에게 NGS 데이터 분석이 필요없다고 하시는 분들도 한번쯤은 읽어보시고, 어떻게 데이터 분석이 진행되는지 한번 살펴보는 것도 좋을 듯 합니다. 그럼 즐거운 주말 보내세요 ^_________________^;; 혹시 잘못된 부분이나 추가할 부분이 있으시다면 댓글 부탁드립니다. >> Galaxy를 이용한 NGS 분석 PDF 파일 다운로드하기

Galaxy를 이용한 NGS 분석 첫번째 - Read 데이터 QC 입니다. pdf로 제작 배포합니다. 다운로드는 여기를 클릭