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Visual Pipeline (workflow) Editor - Bioinformatics UX NGS 데이터를 비롯한 대용량의 생물학 데이터가 나타나면서 이를 분석하기 위한 위한 소프트웨어 역시 점차 그 수가 다양해지고 또한 상용화되어 가고 있다. 데이터 분석에 아마 가장 귀찮으면서도 힘든 부분이 바로 분석에 필요한 소프트웨어를 설치/설정하고 소프트웨어들의 입력과 출력을 엮어 일련의 작업을 수행하는 것이다. 이러한 일련의 소프트웨어들을 visual하게 편집할 수 있는 다양한 도구들이 나타나고 있는데 대표적인것들을 UX적으로 살펴보도록 하자. Spiral Genetics Spiral은 pipeline을 생성하는데에 있어서 각각의 소프트웨어들을 Setp이라고 부르며 이러한 step에는 Alignment, Sort, Variant Call 등의 일반적인 NGS 데이터를 위한 10개의 step들이 존재한.. 2013. 11. 27.
23andMe Web Site for prospective parents https://www.23andme.com/prospective-parents/ African Ancestry Project https://www.23andme.com/cohort/africanancestry/ Roots into the Future https://www.23andme.com/roots/ Exome https://www.23andme.com/exome/ Senior Games https://www.23andme.com/senior_games/ Parkinson's Disease https://www.23andme.com/pd/ Sarcoma Community https://www.23andme.com/sarcoma/ 2013. 11. 5.
IonTorrent 소프트웨어 플러그인 제작 지원 국내에도 상당한 숫자의 기기가 퍼진걸로 알고 있는데, 얼마전 중국의 BGI도 왕창 구매한 시퀀싱의 민주화를 이끌고 있는 기기입니다. 네 LT의 IonTorrent입니다. IonTorrent는 기본 Torrent Suit라는게 분석을 해주는데, 여기서 부족한 것은 API를 이용하여 플러그인 형태로 개발이 가능합니다. 가령 이런것들이 되겠죠. Case 1) 여러대의 장비에서 별도로 생산된 read 데이터들을 한번에 분석한다거나 Case 2) 별도 내부의 유전체 등의 DB와 연동되어 specific한 결과를 생성한다거나 Case 3) 별도의 자체 제작된 알고리즘(RNA-Seq, ChIP-Seq 등등)을 이용 한다거나 Case 4) 암/신생아와 같은 clinical 한 리포트를 생성한다거나, BRCA 유전자 리.. 2013. 10. 25.
제4회 Cloud Frontier 2013 8월 26일 Cloud Frontier 행사에서 Cloud Case Study 세션에서 GenomeCloud 사례를 발표합니다. 어떻게 클라우드를 이용하여 대규모 genome 분석 서비스를 내놓았는지를 발표하는 시간입니다. 부스도 운영하니 관심있으신 분들은 한번 들러 보세요 ^^;; 2013. 8. 26.