단맛만좋아요

저는 아침에 출근해서 제일 먼저 하는 일이 관심있는 블로그들을 한번 주욱 둘러보는것입니다. 그리고 퇴근전에 다이어를 정리하고는 다시 한번 블로그를 둘러보고는 퇴근을 합니다. 처음에는 firefox의 탭을 주욱 늘어 놓고는 일일이 블로그들을 돌아다녔었는데,, 이것도 만만치 않은 일이더군요. 그래서 RSS 리더를 이용해서 블로그들의 RSS를 등록해서 사용하고 있습니다. 그런데 이게 내가 관심있는 블로그라고 해도 내가 관심있는 글이 꼭 올라오지는 않습니다. 제목을 보고는 글을 읽을건지를 선택하거나, 글을 읽다가 "어 이건 별로" 하곤 하죠 ^^;; 그런데 문제는 한글로 된 블로그는 그나마 읽을 글을 선택하고 읽는데는 별 어려움이 없지만,,, 영어로 된 블로그들은 글을 선택하거나 글의 포인트를 찾는데(논문이나 ..

생물정보학을 통해서 어떠한 분석이나, 분석을 시스템을 만드는 경우 우리는 오픈소스로 소프트웨어를 활용게 된다. 마이크로어레이 분석 시스템이나, genome 브라우저 등을 만들때도 있고 아니면 비교적 스크립트 몇줄로 이루어진 분석 도구를 만들때도 있다. 이런 경우 무턱대고 처음부터 끝까지 자신이 직접 코드를 작성하진 않을 것이다. 자신이 원하는 기능을 같은 라이브러리(Bioperl, Biojava, Biopyton)나 소프트웨어(R-project, svm light, ensembl, blast)등을 이용할 것이다. 이러한 작업에 있어서 우선 처음으로 생각해봐야 할것은 어떠한 오픈소스라이브러리나 소프트웨어를 사용하는가 이다. 나에게 필요한 오픈소스 소프트웨어가 무엇인지를 찾아보는 Ohloh.net의 Stac..

OBF에서 지원하는 BOSC(Bioinformatics Open Source Conference) 2007에서 재미난 것들을 나만 알아보도록 요약해봤다 ^^;; BOSC 2007 발표자료 1 - An Open Source Framework for Teaching Bioinformatics where's the real bottleneck in scientific computing? scientific software developement is not an oxymoron an open source software culture in the undergraduate computer science curriculum 산업현장과 학교간의 격차 오픈소스 정의 오픈소스의 가치 오픈소스 교육 프레임워크(소스코드,..

OBF(Open Bioinformatics Foundation)은 바이오인포매틱스분야의 공개 소스 프로그래밍을 지원하는데 초점을 맞추고 자발적으로 운영되는 비영리 단체이다. 이 단체는 자발적인 프로젝트인 Bioperl, BioJava, BioPython에서 생겼고, 하드웨어 소유를 위한 적당한 조건들과 도메인 네임 관리, 컨퍼런스와 워크샵을 위한 기금마련 등을 처리하기 위해 통합되었다. OBF의 주요한 활동은 다음과 같다. BOSC(Bioinformatics Open Source Conference) 컨퍼런스를 승인하고, 개최한다.미래의 ‘hackathon’ 이벤트를 승인하고, 개최한다.서버와 설비, 은행 계정, 도메인 네임과 같은 자산들을 관리한다.미국의 Delaware주에 비영리 법인으로 조직되어 있..

향후 Bioworks의 경우 각종 스크립트 언어를 추가하여 사용자가 워크플로우내에서 프로그래밍을 통하여 필요한 기능을 추가할 수 있도록 할 계획에 있다고 한다. Taverna의 경우는 BeanShell이라는 Java 언어를 통하여 사용자가 워크플로우내에 프로그래밍 로직을 작성할 수 있도록 해주고 있다. 기타 Perl, python, Ruby등의 다른 스크립트 언어에 익숙한 사용자에게는 다소 불편함이 있을 수도 있다. 어쨌든 이러한 프로그램 언어의 사용과 더불어 Taverna에서는 통계 언어인 R(Bioinformatics에 관련된 라이브러리도 상당히 많이 존재하죠 ^ㅇ^)을 사용할 수 있도록 하고 있는데, 바로 RShell을 통해서다. Taverna의 RShell은 R을 TCP/IP 기반으로 원격에서도 ..

여기 계신분들은 이미 Biopipe는 알고 계실테고 Taverna는 Biopipe와 유사한데 뭐라 좀 말하긴 그렇고 암튼 요번에 KISTI의 CCBB에서도 Bioworks라는 Bio 워크플로우 툴을 만들었는데요,,, 자세한 내용은 http://socmaster.homelinux.org/~hongiiv 를 참고 각 기관에서는 서로 다른 서비스라고 말할수도 있겠지만 제가 보기에는 그나물에 그밥인것 같은데요,,, (암튼 요즘 왜이렇게 워크플로우 툴들이 많이 나오는지...) 제 생각엔 이러한 툴의 성능이나 기능보다는 어떻게 실 사용자들에게 좀 더 많은 정보와 손쉬운 접근을 가능하게 하느냐가 관건인건 같습니다. 달랑 툴하나 보단 그 툴을 사용하기 위한 그 무엇이 실사용자에겐 더 필요할것 같은데요. 그런 의미에서 ..

영국의 대표적인 workflow인 Taverna와 KOBIC의 BioPipe 그리고 하나더 국내에서 발표되었습니다. 바로 Bioworks가 KISTI에서 태어났습니다. 요즘은 아무리 서비스를 내놓기 전에 Beta가 유행이지만, 역시 Bioworks도 베타버전입니다. 지금 등록된 서비스는 Alignment, DNA Analysis, Protein Analysis, Utils의 크게 4개 분야로 되어있습니다. 기존에 KISTI의 CCBB에서 제공하던 서비스들인 것 같습니다. CCBB에서 제공하던 서비스들은 제대로 잘 안돌아 가던데 Bioworks에서는 잘 돌아갈런지 ^^;; KISTI의 막강한 슈퍼컴퓨팅 파워와 네트워크 파워가 잘 어우러진다면 이것도 꽤 쓸만하겠는데요,,, Java로 만들어진 어플리케이션이고..

토니 헤이(Tony Hey) 교수는 영국 e-Science 프로그램의 책임자를 맏고 계시던 분인데 이제는 Microsoft의 Technical Computing부분의 대빵으로 근무하고 계신가부다. 암튼 이 분 e-science 부분에 대해서 꽤 많은 일들을 하신것 같은데, Grid 2007에서 키노트를 담당하셨다. 간략하게 발표자료를 보면 e-science: Data is easily accessiblee-science: Data is easily shareablee-science: Services expose functionalitye-science: Services can be composede-science: Data and Services can be accessed securelye-scienc..

DDBJ(DNA Data Bank of Japan)는 일본국립유전학연구소(National Institute of Genetics) 산하 기관으로 DNA 염기서열의 데이터베이스를 유럽의 EMBL, 미국의 GenBank와 함께 구축하여 제공하고 있다. DNA 데이터는 DDBJ, EMBL, GenBank중 하나에 등록되지 않으면 저널에 수록되지 않으며 이 3개 기관은 신속하게 처리해 갱신하는 역할을 하고 있다.은 DDBJ에서 제공하고 있는 주요 웹 서비스를 보여주고 있다. 표 1. DDBJ에서 제공하는 주요 웹 서비스 웹 서비스가 나온지 오랜 시간이 지났지만 아직까지 활발히 사용되지 않고 있는건 아마도 사용하기 까다롭기 때문일 것이다. DDBJ에서는 이러한 어려움을 줄이고 좀더 손 쉬운 방법으로 서비스를 제공..

바이오인포매틱스와 웹 서비스 분자생물학이나 바이오인포매틱스와 관련한 도구들이나 데이터베이스에 대한 웹 서비스는 꾸준히 늘어가고 있다. 대표적인 곳으로는 영국의 EMBL-EBI, 미국의 NCBI, 일본의 DDBJ와 PDBJ가 있으며, 그 외에도 연구소나 프로젝트별로 다양한 웹 서비스를 제공하고 있다. 주요 데이터 센터 EMBL-EBI, Cambridge, 영국 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices)NCBI, 미국 (http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/esoap_help.html)DDBJ, 일본 (http://xml.nig.ac.jp/index.html)PDBJ, 일본 (http://pdbj.protein.osaka-u..