단맛만좋아요

범죄 수사에 있어서 DNA는 STR profile, 미토콘드리아 DNA 염기서열이 가장 많이 사용되고 있다. 더불어 이에 대한 각종 연구와 데이터베이스 또한 잘 연구/구축되어 있다. 미국 FBI는 미국의 각 주정부와 연결된 범죄자의 유전자를 조사를 실사하는 CODIS라는 시스템을 갖추고 있으며, 이 시스템에는 400만명의 DNA 자료가 축적되어 있다고 한다. 미국 FBI는 표준 13개의 STR을 검사하고 이를 통해 신원을 파악하는데에 이용하고 있다. 이는 13개라는 비교적 적은 수의 마커를 통해 강력하게 개인 식별이 가능하기 때문에 많이 사용되고 있다. 911과 DNA 그리고 IT 인프라 그러나 911과 같이 시신이 많이 훼손된 경우 온전하게 13개의 STR 마커를 확보하기 어려웠기 때문에 STR, 미토..

요즘 유럽이 장출혈성 대장균 (EHEC, enterohemorrhagic E. coli)으로 인해 떠들썩하다. 대장균(colon bacterium, 학명은 Escherichia coil,Escherichia속 세균의 1종)은 사람이나 동물의 장 속에 사는 세균으로 특히 대장에 많이 존재하기 때문에 대장균이라고 불리운다. 질병관리본부 국립보건연구원 감염병센터(7과)의 장내세균과에서 이러한 장출혈성 대장균에 대한 연구가 이루어지고 있다. "중국 BGI에서는 이 장출혈성 대장균이 서로 다른 2종의 박테리아가 결합된 변종으로 치명적인 유전자를 갖고 있다고 밝혔다. STEC(시가 톡신 생성 대장균, Shiga toxin producing Escherichia coli)로 불리는 변종으로 판명된 이 박테리아는 중앙..

벌써 몇 년전부터 데이터 쓰나미라는 표현이 딱 들어 맞는 일들이 생명공학 분야에서 일어나고 있다. 그때마다 도마위에 올라오는 이야기는 바로 그리드, 클러스터, 슈퍼컴퓨터, 클라우드라는 단어들이었고 이러한 하드웨어와 맞물려서 MapReduce와 HDFS™의 기반의 Hadoop이 언급되었다. 아니 지금도 다들 바이오인포매틱스에는 하둡이 필요하다고 말하고 있다. 하지만 Hadoop은 하나의 플랫폼으로 이를 실무에서 사용하기에는 하드웨어 및 이에 따른 설정이 그리 쉽지만은 않은 상황이다. 요즘 누구나 다 바이오인포매틱스와 Genomics에 불을 켜고 마치 가로등에 나방들을 보고 있는 것 같은 상황에서 변변한 Hadoop 플랫폼 하나 제공하고 있지 못하는 국내의 현실을 보면 그저 안타까울 뿐이다. 특히나 의사결정..

얼마전 미국 뉴욕 지방 법원 로버트 스위트 판사는 2010년 3월 29일 미국시민자유연맹(ACLU)이 생명공학 업체인 미리어드 제네틱스를 상대로 유전적 유방암 진단에 대한 특허에 대한 무효화 소송에서 특허에 대해 단순히 인체에서 일어나는 작용을 규명했을뿐 이는 특허로 보호 받을 만한 대상이 아니라는 판결을 내렸다. 지금까지 알려진 당신이 지니고 있는 유전자 중 20%는 당신에게 권리가 없다 1998년 10월 미국 특허청이 생명공학회사인 인사이트에게 최초로 인간 유전자에 대한 특허를 내준것을 시작으로 지금까지 많은 생명공학회사들은 인간 유전자에 특허를 신청했다. 생명공학 회사들은 유전 질환에 대한 치료약을 개발하거나 검사에 대해서 치료법을 제어 할 수 있도록 특허 권리를 챙기고 있으며, 지금까지 알려진 유..

내과의사는 아니지만 간간히 관심있는 주제의 논문들이 발표되어 NEJM을 보게 된다. 오늘은 2011년 2월에 나온 "Whole-Genome Sequencing and Social-Network Analysis of Tuberculosis Outbreak (결핵 유행에서의 홀 지놈 시퀀싱과 사회연결망 분석)"라는 논문이다. 여기서 혼동하지 말아야하는 부분이 있는데, 요즘 자주 접하게 되는것이 바로 Social-Network라는 용어인데, 흔히 facebook과 것은 Social Network Service (SNS)라고 하며, Social-Network Analysis(사회연결망 분석)은 인터넷 공간에서의 사회적인 관계가 아닌 실제 사람과 사람간의 관계를 통한 네트워크이며 이를 분석하는 것이다. 즉, 논문..

예전에는 갖고 싶었던 것도 많았는데... 그중에 하나가 PSP였다. 휴대용 게임기로 예판때 구입했던 기억이... 그리고 아이폰 역시 잠실운동장에서 줄서서...ㅋㅋㅋ 그런데 꽤 오랫동안 내 마음을 뺏는 stuff가 없었다. 그런데 그만 하나 덜컥 생겨버렸다. 오늘은 내 마음을 사로잡은 요놈을 한번 소개해보려고한다. 큰 놈 하나 작은 놈 하나 NGS 시퀀싱 장비하면 Illumina, Roche, Life Technologies(이하 LT)라는 세 회사가 주름을 잡고 있다. Roche는 타미플루하면 생각나는 기업이겠지만 NGS 장비도 만드는 회사중 하나이다. 요즘 이들 회사에서 밀고 있는 시퀀서 모델은 각각 HiSeq, Genome Sequencer, SOLiD 로 장비 가격만으로도 몇 억원을 호가하는 장비들..