이전 포스팅에서 총 3개의 Java Panel 만들고 Panel 자체를 이미지로 출력해서 Google Maps API에서 사용할 Custom Map Tile에 사용하기로 했다. 문제는 Sense Panel과 AntiSense Panel에 Genome 정보(SNP, CNV, Exon, Intron 등등등등)를 어떻게 표시할것인가?에 대한 것이다. 그전에 그러면 Bioinformatics에서 위의 정보들을 보여주기 위해서 사용하는 그래픽은 어떠한 것들이 있는지 간단히 살펴보자. BioRuby의 다양한 생물 정보 표시 그래프?? 위의 그림들은 흔히 우리가 Genome Browser에서 보는 표시형식들이다. box, line, line with handles, directed, directed box, tria..
이제 해야 할 일은 이미지를 만드는 작업이다. 지금 만들 Genome Browser의 경우 위의 그림처럼 3개의 부분으로 나누어 생각해 볼 수 있다. 2번 부분은 chromosome의 위치를 보여주는 눈금자가 위치할 부분이고 이 눈금자(2번, Scale)를 기준으로 윗부분(1번, Sense)과 아랫부분(3번, Antisense)에 실제 유용한 정보들(SNP정보 등등)이 보여지게 된다. 여기에서는 Java를 이용하여 그림파일을 생성할 것이다. Java에서 이미지를 생성하고 이를 파일로 얻는 방법은 다음과 같다. 1. BufferedImage를 생성한다. 2. 위의 생성된 버퍼로 부터 Graphics 객체를 얻는다. 3. Graphics 객체에다가 마구 마구 그린다. drawLine(), fillRect()..
예전에 작년 5월 달이네요,, Bioinformatics와 웹 2.0이라는 주제를 가지고 글을 쓴적이 있었습니다. 저는 이글에서 Genome Browser를 만드는데 있어서 API를 제공하자는 뭐 그런류의 글이었는데 이것을 구현한 논문이 나와 있더군요,, 제가 생각한것과 조금 틀린점은 이들은 새로운 API를 만들어서 제공하는것이 아니라 Google Maps를 이용한 매시업을 통해서 Browser를 만들었다는 것이죠. 뭐 만들자는거나 만든어진거 가져다 쓰는거나.. ^^;; 어쨌든 Bioinformatics와 매시업의 만남이라는게 키포인트였으니 이건 서로 일맥상통합니다. ㅋㅋㅋ 영국의 paterson 암 연구소의 Bioinformatics 그룹의 X:Map: annotaion and visualization..
인간의 약 30억개(base)가 되는 염기서열을 해석한다는 것은 , 30억 베이스 중에서 어느 특정부분이 어떻게 단백질로 되어서, 세포내외에서 특정 역할을 어떻게 수행하는지를 밝히는 것이다. 이러한 해석 과정을 연구하기 위한 수많은 연구 분야가 있다. 간단하게 이러한 연구를 수많은 연구를 분야를 통틀어 Bioinformatics라고 한다면, 주로 바이오 데이터를 이용한 분석보다는 이러한 분석에 대한 연구를 진행하는데에 있어 기초적인 자료를 제공하는 바이오데이터 즉, 염기서열 정보, 유전자 해석정보등을 제공하는 바이오 데이터베이스와 Web 2.0과의 결합(?), 접목(?)에 대해서 논하고자 한다. 위에서 언급한 바이오데이터는 Genome Browser 형태로 제공되는데 바이오 데이터에 대한 정보는 상당히 ..
Virtual Appliances(가상응용쯤 해두어야 될듯) VMware Player나 VMware Server에서 바로 구동될 수 있도록 각 용도에 맞도록 미리 만들어진 이미지로 ntp서비스를 제공하고자 할 경우 새로운 서버를 도입, OS설치, ntp 서버 설치 및 설정의 과정을 거치지 않고 바로 기존 서버에 적용할 수 있도록 해준다. 그냥 기존 서버에 VMware Player를 설치하고 다운로드 한 Virtual Appliance를 실행하면 바로 ntp 서버가 되는 것이다. 간단하게 나마 appliance들을 살펴보도록 하자~ 나의 눈에 가장 먼저 띄는 것이 Human Genome Browser Appliance로 CentOS 기반 - MySQL, Apache, BioPerl, the Generic ..