위선 위의 그림과 같이 UI쪽은 대충 마무리 되었습니다. 많은 부분을 모 홈페이지의 디자인을 상당 베낀 모습입니다. 추후 변경될 예정입니다. ^^;; 그림을 클릭해서 보시면 확대 가능합니다. 우선 작업을 진행하면서 이것저것 고려해보았습니다. 사용자 스토리 즉 기능분석 작업은 아래와 같습니다. 1, Bioinformatics 관련 블로그의 RSS를 읽어와 화면에 표시해야한다. 2, 화면에 표시된 RSS의 글에는 해당 블로그의 이름, 링크, 날짜, 간단한 내용이 포함되어야 한다. 3, 표시된 RSS글에 대해서 레몬펜으로 메모를 추가할 수 있어야 한다. 4, 현재까지 수집된 RSS에 통계정보를 표시해야 한다. 5, 오래된 글과 레몬펜 메모도 확인 가능해야 한다.(이부분이 좀 ^^, 어쩔수 없이 DB를 사용해야..
저는 아침에 출근해서 제일 먼저 하는 일이 관심있는 블로그들을 한번 주욱 둘러보는것입니다. 그리고 퇴근전에 다이어를 정리하고는 다시 한번 블로그를 둘러보고는 퇴근을 합니다. 처음에는 firefox의 탭을 주욱 늘어 놓고는 일일이 블로그들을 돌아다녔었는데,, 이것도 만만치 않은 일이더군요. 그래서 RSS 리더를 이용해서 블로그들의 RSS를 등록해서 사용하고 있습니다. 그런데 이게 내가 관심있는 블로그라고 해도 내가 관심있는 글이 꼭 올라오지는 않습니다. 제목을 보고는 글을 읽을건지를 선택하거나, 글을 읽다가 "어 이건 별로" 하곤 하죠 ^^;; 그런데 문제는 한글로 된 블로그는 그나마 읽을 글을 선택하고 읽는데는 별 어려움이 없지만,,, 영어로 된 블로그들은 글을 선택하거나 글의 포인트를 찾는데(논문이나 ..
생물정보학을 통해서 어떠한 분석이나, 분석을 시스템을 만드는 경우 우리는 오픈소스로 소프트웨어를 활용게 된다. 마이크로어레이 분석 시스템이나, genome 브라우저 등을 만들때도 있고 아니면 비교적 스크립트 몇줄로 이루어진 분석 도구를 만들때도 있다. 이런 경우 무턱대고 처음부터 끝까지 자신이 직접 코드를 작성하진 않을 것이다. 자신이 원하는 기능을 같은 라이브러리(Bioperl, Biojava, Biopyton)나 소프트웨어(R-project, svm light, ensembl, blast)등을 이용할 것이다. 이러한 작업에 있어서 우선 처음으로 생각해봐야 할것은 어떠한 오픈소스라이브러리나 소프트웨어를 사용하는가 이다. 나에게 필요한 오픈소스 소프트웨어가 무엇인지를 찾아보는 Ohloh.net의 Stac..
빌드란 간단히 말하자면 프로그램 소스로 부터 실행 가능한 프로그램을 만들기까지의 일련의 과정이다. 당신이 바이오인포매틱스 연구자라면 configure, make, make install을 통해서 바이오인포매틱스 툴을 한번쯤 설치해봤을 것이다. 여기서 make가 바로 빌드를 자동화 해주는 툴이다. 사용자는 복잡한 과정을 거치지 않고서도 프로그래머가 만들어 놓은 일련의 과정대로 빌드를 make 명령 하나로 자동화 할 수 있는 것이다. 저는 만들어진 프로그램만 가져다 쓰기 때문에 빌드 툴에 대해서는 몰라도 돼요? 또는 제가 만드는 프로그램은 간단하기 때문에 직접 gcc -o ~~~ 이렇게 해서 설치하면 돼요~ 라고 한다면야 뭐 할말없다. 요즘 만들어지는 오픈소스 프로그램들이 대부분 빌드를 자동화해서 즉, ma..
현재 국내에서 바이오인포매틱스 관련 오픈 소스 프로젝트에 직간접적으로 참여하고 계신분이 얼마나 될까요? 또한 이러한 바이오인포매틱스 관련 오픈소스의 활용은 어떠할까요?? 어떠한 부분에서 어떤 오픈 소스 소프트웨어를 사용하는지, 얼마나 알고 계신지, 필요성은 느끼시는지 궁금해지네요. Biopipe나 Bioworks도 이러한 오픈 소스가 없었더라면 생겨나지 못하는 그리고 앞으로도 오픈 소스 소프트웨어들이 받쳐 주지 않는다면 무용지물의 소프트웨어 될 수 밖에 없는 아주 중요한 문제입니다. 제가 생각하기에는 이러한 바이오인포매틱스 관련 오픈 소스의 개발과 활용에 대한 문제는 바이오인포매틱스 연구의 뿌리라고 생각합니다. 아래의 내용은 가칭 한국 오픈 바이오 사용자 모임(http://open-bio.kr)의 설립 ..
OBF에서 지원하는 BOSC(Bioinformatics Open Source Conference) 2007에서 재미난 것들을 나만 알아보도록 요약해봤다 ^^;; BOSC 2007 발표자료 1 - An Open Source Framework for Teaching Bioinformatics where's the real bottleneck in scientific computing? scientific software developement is not an oxymoron an open source software culture in the undergraduate computer science curriculum 산업현장과 학교간의 격차 오픈소스 정의 오픈소스의 가치 오픈소스 교육 프레임워크(소스코드,..