blogging 277

당신의 DNA가 필요합니다. - 안중근의사 의거 100주년

오늘 뉴스 기사에 안중근 의사의 후손의 DNA를 확보했다는 기사를 봤다. 이는 향후 안중근 의사의 유골을 찾았을때 실제 안중근 의사가 맞는지 확인하기 위해서라고 한다. 잠깐 미국으로 건너가 보자. 토마스제퍼슨은 미국의 3대 대통령으로 그의 사생활은 좀 복잡하다. 그의 부인은 일찍 죽었고, 부인의 이복 동생인 흑인 노예 사이에 자식을 둔 것이다. 당시 제퍼슨은 이 사실에 대해서 별 반응이 없었고 그냥 제퍼슨에게 흑인 노예와의 자식이 있더라라는 소문만 무성했다고 한다. 그 후 제퍼슨의 후손이라고 주장하는 사람이 나타났고 이를 위해서 Y 염색체의 STR 마커를 이용해서 진짜 제퍼슨의 후예인지를 확인하는 작업을 진행하게 된다. 하지만 문제는 Y 염색체는 남자에게만 있다는 사실, 즉 제퍼슨의 후손이라고 주장하는 ..

blogging 2009.10.26

넷북과 클라우드 컴퓨팅을 위한 OS - Jolicloud

넷북을 위한 우분투 기반의 OS로 넷북 하드웨어에 맞게 커널을 수정하고 메인 인터페이스 또한 그놈을 기반으로 아주 이쁘게 꾸며놨다. 거기에 더해서 Jolicloud 서버와 연동되어 갖가지 클라우드 서비스를 받을 수 있도록 되어있다. 현재 초대 받은 사람들에 한해서 다운로드와 함께 연동 서비스를 받을 수 있다. 하지만 넷북만 사용하기에는 너무 이쁜 인터페이스를 가지고 있기 때문에 한번 맥북에 라이브시디로 부팅을 시켜봤다. 역시나 커널을 왕창 건드르지 않았기에 잘 부팅이 되었다. 라이브 시디로 맥북에서 부팅된 Jolicloud 그놈 기반의 멋드러진 메인 인터페이스 - 부팅과 동시에 메인 인터페이스가 작동하기 때문에 바탕화면이란게 없다. - 그놈 데스크탑의 설정을 읽어오기 때문에 자신의 입맛대로 바꿀 수 있다..

blogging 2009.07.23

스티커 나눠 드립니다.

BioSMACK(바이오인포매틱스 툴들이 설치된 라이브 시디)을 알리기 위해 제작했던 스티커입니다. 트위터 주소가 적혀진 스티커로 행사때 쓰고도 많이 남았네요 ^^;; 필요하신 분들은 이번주 금요일까지 주소를 비밀댓글로 남겨주시면 우편으로 보내드리겠습니다. 그 옛날 KLDP에서 봉투와 우표를 넣어서 보내주면 리눅스 스티커를 나눠줬던게 생각나네요 ^^

blogging 2009.07.21 (7)

구글 fusion tables - 대용량의 서막

R과 엑셀이 결합해서 수백만 로우의 데이터를 한방에 로드하고 이를 엑셀에서 확인한 후 R을 돌려서 그 결과를 깔끔하게 엑셀의 표나 그래프 형식으로 볼 수 있다면... 이라는 생각을 줄곧 했었는데... 그런데 구글이 이것을 fusion tables라는 이름으로 만들어 버렸다. 지금은 테이블당 100MB로(이것도 무진장 큰 데이터이건만...그래도 모자라 보이는건...-.-;;) 한정되어 있지만 향후 다룰 수 있는 데이터가 점점 커진다면 ^^;; 조만간 생물학 데이터들도 google의 fusion tables을 통해서 전세계 연구자이 협업을 통해 데이터를 완성해 나가고 결국은 이렇게 만들어진 데이터를 가지고 갖가지 분석을 해버리는 날이 오게 될것만 같다... 해당 셀에 대해서 협업자들끼리 의견을 교환 지역에 ..

blogging 2009.06.23 (2)

언론 보도 내용과 논문의 다른 Novel SNP 갯수

오늘 센터 세미나 시간에 "The first Korean genome sequence and analysis: Full genome sequencing for a socio-ethnic group(김성진 박사의 시퀀싱에 관한 논문)" 의 안성민 교수가 "차세대 시퀀싱 기술을 이용한 인간게놈 시퀀싱의 가능성 및 한계"라는 주제로 발표가 있었습니다. "Whole Genome Sequencing: How Many SNPs Remain?"에서는 whole-genome 시퀀싱에 따른 SNP에 대한 글을 내놓기도 했는데, 위의 김성진박사의 논문을 포함해서 whole-genome을 한 Europe (2), Africa (1), and Asia (2) 총 5명의 발굴된 SNP을 비교해 놓았다. 그림출처: MassGen..

blogging 2009.06.12 (2)

생물학 데이터와 구글맵

HGDP-CEPH Human Genome Diversity Cell Line Panel에서는 총 1,050명의 51개 인종에 대한 LCLs(lymphoblastoid cell lines)를 보유하고 있다. 즉 전 세계의 거의 모든 인종에 대한 DNA를 보유하고 있다고 볼 수 있다. 이 유전자원을 가지고 스탠포드 대학에서 Illumina 650Y 칩을 가지고 50개 인종 968명에 대해서 총 650,000개의 SNPs을 genotyping을 수행하였다. 이러한 Allele정보는 인류학에서도 유용하게 사용될 수 있을 뿐만 아니라 인종간의 유전적 거리를 측정하는데 사용될 수 있는 중요한 자료이다. 이미 23andMe에서도 HGDP 정보를 기반으로 나의 유전자와 어느 인종과 가까운지 또는 멀리 떨어져 있는지를 ..

blogging 2009.05.29

울프럼알파(WolframAlpha)와 생물학

울프럼 알파 - 기사에는 구글의 대항마라고 떠벌리고는 있는데, 뭐 어쨌든간에 Computational Knowledge Engine이라는데, Life Science의 Genomics & Molecular Biology 부분에 가면 DNA Sequence, Chromosome Position, Gene, SNP, Protein 등을 검색할 수 있도록 되어있다. 이제 시작인만큼 조만만 pubmed, entrez, dbSNP 그리고 마이클의 SNPedia까지도 입지가 흔들리지도 모르겠다는 생각이 들기도 한다. 이렇게 되면 향후 "rs123 G;G 홍창범"이라고 입력하면 "당뇨에 대해 17배 위험이 있음" 뭐 이딴식으로 나올 수도 있겠다는 생각이든다. 그럼 23andMe는 망하는가?? Gene 이름으로 검색한 ..

blogging 2009.05.27 (1)

플루에 수족구병, A형 간염 까지...

요즘 뉴스만 보면 질병관리본부가 꽉 채우는 느낌입니다. 어제는 수족구병에... 현재 질병관리본부 직원들과 연구원들이 모두 돌아가면서 국내 입국자에 대한 전화와 입력작업을 하고 있습니다. 저희팀분중 한분은 5월 첫째주의 황금연휴? 기간에도 새벽부터 저녁 늦은 시간까지 일을 하셨는데... 어서 세계적으로 진정이 되었으면 하는 바램입니다. ㅜㅜ;; 예전 같았으면 거들떠 보지도 않았을 녀석인데,,, 말이죠.

blogging 2009.05.15 (4)