단맛만좋아요

오늘은 후성 유전체 두 번째 시간으로 첫 번째에서는 유전체 발현에 DNA상에서의 메틸레이션의 영향에 대해서 살펴봤다면, 오늘은 DNA가 감싸고 있는 히스톤에서의 메틸레이션에 대해서 살펴보고자 한다. 우선 DNA는 인간의 세포핵속에서 30억 bp정도의 염기 형태로 죽 늘어져 있는것이 아니라 히스톤이라는 단백질에 감겨져 있다. 어머니가 실을 실패에 감싸서 실이 엉키지 않도록 보관하고 바느질을 하실때 실패의 실을 풀어서 사용하시는 것처럼 30억 bp DNA(실)는 실패(히스톤 단백질들)에 잘 감겨져 있다. 우리가 흔히 보는 X자 모양의 DNA들은 히스톤 단백질에 감겨져 있으며, 이렇게 감겨진 DNA와 히스톤 단백질을 가리켜 뉴클레오좀이라고 부른다. (출처: http://jasmine71.wordpress.co..

언제부턴가 후성유전체라는 단어가 유독 귀에 거슬리기 시작했다. 언제부터였더라??? 그 동안 DNA만 가지고 놀기도 바빠 죽을 지경이고 DNA도 몰라서 버벅 거리고 있는데 후성유전체는 또 뭐란 말이냐! 우선 인간의 DNA는 초등학교만 졸업하더라도 A, T, G, C의 네개의 염기로 구성되어 있다는 것쯤은 알고 있을 만도 하다. 염기(수산화이온(OH-) 이온을 생성하거나 주는 물질)라? 우선 패스~하고, 이 중 C (Cytosine, 시토신)는 C4H5N3O의 화학식을 지닌 피리미딘 (pyrimidine, N을 함유한 화합물의 골격) 염기 (피리미딘염기: 핵산의 구성분으로 시토신, 우라실, 티민 등이 있음) 뭔소리진 모르겠다면, 다시 시작하자! 시토신(C4H5N3O)의 분자 구조식 인간 DNA의 기본 염기인..

계속 업데이트, 이외 정보 있으시면 댓글이나 이메일 환영, 모르시면 질문도 환영 =끝= 1. Amazon Machine Images(AMI) for Biology a. JBrowse AMI 32-bit images: ami-8ff312e6 64-bit images: ami-346c8b5d (based on CentOS) b. Galaxy AMI AMI: ami-228a7e4b Name 115971652512/galaxy-cloudman-2010-10-08 c. GBrowse AMI AMI: ami-c228cfab Search: gbrowse d. UCSC Genome Browser In your AWS console screen, start an instance from the AMI: ami-cc55b..

Galaxy는 기본적으로 3가지 방법을 통해서 사용이 가능하다. 1) http://usegalaxy.org 웹사이트를 통해서 제공되는 클러스터를 사용하는 방법 2) 자신의 로컬 머신에 직접 설치해서 사용하는 방법 3) 아마존의 AWS를 통해서 사용하는 방법이다. 우선 첫번째 방법은 가장 접하기 쉬운 방법으로 별도의 설치나 머신이 없어도 가능한 방법이지만, Galaxy에서 제공하는 서버리소스를 사용하기 때문에 사용자가 많거나 커스터마이즈에 한계가 있다. 또한 현재 런닝하고 있는 작업에 대한 세밀한 정보 등이 제공되지 않는다는 단점이 있다. 우선 이들이 Galaxy를 서비스하기 위해서 어떠한 리소스를 사용하고 있는지 살펴보면, 헤드 노드(사용자들이 제출한 작업을 받아들이고 이를 잡을 수행하는 컴퓨터 노드에 ..

얼마전 유전자로 알아본 선조 결과에 발끈? 이라는 글을 쓴 적이 있다. 잠깐 요약하자면, 자신의 지놈 정보를 공개한 젊은이가 그것을 가지고 그의 조상 (선조)에 대한 분석 결과가 유대인에 대한 언급이 있자 이에 대해서 그럴일이 없다고 분석에 뭔가 문제가 있을것이라는 주장을 했지만, 유대인인 증조부 (greate-grandfather)가 19세기 폴란드에서 미국이로 이주해온 사실을 알게 되었다는 것이었다. 이는 우리에게 두가지 시사점을 안겨다 주는데, 첫째는 이제는 자신의 실명과 함께 자신의 지놈 정보를 공개하는 시대라는 점이다. 지금까지 인터넷을 통해서 자신의 사진, 거주지 또는 인터넷에서의 흔적을 찾을 수 있는 시대였지만, 이제는 그보다도 더욱더 사적인 지놈 정보가 포함되는 그런 시대라는 것이다. 두번..

Amazon의 web services 중 Galaxy를 사용하기 위해 필요한 서비스는 Compute와 Storage 서비스로 Compute 서비스는 Amazon Elastic Compute Cloud (EC2)와 Amazon Elastic MapReduce가 존재하며, Storage 서비스는 Amazon Simple Storage Service (S3)와 Amazon Elastic Block Store (EBS)가 존재한다. 간단히 Compute 서비스의 EC2와 Storage 서비스의 EBS에 대해서 살펴본 후 다음편에서 실제 Galaxy를 아마존의 클라우드 서비스에 연결하도록 하겠다. Amazon Elastic Compute Cloud (EC2) Amazon Instance EC2는 Amazon의 핵..