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Bioinformatics39

OBK(Open Bioinformatics Korea) 모임 후기 2010년 첫 모임이 신촌의 토즈에서 있었습니다. 모두들 바쁘신 와중에도 무려 16분이 참석해주셨습니다. 도넛으로 간단히 허기를 달래고, 싱가폴에 계신 김한조 박사님을 연결해서 지금 하고 계신일에 대해서 재미있게 말씀해 주셨습니다. 아쉬운 점은 노트북의 스피커로 나오는 음성이 좀 작아서,,, 다음에는 스피커도 준비해야 할 듯 합니다. 올 겨울 들어서 너무 추운데,,, 김한조 박사님은 반팔을 입고 계셨습니다... -.-;; 그 다음으로 제가 간단하게 PubMed와 블로그의 글들의 RSS를 가져와서 야후 파이프를 이용해서 원하는 글과 저널을 다시 한번 필터링하는 방법에 대해서 이야기 했습니다. 거의 1년만에 발표에 성공 ㅜㅜ View more presentations from Hong ChangBum. 그리.. 2010. 2. 5.
Bioinformatics를 위한 Hadoop Hadoop World: NYC 2009에서 아마존 웹 서비스의 Deepak Singh가 Hadoop for Bioinformatics라는 재미있는 주제로 발표를 했다. 넥스알의 한재선 박사님도 이메일 아카이빙 솔루션인 Terapot에 대해서도 발표를 하셨군요. 1. 엄청난 데이터가 몰려들어와 있고, 몰려들고 있다. 직접 발표를 들은것이 아니라, 슬라이드만 보고 혼자 생각한것을 적어본다면, 1-30 페이지까지는 엄청나게 쏟아져나오는 데이터에 대해서 이야기 하고 있는것 같습니다. 이부분에 대해서는 저도 제작년 발표때 언급을 한것인데, 추가 된것이라면 NGS를 이용한 엄청난 데이터에 대해서 더 언급 되어있습니다. 5-7페이지: 공개된 많은 생물학 데이터(genebank, pdb 등등)들이 있다고 합니다. 9.. 2009. 10. 26.
Landscape of Parallel computing Research 13 난쟁이 Berkeley에서 발표한 The Landscape of Parallel Computing Research: A View from Berkeley를 보면 난쟁이(Dwarf)라는 개념을 이용해서 병렬 컴퓨팅 환경에서 어플리케이션들을 집합을 가지고 통신 및 전산 공통 패턴에 대해서 정리하고 있다. 핵심적인 것은 17p~19p에 걸쳐서 총 13개의 Dwarfs와 각각의 Dwarfs들이 Embedded Computing, General Purpose Computing, Machine Learning, Graphics/Games/Databases에서 어떠한 형태로 발현? 되는지를 요약하고 있다. 또한 2008년도 자신의 연구에 대한 문서를 보면 각 Dwarfs(Motif라는 표현)와 컴퓨팅분야, 자신.. 2008. 11. 4.
Agile development for Bioinformatics 이화여대 시스템생물학 연구소와 서울대 생명의약네트워크 연구정보센터의 주관으로 Agile을 통한 Bioinformatics 소프트웨어 개발의 생산성 향상에 관한 워크샵이 열립니다. 7월 28일 부터 8월 2일까지니까, 관심있는 분들은 많은 참여를 바랍니다. ^^ Agile은 이미 BMC Bioinformatics의 "Agile methods in biomedical software development: a multi-site experience report"라는 논문으로도 나와 있죠 ^^;; 그리고 현재 구글 그룹스에 "Open Bioinformatics Korea"라는 그룹이 만들어져 있습니다. 제목만 봐도 어떤곳인지 솔깃하시죠 ^^;; 다음에 좀더 자세한 내용을 다루기로 하고, 오늘은 이정도만,,,(.. 2008. 7. 8.