Bioblogs 62

분자설계연구소에서 개최한 Virtual Laboratory~~에 다녀왔습니다.

사단법인 분자설계연구소(연세대학교내)에서 "Virtual Laboratory based on GRID Technology workshop"에 다녀왔습니다. 아침에 7720번 버스를 타고 연세대학교로 향하는 길은 출근을 하지 않는다는 것만으로도 ㅋㅋㅋ^^ 더 잊기전에 기억에 남는 세션만 간략하게 정리해봅니다. 미투데이에 간략하게 남기다가,, 인터넷 사정이 별로 좋지 않아서 그만두고 메모 남기기를 포기했습니다. ㅋㄷㅋㄷ Large Scale Computing for Bioinformatics Yutaka Akiyama, Tokyo Institute of Technology, Japan 기억에 남는건 GPU(graphics processing unit)에 SSD까지 이용해서 클러스터를 구축해서 높은 성능 향상..

Bioblogs 2008.03.24

BioBlogRSS 서비스가 이렇게 바뀌었습니다.

기존의 Bioinformatics 관련 블로거들의 글들을 수집해서 보여주던 BioBlogRSS는 DB를 사용하고 있지 않아서 좀 느리고, 제목과 해당 블로그로 갈 수 있는 링크만을 제공했었죠,, 그나마 레몬펜을 통해서 블로그 글에 대한 자신의 의견이나 블로그의 내용등을 이용자가 직접 작성할 수 있도록 만든 메타 블로그 사이트였습니다. 기존의 BioBlogRSS (http://www.hongiiv.com/bioblogrss_/bioblog.html) 링크는 살려두었습니다. ^^ 이번에 공개된 설치형 메타 블로그 인 날개(Wing)으로 바꾸고 약간의 스킨변경과 레몬펜을 달았습니다. 제자신이 생각하기에 기존에는 레몬펜의 역할을 많이 기대했는데,, 그냥 일반적인 메타 블로그 형태가 더 나을것 같다는 생각에 바꿔..

Bioblogs 2008.03.21

유전체 연구에서의 e-Science

대용량 데이터(개방된 혹은 철저히 베일에 가린)와 이를 분석하고 시뮬레이션할 수 있는 계산 능력 꺼리낌 없이 자연스러운 협업(참여)기반의 연구 개발 패러다임 타 연구 분야간 융합을 통한(창발성에 대한 대안?? 모든 문제에 대한 대안은 되겠지 ^^;;) 문제 해결 방안 모색 및 문제 해결 이 모든것을 해결함으로서 막대한 시너지 창출(집단 지성의 표출) 이것은 지금 현재 생물학뿐만 아니라 모든 과학 분야에 해당될 것이다. 이것을 해결하고자 하는 솔루션이 현재 회자되고 있는 e-Science, Science 2.0이 아닐까? 생각한다.

Bioblogs 2008.03.12

Engineers hate complexity - Bio:Blog #19

Bio:Blog를 접하고 나서 오! 이런 짓거리를 다하다니,,, 정말 놀라울 따름이었다. 국내에서도 이런 시도를 할 수 있을까? 라는 생각에 혼자서 국내에 관련 블로거들을 검색엔진으로 온갖 키워드를 넣어가면서 검색하다가 비누인형님의 블로그도 알게 되었고(나와 같은 것?에 흥미를 가지고 있는 사람이 있다는것이 이렇게 기쁠 수가!!), 그 초석을 다지고자 하는 마음으로 BioBlogRss라는 서비스도 만들고 레몬펜도 껴 넣으면서 나름 짝퉁 Bio::Blog를 만들어보고자 했다. 조엘의 Joel on Software 라는 책에서 읽었던가?? 누군가 알아주기를 바라서가 아니라,,, 너의 뜻에 동참하지 않는다고 하더라도 너 혼자서라도 꾸준히 하라는(책에는 뭐라 써있었는지 기억은 확실치 않지만, 지금 내 머리속에 ..

Bioblogs 2008.03.11

생물학의 공개된 데이터를 가져다 쓰기-OpenAPI, Mashup, Open Source

생물학 분야만큼이나 공개된 데이터가 많은 과학분야가 또 있을까?? 기존에는 연구소나 정부기관들이 컨소시엄등을 구성하여 연구한 데이터를 공개하는 경우가 대부분이었다. 여기서 더불어 단지 공개만 하는것이 아니라,, 다른 연구자들이 이를 손쉽게 가져가서 사용할 수 있도록 Open API(거의 대부분이 웹서비스방식이며, DDBJ에서 REST 방식으로 최근 정보를 제공)를 제공하고 있는 추세이다. 지난 포스팅들에서 이러한 공개된 데이터를 가져다 사용하는 방법에 대해서 여러번 언급했으므로 패스,, 그런데 이러한 데이터의 공개는 이제 일반 회사에서도 이루어지고 있다. 특히나 일반 회사들이 이러한 공개를 한다는 것은 정말이지 쉽지 만은 않은 일이었을거다. Forbes지에 Biology Gose Open Source라는..

Bioblogs 2008.03.04

Genome Browser - 미흡한 기능들 추가

데이터베이스에서 정보를 읽어와 그림파일(Google Map의 Tile)로 저장하는 기능은 완료된 상태이다. 이제부터는 자신이 원하는 정보를 보여주기 위한 세세한 기능들을 추가하는 기능을 하나씩 만들어 가고 있다. 여기서 잠깐 기본적으로 미흡하나마 지금까지 추가된 기능들을 하나씩 소개하는 시간을 가지도록 하겠다. ^^ 주메뉴 살펴보기 주메뉴의 모습 View Data by Chromosome Genome Browser는 chromosome 하나씩 보여줄 수 있기 때문에 자신이 원하는 chromosome을 Select Box를 통해서 선택할 수 있다. 또한 자신이 원하는 chromosome의 특정 영역으로 빠르게 소환(?)할 수 있도록 [genome-wide view]를 선택하면 아래 그림과 같은 창이 뜨고 ..

Bioblogs 2008.03.03

Genome Browser 진행 상황

만들어봐야겠다라고 생각하고 시작한지로부터 이제 거의 3주가 다 되어가네요 ^^;; 우선 오늘 추가된 부분은 제 블로그의 왼쪽 상단에 PAGES 부분에 Genome Browser Dev라는 링크를 만들었구요, Browser의 정보를 보여주는 왼쪽 상단의 붉은 박스의 내용을 좀 수정했습니다. 기본적으로 CSS에서 맑은 고딕 폰트를 보여주도록 바꾸었습니다. 줌인과 아웃시에 enableContinuousZoom() 메소드를 추가해서 부드럽게 줌 인/아웃이 되도록 했습니다. 현재 보여주는 정보는 1번 Chromosome의 첫부분 약 400,000bp 정도이며, CNV 정보를 보여주고 있습니다. 해당 CNV 정보는 Database of Genomic Variants의 정보를 기반으로 하고 있습니다. 이상!!!!

Bioblogs 2008.02.28