Pierre Lindenbaum(Blog : YOKOFAKUN) 이 분은 프랑스분이신거 같은데 프로필에 보면 바이러스학을 전공하시는걸로 되어있는데,,, Nature Network의 Bioinformatics그룹이나 MyExperiment에서 봤던(?)분이다. 이것저것 참 재미있는 내용이 많은 블로그이고, BioBlogRSS에도 등록되어 구독되고 있는 바로 그 블로그인데,, 여기의 My fNotebook: Apache Tomcat / Bioinformatics의 글에서 누구나가 쉽게 리눅스에서 웹서버를 설치하고 활용하는 방법에 대해서 적어 주셨다. 이 글에서 UCSC의 dbsnp를 가져오는 부분만 발췌해서 보면 다음과 같다. 1. snp 정보가 들어갈 데이터베이스를 생성한다. mysql -u root -p..
데이터베이스에서 정보를 읽어와 그림파일(Google Map의 Tile)로 저장하는 기능은 완료된 상태이다. 이제부터는 자신이 원하는 정보를 보여주기 위한 세세한 기능들을 추가하는 기능을 하나씩 만들어 가고 있다. 여기서 잠깐 기본적으로 미흡하나마 지금까지 추가된 기능들을 하나씩 소개하는 시간을 가지도록 하겠다. ^^ 주메뉴 살펴보기 주메뉴의 모습 View Data by Chromosome Genome Browser는 chromosome 하나씩 보여줄 수 있기 때문에 자신이 원하는 chromosome을 Select Box를 통해서 선택할 수 있다. 또한 자신이 원하는 chromosome의 특정 영역으로 빠르게 소환(?)할 수 있도록 [genome-wide view]를 선택하면 아래 그림과 같은 창이 뜨고 ..
만들어봐야겠다라고 생각하고 시작한지로부터 이제 거의 3주가 다 되어가네요 ^^;; 우선 오늘 추가된 부분은 제 블로그의 왼쪽 상단에 PAGES 부분에 Genome Browser Dev라는 링크를 만들었구요, Browser의 정보를 보여주는 왼쪽 상단의 붉은 박스의 내용을 좀 수정했습니다. 기본적으로 CSS에서 맑은 고딕 폰트를 보여주도록 바꾸었습니다. 줌인과 아웃시에 enableContinuousZoom() 메소드를 추가해서 부드럽게 줌 인/아웃이 되도록 했습니다. 현재 보여주는 정보는 1번 Chromosome의 첫부분 약 400,000bp 정도이며, CNV 정보를 보여주고 있습니다. 해당 CNV 정보는 Database of Genomic Variants의 정보를 기반으로 하고 있습니다. 이상!!!!