blogging 277

BioSMACK: Genome-wide association 분석을 위한 리눅스 라이브 시디

예전에 유전통계 워크샵에서 교육용으로 만들었던 리눅스 시디(BioSMACK)에 대한 발표자료입니다. 기본적인 GWA 도구와 매뉴얼, 예제 데이터를 넣어 만든 라이브 시디였는데, 교육에도 사용하고 홍콩에서 열린 IEEE BIBM 2010에도 발표하게 되었죠. 내일은 화요일마다 열리는 센터 세미나 시간인데, 홍콩 학회 (작년 12월)와 BioSMACK에 대한 간략한 발표가 있어서 자료를 만들어봤습니다. 아직 이런 스타일의 발표 자료는 만들기도 힘들거니와 (괜히 어설프게 했다간 오히려 의사 전달에 장애만 생기고 -.-;;) 센터 세미나 시간에 너무 파격적인거 아닌가??? 하는 생각도... 참고로 파워포인트블루스 저자의 발표 자료인데, 발표자료 만드실때 참고하시면 될것 같습니다. 여전히 파워포인트 자료는 프린트..

blogging 2011.04.04

국립보건연구원 유전체센터 동영상

국립보건연구원이 충북 오송으로 이전한지도 4달여 가량이 지났네요. 본 영상은 오송으로 이전한 직후 국립보건연구원 유전체센터 송년회를 하면서 오송의 모습을 동영상으로 만든건데요, 유전체센터 및 국립보건연구원의 연구원들과 건물들을 나옵니다. 간혹 불광동 시절의 사진도 곁들어서 만들었는데 불광동 시절도 그립고 오송도 그립??고...

blogging 2011.03.31

동계 유전체 학회 요약

지난주 수요일부터 금요일까지 한국유전체학회 동계 심포지엄이 강원도 용평에서 개최되었습니다. 정리한다 정리한다 하면서 이제서야 대충 생각나는 대로 한번 간단히 정리해 봅니다. 다들 아시겠지만 NGS라는 테크놀로지가 점점 화두가 되면서 이제 유전체니 후성유전체니 NGS를 모르면 Nature Genetics 논문도 못 들여다보게 되었습니다. 뭐 그건 그렇고 우선 이번 학회는 다음의 몇 가지로 요약될 수 있습니다. 물론 이외에도 많은 세션에서 많은 내용들이 있었습니다. 1. 세션뿐만 아니라 교육이 포함 (EBI의 NGS 교육) 2. 학술적인 주제뿐만 아니라 KPGP (Korean Personal Genome Project)와 같은 연구에 있어서의 Open/Public에 대한 주제 발표 3. NGS라는 기술을 이..

blogging 2011.02.14 (5)

쏟아지는 논문들 구글 리더와 PostRank 쓰고 계시죠?

오늘은 간단한 구글 리더의 익스텐션 하나 소개 하려고합니다. 바로 Google Reader Extenstion - PostRank입니다. 이름에서도 느껴지시겠지만, 바로 구글 리더의 글들에 대해서 점수를 매겨주고 점수에 따라서 구글 리더의 글들을 골라 읽을 수 있습니다. PostRank (http://labs.postrank.com/gr) 사파리, 크롬, 파이어폭스에서 작동합니다. 뭐 얼마나 많은 글들이 올라온다고 구글 리더의 글을 다시 필터링해서 보냐구요? 음~ 우선 저는 크게 다음과 같은 글들을 구글 리더를 통해서 구독하고 있습니다. 1. 관심있는 개인 블로그의 RSS 2. 관심있는 출판사의 책 소식 RSS 3. IT 관련 회사들의 뉴스 RSS 4. 관심있는 저널 (BMC Bioinformatics ..

blogging 2011.01.26

OBK(Open Bioinformatics Korea) 모임 후기

2010년 첫 모임이 신촌의 토즈에서 있었습니다. 모두들 바쁘신 와중에도 무려 16분이 참석해주셨습니다. 도넛으로 간단히 허기를 달래고, 싱가폴에 계신 김한조 박사님을 연결해서 지금 하고 계신일에 대해서 재미있게 말씀해 주셨습니다. 아쉬운 점은 노트북의 스피커로 나오는 음성이 좀 작아서,,, 다음에는 스피커도 준비해야 할 듯 합니다. 올 겨울 들어서 너무 추운데,,, 김한조 박사님은 반팔을 입고 계셨습니다... -.-;; 그 다음으로 제가 간단하게 PubMed와 블로그의 글들의 RSS를 가져와서 야후 파이프를 이용해서 원하는 글과 저널을 다시 한번 필터링하는 방법에 대해서 이야기 했습니다. 거의 1년만에 발표에 성공 ㅜㅜ View more presentations from Hong ChangBum. 그리..

blogging 2010.02.05

아시안 게놈 로드 프로젝트(Asian Genome Road Project)

서울대 유전체의학 연구소에서 아시아인 100명의 유전체 분석(Asian 100 genome project)을 수행하는 프로젝트를 2009년부터 2012년까지 수행한다는 기사를 본 기억이 나는데,, 오늘 날짜로 10배가 늘어난 1000명의 아시아인(터키, 카자흐스탄, 몽골,러시아(시베리아), 중국(만주), 한국 등 북방계 6개국, 인도, 태국, 베트남의 남방계 3개국)에 대한 "아시안 게놈 로드 프로젝트"를 조선일보와 함께 진행 한다는 기사가 나왔네요. 조선일보는 이를 독점 보도할 것이라고 하네요. 1단계로 정밀 분석을 위해 9개국 남녀 총 18명과 일반분석 대상자 100명을 수행한 뒤 2단계로 의료봉사와 연계해서 각국의 대학과 연구소와 협력하에 900여명에 대해 9개월간 분석을 실시한다고 합니다. 마지막..

blogging 2010.01.03

Bioinformatics를 위한 Hadoop

Hadoop World: NYC 2009에서 아마존 웹 서비스의 Deepak Singh가 Hadoop for Bioinformatics라는 재미있는 주제로 발표를 했다. 넥스알의 한재선 박사님도 이메일 아카이빙 솔루션인 Terapot에 대해서도 발표를 하셨군요. 1. 엄청난 데이터가 몰려들어와 있고, 몰려들고 있다. 직접 발표를 들은것이 아니라, 슬라이드만 보고 혼자 생각한것을 적어본다면, 1-30 페이지까지는 엄청나게 쏟아져나오는 데이터에 대해서 이야기 하고 있는것 같습니다. 이부분에 대해서는 저도 제작년 발표때 언급을 한것인데, 추가 된것이라면 NGS를 이용한 엄청난 데이터에 대해서 더 언급 되어있습니다. 5-7페이지: 공개된 많은 생물학 데이터(genebank, pdb 등등)들이 있다고 합니다. 9..

blogging 2009.10.26