HGDP-CEPH Human Genome Diversity Cell Line Panel에서는 총 1,050명의 51개 인종에 대한 LCLs(lymphoblastoid cell lines)를 보유하고 있다. 즉 전 세계의 거의 모든 인종에 대한 DNA를 보유하고 있다고 볼 수 있다. 이 유전자원을 가지고 스탠포드 대학에서 Illumina 650Y 칩을 가지고 50개 인종 968명에 대해서 총 650,000개의 SNPs을 genotyping을 수행하였다. 이러한 Allele정보는 인류학에서도 유용하게 사용될 수 있을 뿐만 아니라 인종간의 유전적 거리를 측정하는데 사용될 수 있는 중요한 자료이다. 이미 23andMe에서도 HGDP 정보를 기반으로 나의 유전자와 어느 인종과 가까운지 또는 멀리 떨어져 있는지를 ..
바로 전에 포스팅도 있고,, 이전부터 재미있겠다고 생각했습니다. Google Maps API+텍스트마이닝을 기반으로 전세계 질병정보 + 해외여행 전 유용한 정보를 제공하는 HealthMap 보다 더 뛰어난 정말 국내 해외여행자를 위한 정보를 제공하는 프로젝트를 오늘부로 시작하려고 합니다. 누군가가 만들기만 기다리기는 지쳤습니다. 요즘 맨날 다른 서비스의 아이디어를 훔치기만 하네요 ^^;; 가뜩이나 기본업무외에 이것저것 혼자 일거리를 쫘악 늘어놓기만 하는군요,, 제대로 마무리도 못하고 :-) 지도정보와 잘 맞아떨어지는 정보를 가진 곳은 질병관리본부!! 현재까지 WEB 2.0이다 뭐다 Mashup이다. 해서 가장 많이 언급되는 부분이 바로 지도와 다른 서비스와의 결합일것입니다. 그중에서도 Google Map..
이전 포스팅에서 총 3개의 Java Panel 만들고 Panel 자체를 이미지로 출력해서 Google Maps API에서 사용할 Custom Map Tile에 사용하기로 했다. 문제는 Sense Panel과 AntiSense Panel에 Genome 정보(SNP, CNV, Exon, Intron 등등등등)를 어떻게 표시할것인가?에 대한 것이다. 그전에 그러면 Bioinformatics에서 위의 정보들을 보여주기 위해서 사용하는 그래픽은 어떠한 것들이 있는지 간단히 살펴보자. BioRuby의 다양한 생물 정보 표시 그래프?? 위의 그림들은 흔히 우리가 Genome Browser에서 보는 표시형식들이다. box, line, line with handles, directed, directed box, tria..
이전 포스팅에 소개한것처럼 구글에서 제공하는 지도 대신 자신이 만든 정보(지도 그림)를 보여줄 수가 있다. 이것을 Custom Map이라고 부른다. 구글맵에서는 256x256 pixel의 이미지(이러한 이미지를 타일, tile이라고 부른다.)를 이용해서 보여주기 때문에 구글맵에서 보여주고하는 커다란 이미지를 256x256의 작은 tiles들로 쪼개야(tile cutter) 한다. 이미 많은 Custom Map들이 커다란 이미지를 자동으로 256 pixel로 잘게 잘라주는 프로그램으로 만들어져 있다. 암튼 문제는 247,249,719bp의 1번 chromosome의 경우 6,400bp를 256 pixel의 비율로 만든다고 한다면, 약 10,000,000 pixel의 해상도를 가지는 그림 파일을 필요로 한다..
예전에 작년 5월 달이네요,, Bioinformatics와 웹 2.0이라는 주제를 가지고 글을 쓴적이 있었습니다. 저는 이글에서 Genome Browser를 만드는데 있어서 API를 제공하자는 뭐 그런류의 글이었는데 이것을 구현한 논문이 나와 있더군요,, 제가 생각한것과 조금 틀린점은 이들은 새로운 API를 만들어서 제공하는것이 아니라 Google Maps를 이용한 매시업을 통해서 Browser를 만들었다는 것이죠. 뭐 만들자는거나 만든어진거 가져다 쓰는거나.. ^^;; 어쨌든 Bioinformatics와 매시업의 만남이라는게 키포인트였으니 이건 서로 일맥상통합니다. ㅋㅋㅋ 영국의 paterson 암 연구소의 Bioinformatics 그룹의 X:Map: annotaion and visualization..