바이오인포매틱스 분야에서도 많은 부분에서 컴퓨팅 파워를 필요로 하지만, 그 중에서도 대표적인 부분은 genome comparison과 alignment 일것이다. 이러한 대용량 컴퓨팅 파워에서 그래픽 카드의 비약적인 발전으로 GPU의 그래픽 이외의 계산에 응용되기 시작했다. 그런데 여기서 한가지 짚고 넘어가야 할 것이 있다. 슈퍼컴퓨팅 분야에서 클러스터를 이용한 방법은 비교적 값싼 하드웨어를 통해서 높은 성능을 얻을 수 있다는 장점으로 많이 사용되고 있다. 그러나 각 컴퓨터에 분산된 메모리에 접근해서 사용하기 위해서는 MPI와 같은 라이브러리를 이용해서 병렬 프로그래밍을 해야만 한다. 그래야 분산된 메모리를 마치 하나의 메모리처럼 사용하여 프로그래밍을 할 수 있다. 마찬가지로 GPU의 성능이 아무리 뛰어..
생물정보학에서의 서열 유사성 검색의 중요성은 굳이 설명하지 않아도 다들 이해하시리라 믿는다. 여기서는 String Match라는 관점에서 서열 데이터(text)로 부터 주어진 서열 찾는 Suffix Tree 알고리즘과 이 알고리즘을 GPU를 통해서 구현하는 방법에 대해서 알아보고자 한다. GPU(Graphics Processing Unit)는 무엇인가? 간단하게 말하면 컴퓨터에 있는 그래픽 카드의 CPU라고 생각하면 될것이다. 요즘 게임들은 3D와 실사와 정말 유사한 화면을 제공하는데, 이러한 것들을 CPU가 아닌 그래픽 카드의 GPU에서 처리하게 함으로써 좀 더 빠르게 게임을 할 수 있는 환경을 제공하는 것이다. 그런데 이 GPU의 아키텍처의 특성상 이것만 하기에는 너무 아깝기 때문에 범용적인 수치연산..
사단법인 분자설계연구소(연세대학교내)에서 "Virtual Laboratory based on GRID Technology workshop"에 다녀왔습니다. 아침에 7720번 버스를 타고 연세대학교로 향하는 길은 출근을 하지 않는다는 것만으로도 ㅋㅋㅋ^^ 더 잊기전에 기억에 남는 세션만 간략하게 정리해봅니다. 미투데이에 간략하게 남기다가,, 인터넷 사정이 별로 좋지 않아서 그만두고 메모 남기기를 포기했습니다. ㅋㄷㅋㄷ Large Scale Computing for Bioinformatics Yutaka Akiyama, Tokyo Institute of Technology, Japan 기억에 남는건 GPU(graphics processing unit)에 SSD까지 이용해서 클러스터를 구축해서 높은 성능 향상..
기존의 Bioinformatics 관련 블로거들의 글들을 수집해서 보여주던 BioBlogRSS는 DB를 사용하고 있지 않아서 좀 느리고, 제목과 해당 블로그로 갈 수 있는 링크만을 제공했었죠,, 그나마 레몬펜을 통해서 블로그 글에 대한 자신의 의견이나 블로그의 내용등을 이용자가 직접 작성할 수 있도록 만든 메타 블로그 사이트였습니다. 기존의 BioBlogRSS (http://www.hongiiv.com/bioblogrss_/bioblog.html) 링크는 살려두었습니다. ^^ 이번에 공개된 설치형 메타 블로그 인 날개(Wing)으로 바꾸고 약간의 스킨변경과 레몬펜을 달았습니다. 제자신이 생각하기에 기존에는 레몬펜의 역할을 많이 기대했는데,, 그냥 일반적인 메타 블로그 형태가 더 나을것 같다는 생각에 바꿔..
대용량 데이터(개방된 혹은 철저히 베일에 가린)와 이를 분석하고 시뮬레이션할 수 있는 계산 능력 꺼리낌 없이 자연스러운 협업(참여)기반의 연구 개발 패러다임 타 연구 분야간 융합을 통한(창발성에 대한 대안?? 모든 문제에 대한 대안은 되겠지 ^^;;) 문제 해결 방안 모색 및 문제 해결 이 모든것을 해결함으로서 막대한 시너지 창출(집단 지성의 표출) 이것은 지금 현재 생물학뿐만 아니라 모든 과학 분야에 해당될 것이다. 이것을 해결하고자 하는 솔루션이 현재 회자되고 있는 e-Science, Science 2.0이 아닐까? 생각한다.
Bio:Blog를 접하고 나서 오! 이런 짓거리를 다하다니,,, 정말 놀라울 따름이었다. 국내에서도 이런 시도를 할 수 있을까? 라는 생각에 혼자서 국내에 관련 블로거들을 검색엔진으로 온갖 키워드를 넣어가면서 검색하다가 비누인형님의 블로그도 알게 되었고(나와 같은 것?에 흥미를 가지고 있는 사람이 있다는것이 이렇게 기쁠 수가!!), 그 초석을 다지고자 하는 마음으로 BioBlogRss라는 서비스도 만들고 레몬펜도 껴 넣으면서 나름 짝퉁 Bio::Blog를 만들어보고자 했다. 조엘의 Joel on Software 라는 책에서 읽었던가?? 누군가 알아주기를 바라서가 아니라,,, 너의 뜻에 동참하지 않는다고 하더라도 너 혼자서라도 꾸준히 하라는(책에는 뭐라 써있었는지 기억은 확실치 않지만, 지금 내 머리속에 ..