OBF(Open Bioinformatics Foundation)은 바이오인포매틱스분야의 공개 소스 프로그래밍을 지원하는데 초점을 맞추고 자발적으로 운영되는 비영리 단체이다. 이 단체는 자발적인 프로젝트인 Bioperl, BioJava, BioPython에서 생겼고, 하드웨어 소유를 위한 적당한 조건들과 도메인 네임 관리, 컨퍼런스와 워크샵을 위한 기금마련 등을 처리하기 위해 통합되었다. OBF의 주요한 활동은 다음과 같다. BOSC(Bioinformatics Open Source Conference) 컨퍼런스를 승인하고, 개최한다.미래의 ‘hackathon’ 이벤트를 승인하고, 개최한다.서버와 설비, 은행 계정, 도메인 네임과 같은 자산들을 관리한다.미국의 Delaware주에 비영리 법인으로 조직되어 있..
경진대회 꼭 KOBIC이나 KISTI만 하라는 법 있나요?? 제 1 회 Taverna 경진대회 시작합니다. ^^;; 문제 여기를 누르시거나(마우스 오른쪽 버튼을 눌러서 다른이름으로 저장을 선택해서 저장 ^^) 또는 여기를 누르셔서(myExperiment에 계정을 만들고 로그인하셔야 다운로드 가능) 워크플로우 xml 파일을 다운로드 받으실 수 있고요. 실행해 보면 제 여자친구와 저의 아주 뜨거운 사진을 볼 수 있습니다. 따라서 미성년자는 대회 참가를 허락합니다. ㅎ 얼른 Taverna를 다운받으시고 위의 워크플로우 파일을 실행시켜 보세요. 실행시킨 Taverna결과를 캡쳐해서 보내주시면 됩니다. 상품 추첨하여 소정의 경품(?)을 드리겠습니다. 아직 기념품은 확정되지 않았습니다. 기대해 주세요 ^^;; (경..
myExperiment에 대해서는 저번 포스팅에서 언급했듯이 한마디로 워크플로우 기반 협업을 위한 커뮤니티이다. 물론 Taverna를 기반으로하는... 그동안 클로즈베타 서비스를 수행중이었는데, 오늘 메일링 리스트에 드디어 오픈 베타를 실시한다고 한다. 모두들 가입하셔서 한번 둘러보시는것도 괜찮을 듯 합니다. 클로즈베타에서는 openid만을 지원했는데 이제는 일반 로그인도 가능한가 봅니다. 기능상에는 큰 차이는 없어 보이나 UI가 많이 바뀌었습니다. 솔직히 클로즈베타때는 별로 안이뻐서 ㅋㄷㅋㄷ 시간이 나면 좀 더 둘러봐야겠습니다. 요즘 Bioworks 후기도 작성해야 해서 돌아다닐 시간이 별로 없네요 ^^;;
영국의 대표적인 workflow인 Taverna와 KOBIC의 BioPipe 그리고 하나더 국내에서 발표되었습니다. 바로 Bioworks가 KISTI에서 태어났습니다. 요즘은 아무리 서비스를 내놓기 전에 Beta가 유행이지만, 역시 Bioworks도 베타버전입니다. 지금 등록된 서비스는 Alignment, DNA Analysis, Protein Analysis, Utils의 크게 4개 분야로 되어있습니다. 기존에 KISTI의 CCBB에서 제공하던 서비스들인 것 같습니다. CCBB에서 제공하던 서비스들은 제대로 잘 안돌아 가던데 Bioworks에서는 잘 돌아갈런지 ^^;; KISTI의 막강한 슈퍼컴퓨팅 파워와 네트워크 파워가 잘 어우러진다면 이것도 꽤 쓸만하겠는데요,,, Java로 만들어진 어플리케이션이고..
DDBJ(DNA Data Bank of Japan)는 일본국립유전학연구소(National Institute of Genetics) 산하 기관으로 DNA 염기서열의 데이터베이스를 유럽의 EMBL, 미국의 GenBank와 함께 구축하여 제공하고 있다. DNA 데이터는 DDBJ, EMBL, GenBank중 하나에 등록되지 않으면 저널에 수록되지 않으며 이 3개 기관은 신속하게 처리해 갱신하는 역할을 하고 있다.은 DDBJ에서 제공하고 있는 주요 웹 서비스를 보여주고 있다. 표 1. DDBJ에서 제공하는 주요 웹 서비스 웹 서비스가 나온지 오랜 시간이 지났지만 아직까지 활발히 사용되지 않고 있는건 아마도 사용하기 까다롭기 때문일 것이다. DDBJ에서는 이러한 어려움을 줄이고 좀더 손 쉬운 방법으로 서비스를 제공..