단맛만좋아요

4대 지놈 브라우저(Genome Browser) UCSC, Ensembl, NCBI MapView, Gbrowse에 대한 소개 및 특히 Gbrowser에 대한 내용입니다. DAS를 통한 분산 주석 처리와 Genome의 특정 Region의 빠른 검색을 위한 R-Tree 알고리즘과 그 성능에 대한 간단한 자료입니다. 별 내용은 없음,,,(가끔 오타도 있는데 수정하기가,, ^^;;) View SlideShare presentation or Upload your own. (tags: ucsc ncbi)

간단하게 Gbrowse만 설치하고 데이터가 없다면, 공개된 DAS 서버의 데이터를 가져와서 자신의 Gbrowse에 보여 줄 수 있다. 물론 자신의 데이터를 DAS를 통해 공개(DAS 서버의 역할을 하겠죠)할 수도 있다. 간단하게 config 파일에 다음과 같이 feature 부분에 remote feature로 해서 DAS 서버의 주소를 입력하면 해당 DAS 서버의 데이터를 가져와서 보여준다. Gbrowse Config 파일에 [teset]섹션을 만들고 feature를 remote feature로 해서 DAS서버의 주소를 입력한다. 위에서 지정한 Variation 트랙에 das test를 선택해주면,,, Reomote DAS 서버의 데이터가 das test 부분에 보여진다. 이렇게 외부의 DAS 서버를 활..

Gbrowse에서는 GFF 형식의 데이터를 불러 들여 이를 MySQL 데이터베이스에 넣어서 관리한다. 본 글에서는 데이터를 GFF데이터를 읽어 MySQL에 넣는 방법과 MySQL에 저장된 데이터는 어떤 테이블에 어떤 구조로 들어가는지를 살펴보고, 쿼리를 통해서 MySQL에 저장된 데이터를 불러와 이를 Visualization하는 일련의 과정에 대해서 살펴보도록 하겠다. 1. GFF 데이터를 MySQL에 입력하기 BioPerl 패키지에는 GFF 형태의 데이터를 Gbrowse에서 사용할 수 있도록 MySQL에 넣어 주는 bulk_load_gff.pl 파일을 이용하면 된다. # bulk_load_gff -c -d dbi:mysql:gbrowse_db --user root --password passwd --g..

HapMap GBrowse HapMap에서 사용하는 gbrowse에 내 데이터 살짝 얹어 보도록 하자. 직접 Genome Browser를 만들 수 없는 상황이라면 아주 유용하게 사용될 수 있을 것이다. 아래 그림은 chromosome 9의 0.7M 영역에서의 HapMap 프로젝트에서 Genotype한 SNP(붉은색 삼각형)들과 dbSNP의 SNP(파란색 삼각형)들을 GBrowse를 통해서 본 것이다. HapMap에서의 Genotyped SNP와 dbSNP SNPs 트랙 여기서 내가 Genotype한 것들이 있을 경우 HapMap, dbSNP들과 비교해 보길 원한다면 자신의 Genotype한 데이터를 GFF 형식으로 만들어서 gbrowse에 살짝 넣어주면 된다. 자 그럼 시작해 보자. GBrowse Hac..

GFF, GBrowser File Format?? ^^, General Feature Format, Gene-Finding Format이라고 알려져있다. 자세한 GFF 문서는 여기에 나와 있다. 생물학 데이터를 표현하고 서로 교환하기 위한 데이터 포맷으로 GBrowse 등에서 사용되고 있다. GBrowse는 의 한 부분으로 앞서 언급한 GFF의 지원 이외에도 다양한 특징을 가지고 있다. 그 중에서 두드러진 특징은 바로 데이터의 공유라고 할 수 있다. GMOD에서는 GMOD Community Meeting과 GMOD Summer School등과 같은 지속적인 행사를 갖고 있는데, summer school의 경우 3일간에 걸쳐 실제 GMOD의 GBrowser 등을 vmware상에서 설치하고 설정도 해보고 또..