오늘 새로운 맥북과 맥북프로가 발표되면서 기존의 맥북 화이트의 경우 애플코리아의 경우 백만원대에 아직 존재하지만,,, 제가 쓰고 있는 맥북 블랙의 경우 이제 역사속으로 사라지게 되었네요 ^^;; 맥북을 쓰는 이유가 비교적 저렴한 가격에 맥북을 통해서 맥OS를 사용할 수 있다는 점에 끌려서 맥을 쓴지도 이제 몇년이 흘렀겄만,,, 오늘 출시된 맥북들은 국내 가격이 이백만원이 훌쩍 넘어버리네요,, 가장 싼 신형 맥북의 경우 $1,299인데 국내 가격은 209만원이니,,, 환율 때문에 어쩔 수 없는 것이겠지만,,, 외국 나가서 달러라도 벌어야하는건지 기대에 미치지는 못하지만 새로운 맥북이 발표되어 기분 좋게 하루를 시작하나 했더니 가격 때문에 -.- 이제 바꿀때가 되어서 요번 새로운 맥북으로 교체해볼까 생각했지..
제목이 좀 이상한데,,, 일본의 보석산업에 대해서 이야기 할 것은 아니라는건 눈치채셨겠죠 ^^;; 일본의 Open Bio의 간략한 리뷰를 할까 해서 입니다. 왜 일본이냐구요,,, 그야 뭐 어쩔수 없는 벤치마킹 모델이라고 할 수 있겠죠 ^^;; 자! 반짝반짝 루비입니다. 루비는 일본에서 태어났죠, 일본의 유키히로 마치모토가 만든 언어로서 좀 더 자세한 내용은 국내 루비 페이지에서 확인해보시면 됩니다. 이러한 루비에서도 Bio Perl이나 Bio Python과 같은 Bio Ruby가 존재하는데요, Bio Ruby가 바로 Open Bio Japan에서 주도적으로 만들어 지고 있다는 것입니다. 단지 만드는것에 그치지 않고 지속적으로 OBF, BOSC와 연결되어 운영중이라는 점입니다.(BOSC에서 매년 BioRu..
간단하게 Gbrowse만 설치하고 데이터가 없다면, 공개된 DAS 서버의 데이터를 가져와서 자신의 Gbrowse에 보여 줄 수 있다. 물론 자신의 데이터를 DAS를 통해 공개(DAS 서버의 역할을 하겠죠)할 수도 있다. 간단하게 config 파일에 다음과 같이 feature 부분에 remote feature로 해서 DAS 서버의 주소를 입력하면 해당 DAS 서버의 데이터를 가져와서 보여준다. Gbrowse Config 파일에 [teset]섹션을 만들고 feature를 remote feature로 해서 DAS서버의 주소를 입력한다. 위에서 지정한 Variation 트랙에 das test를 선택해주면,,, Reomote DAS 서버의 데이터가 das test 부분에 보여진다. 이렇게 외부의 DAS 서버를 활..
Gbrowse에서는 GFF 형식의 데이터를 불러 들여 이를 MySQL 데이터베이스에 넣어서 관리한다. 본 글에서는 데이터를 GFF데이터를 읽어 MySQL에 넣는 방법과 MySQL에 저장된 데이터는 어떤 테이블에 어떤 구조로 들어가는지를 살펴보고, 쿼리를 통해서 MySQL에 저장된 데이터를 불러와 이를 Visualization하는 일련의 과정에 대해서 살펴보도록 하겠다. 1. GFF 데이터를 MySQL에 입력하기 BioPerl 패키지에는 GFF 형태의 데이터를 Gbrowse에서 사용할 수 있도록 MySQL에 넣어 주는 bulk_load_gff.pl 파일을 이용하면 된다. # bulk_load_gff -c -d dbi:mysql:gbrowse_db --user root --password passwd --g..
일전에 와이어드의 '이론의 끝 - 데이터 홍수가 과학적 방법을 쓸모없게 만든다'에 대한 'LiFiDeA의 전문가의 시대는 끝났나'라는 글에서 보듯 생물학에서의 데이터들은 전문가들의 시대를 끝낼 만큼 점차 쌓여져 가고 있지만, 데이터의 이질성으로 인해 전문가들을 끝낼 수만은 없는 상황이다. 이러한 상황에서 몇년전 부터 생물정보 데이터를 검색하고 이를 생물정보 분석도구와 연결하여 사용하도록 해주는 웹 서비스와 이에 기반을 둔 워크플로우 툴들이 상당 수 소개되어 사용되고 있다. 이미 유럽이나 일본에서는 자신들의 데이터와 도구들을 웹 서비스화 하고 있지만, 이것 또한 여러가지 문제점을 지니고 있다. 그럼 왜 워크플로우나 웹 서비스를 사용하지 않을까? 물론 홍보가 잘 되지 않은 이유도 있겠고, 국내에서는 워크플로..