국경을 초월해서 자유롭게 사랑하고 결혼한다고
요즘 사회연결망이론 이라는 책을 읽고 있는데, 여간 재미있는것이 아니다. 흔히 SNS(Social Network Service)라고 불리는 수많은 인터넷 서비스들에서 Social Network에 관한 많은 생각을 해보게 되는 책이다. 그냥 별 의미없이 Web2.0과 SNS를 보다가 요즘 이책을 읽으면서 다시금 SNS를 바라보게 된다. 책의 내용중에 대인 관계망중 유유상종이라는 챕터가 있다. 유유상종 "까마귀 노는 곳에 백로야 가지마라"라는 말에도 유유상종이 녹아있지는 않을까? 책에서 유유상종을 언급하면서 어쩔수 없이 같이 놀게 되는 유도된 유유상종(induced homophily)과 자신의 의지에 의해 같이 노는 선택 유유상종(choice homophily)의 두가지를 언급하며, 이를 결혼에 연결시키고 ..
Suffix tree는 생물학 서열 분석에 있어서 기본적인 데이터 구조 중 하나이다. 이전 블로그에서도 잠깐 언급했듯이 GPU를 이용해서 서열 매칭 작업을 병렬화 한다는 내용을 잠깐 언급한적이 있는데,,,, 이게 좀,,, Fast Exact String Matching on the GPU와 High-throughput sequence alignment using Graphics Processing Units(MUMmerGPU)는 모두 Michael C. Schatz가 저자로써, 모두 생물학 서열에 있어서 GPU를 이용한(GPU를 사용하지 않는 MUMmer(Maximal Unique Matching)) Suffix tree 알고리즘을 병렬화하는 내용이다. 간단하게 보면, 우선 기준이 되는 Reference..
RRDtool의 데이터를 가져와서 그래프 그리기
클러스터에서 시스템 모니터링을 위해 Ganglia를 사용하고 있는데, ganglia는 RRDtool을 이용해서 시스템의 온갖 정보를 저장하고 그래프로 출력을 해준다. 단점이라고는 할 수 없지만, 내가 원하는 데이터만 내가 원하는 형태로 그래프로 출력하기 위해서는 RRD 데이터를 가져와서(fetch) 그래프로 그리는 수 밖엔 없다. 어제는 클러스터의 6개월간의 시스템 로드 현황을 그래프로 그릴 일이 있었는데, ganglia에서는 시간, 일, 주, 달, 년 단위로 밖에는 그래프로 그려 주지 않기 때문에 6개월간만을 그리기 위해서는 직접 RRD 데이터를 가져와서 그리는 수 밖에는 없다. 여기에서는 RRDtool의 데이터를 가져와서 R을 통해서 그래프를 그리는 과정에 대해서 설명하려고 한다. 어딘가에는 나 같은..
FireFox를 사용하고 계신다면, FireFox의 Search plugin을 추가해보세요. 각종 질병 정보를 간단하게 검색하실수 있습니다. 질병정보 검색 FireFox 플러그인(여기를 클릭하세요) 설치하시고 질병정보 검색 Firfox 플러그인(여기를 클릭)을 설치하고 나면, FireFox 브라우저에 검색창에 아래 그림과 같이 Health Info - Search Disease 란이 생기면 여기서 관심 질병을 검색어로 입력하시면, 해당 질병에 대한 정보가 나옵니다. ^^
이화여대 시스템생물학 연구소와 서울대 생명의약네트워크 연구정보센터의 주관으로 Agile을 통한 Bioinformatics 소프트웨어 개발의 생산성 향상에 관한 워크샵이 열립니다. 7월 28일 부터 8월 2일까지니까, 관심있는 분들은 많은 참여를 바랍니다. ^^ Agile은 이미 BMC Bioinformatics의 "Agile methods in biomedical software development: a multi-site experience report"라는 논문으로도 나와 있죠 ^^;; 그리고 현재 구글 그룹스에 "Open Bioinformatics Korea"라는 그룹이 만들어져 있습니다. 제목만 봐도 어떤곳인지 솔깃하시죠 ^^;; 다음에 좀더 자세한 내용을 다루기로 하고, 오늘은 이정도만,,,(..