네이버 뉴스를 기웃거리다가 생물정보학으로 천식 유발 후보 유전자 찾았다 라는 기사를 보고 이건 또 뭐야! 하면서 기사를 클릭했더니 요즘 꽤나 흥미를 가지고 있던 바로 질병 네트워크에 관한 논문의 기사였다. 뭐~~ A protein interaction network associated with asthma OMIM, GEO에서 천식 관련 단백질 606개 찾고, 단백질 사이의 상호작용(PPI)를 네트워크화 해보니까 269개는 하나씩 분리되고 337개는 269개가 서로 연결되어 cluster 형성하는 등 28개의 cluster가 연결되어 네트워크를 형성 허브 역할 , 클러스터간 연결고리 역할을 하는 천식 유발 후보 유전자 7개(SRC, CREBBP, MAPK1, GNB2L1, VAV1, CBL, BRCA1)..
원은 하나의 질병을 나타내며, 원의 크기는 현재 질병과 다른 질병들과 관련되었음을 상대적으로 나타낸것으로 원의 크기가 클 수록 해당 질병이 다른 질병들과 연관이 많음을 나타낸다. (AIDS의 경우 4개의 서로 다른 질병과 연관이 있으며, Colon cancer의 경우 34개의 다른 질병들과 연관이 있다.) 원들 사이의 선은 서로 같은 유전자가 질병에 관여하면 질병간에 연결선이 생성된다. 선의 굵기가 굵을 수록 두 질병간에 연관된 유전자가 많음을 의미한다.(Diabetes mellitus와 MODY의 경우 총 5개의 유전자가 일치하기 때문에 굵은 선으로 연결되어 있다.) Pajek 질병 네트워크 파일 (다운로드 하셔서 Pajek에서 열어서 보시면 위의 네트워크가 보입니다.) 추가 : 각 질병에 대해서 카테..
BioBlogRSS에 올라오는 블로그의 글들을 요약해서 남겨 놓기로 했다. 너무 많은 글들이 올라오고 있는(?? ^^) 상황에서 좀 정리한다는 의미와 함께 이렇게라도 조금이나마 남기다 보면 Bio::Blogs처럼 되지 않을까?? ^^ 완전 주관적인 나의 관심을 끈 내용을 위주로!!! 오늘은 그 첫번째로 4개를 선택해 봤습니다. 박사 논문을 준비중이신 분들에게 유용할 LaTeX관련 글과 함께 HTML 문서를 조금이나마 수월하게 만드는 방법이 준비되어 있습니다. 그 다음은 RSS를 이용해서 자신의 친구들의 Flickr, 블로그 등등 온갖 Social 웹사이트의 RSS를 불러와 감시??하는 FriendFeed와 태그 클라우드를 만들어주는 사이트입니다. 모든 글들은 BioBlogRSS에 있습니다. ^^ 오늘의 ..
알츠하이머와 천식이 관련이 있을까? 에이즈와 알츠하이머와의 관계는? 이러한 물음에 대한 접근을 보여주는 아주 재미있는 논문이다. 고려대학교의 고광일(물리학)교수의 논문이다. 처음에는 질병들간의 네트워크를 그리더니 이제는 약물과의 관계까지 ^^ The human disease network Drug-target network Mapping the Human 'Diseasome' 가장 기초적인 작업은 질병에 대한 정보를 제공하는 OMIM 데이터베이스에서 각 질병과 그 질병에 관여하는 유전자를 추출하고, 타 질병의 유전자와 일치하는 질병들간에 네트워크를 작성하는 것이다. 참 간단한 아이디어인데,,, 누구도 시도하지 않았다는것,,, ^^ 박모박사님이 논문세미나 시간에 발표한 논문이었는데, 하나 그려 놓으면 재미..
저번주는 MapReduce를 Streaming 방식으로 작성된것을 실행해 보았따. Writing An Hadoop MapReduce Program In Python을 보면 WordCount 예제가 Python으로 작성되어 있다. 또 URL을 통해 해당 URL을 제목을 가져오는 Python 예제도 있다. 그런데,, 하나의 노드로 마스터와 네임노드를 구성해서 할 경우에는 잘 되었는데,, 막상 15노드로 Hadoop 클러스터를 구성하고 실행을 하는데,, Map 작업의 결과는 잘 나오는데 Reduce에서 결과 레코드가 모두 0 즉, 결과가 없다. 뭐가 잘못되었는 전혀 감이 오지 않아서Streaming을 포기하고 결국 Java로 하기로 했다. 그래서 오늘은 깔끔하게 Streaming을 잊고,,, 저번에 잠깐 살펴..