(맞춤형 개인 의료, 개인 Genome 서비스, Google Health, 23andMe) 논문에서나 볼 수 있는 내용들이 점점 나(개인)에게 실질적으로 다가오고 있다. 이런 상황에서 자신의 Genome 정보를 시각화하고 다른 정보와 결합해서 보여주는 Genome Browser 또한 개인(연구용이라기 보다 좀 아는 일반인)에게 맞추어져야 할것이다. 제임스 왓슨 박사의 개인 Genome 브라우저 - 이런건 일반인에게 필요 없지,,, 만약 23andMe에서 Ensembl이나 UCSC Genome Browser에 개인의 정보를 추가해서 보여준다면 일반인들은 질색을 할 것이다. 그럼 개인의 입장에서 한번 살펴보자. 나는 나의 Genome 정보를 가지고 있다. 그럼 이것만 가지고는 그 어떤 정보도 찾을 수가 없다..
데이터베이스에서 정보를 읽어와 그림파일(Google Map의 Tile)로 저장하는 기능은 완료된 상태이다. 이제부터는 자신이 원하는 정보를 보여주기 위한 세세한 기능들을 추가하는 기능을 하나씩 만들어 가고 있다. 여기서 잠깐 기본적으로 미흡하나마 지금까지 추가된 기능들을 하나씩 소개하는 시간을 가지도록 하겠다. ^^ 주메뉴 살펴보기 주메뉴의 모습 View Data by Chromosome Genome Browser는 chromosome 하나씩 보여줄 수 있기 때문에 자신이 원하는 chromosome을 Select Box를 통해서 선택할 수 있다. 또한 자신이 원하는 chromosome의 특정 영역으로 빠르게 소환(?)할 수 있도록 [genome-wide view]를 선택하면 아래 그림과 같은 창이 뜨고 ..
만들어봐야겠다라고 생각하고 시작한지로부터 이제 거의 3주가 다 되어가네요 ^^;; 우선 오늘 추가된 부분은 제 블로그의 왼쪽 상단에 PAGES 부분에 Genome Browser Dev라는 링크를 만들었구요, Browser의 정보를 보여주는 왼쪽 상단의 붉은 박스의 내용을 좀 수정했습니다. 기본적으로 CSS에서 맑은 고딕 폰트를 보여주도록 바꾸었습니다. 줌인과 아웃시에 enableContinuousZoom() 메소드를 추가해서 부드럽게 줌 인/아웃이 되도록 했습니다. 현재 보여주는 정보는 1번 Chromosome의 첫부분 약 400,000bp 정도이며, CNV 정보를 보여주고 있습니다. 해당 CNV 정보는 Database of Genomic Variants의 정보를 기반으로 하고 있습니다. 이상!!!!
Genome Browser를 만들면서 한가지 고민에 빠지게 되었다. 이걸 왜 만들고 있는지에 대한 원초적인 질문에 답을 찾지 못하고 있다는 것이다. 왜 이걸 지금에야 생각하고 있는건지... 그동안 생물학자들은 여러가지 Genome Browser를 사용하고 있었지만, 그 생김새나 기능들은 그닥 큰 차이가 없기 때문에 별 어려움이 없이 사용하고 있다. 좀 불편하더라도 그 불편함을 모르고 그냥... 거기에다가 GMOD(Generic Model Organism Database project)에서도 GBrowse라는 브라우저를 제공하고 있다. 아마 이 브라우저가 가장 보편적인 Genome Browser의 표준(?)일 것이다. 그런데 이러한 기존 방식의 Genome Browser가 아닌 Google Map API를..