만들어봐야겠다라고 생각하고 시작한지로부터 이제 거의 3주가 다 되어가네요 ^^;; 우선 오늘 추가된 부분은 제 블로그의 왼쪽 상단에 PAGES 부분에 Genome Browser Dev라는 링크를 만들었구요, Browser의 정보를 보여주는 왼쪽 상단의 붉은 박스의 내용을 좀 수정했습니다. 기본적으로 CSS에서 맑은 고딕 폰트를 보여주도록 바꾸었습니다. 줌인과 아웃시에 enableContinuousZoom() 메소드를 추가해서 부드럽게 줌 인/아웃이 되도록 했습니다. 현재 보여주는 정보는 1번 Chromosome의 첫부분 약 400,000bp 정도이며, CNV 정보를 보여주고 있습니다. 해당 CNV 정보는 Database of Genomic Variants의 정보를 기반으로 하고 있습니다. 이상!!!!
Genome Browser를 만들면서 한가지 고민에 빠지게 되었다. 이걸 왜 만들고 있는지에 대한 원초적인 질문에 답을 찾지 못하고 있다는 것이다. 왜 이걸 지금에야 생각하고 있는건지... 그동안 생물학자들은 여러가지 Genome Browser를 사용하고 있었지만, 그 생김새나 기능들은 그닥 큰 차이가 없기 때문에 별 어려움이 없이 사용하고 있다. 좀 불편하더라도 그 불편함을 모르고 그냥... 거기에다가 GMOD(Generic Model Organism Database project)에서도 GBrowse라는 브라우저를 제공하고 있다. 아마 이 브라우저가 가장 보편적인 Genome Browser의 표준(?)일 것이다. 그런데 이러한 기존 방식의 Genome Browser가 아닌 Google Map API를..
바로 이전 글에서 대용량 컴퓨팅 즉 클러스터 컴퓨팅환경을 Yaohoo와 Google에서 연구자들에게 제공한다고 했었다. 대용량 컴퓨팅환경, 좀 더 세분화한다면 여러대의 컴퓨터를 묶어서 사용하는 클러스터 환경과 Bioinformatics 연구를 한번 짚고 넘어가 보려고 한다. 클러스터 컴퓨팅환경을 사용하는 가장 일반적인 예는 바로 처리하고자 하는 일을 나누어서 하는 것이 가장 손쉬운 클러스터 컴퓨터를 이용하는 방법이다. 24개의 chromosome에 대응하는 어떠한 데이터가 있다고 가정할 때 한 대의 컴퓨터로 24개의 chromosome 데이터를 처리할때에 24시간의 시간이 걸린다고 한다면 24대의 컴퓨터에 이러한 작업(job)을 분배한다면 1시간에 끝마칠 수 있다. 바로 linear하게 속도를 향상 시킬..
이전에 국내 바이오인포매틱스 관련 오픈소스 현황이라는 주제의 글에서 대용량 데이터 분석 환경 지원 부분에서 연구를 위해서 단순하게 슈퍼컴퓨터나 cluster 컴퓨터의 기본적인 환경만을 제공하는 것이 아니라 이러한 환경에 + 유틸리티를 덧붙여 제공해야 한다고 언급했었습니다. 그 일례로 Yahoo에서는 학교나 일반 기업에서 구비하기 힘든 Hadoop기반의 클러스터 컴퓨팅 자원에 대해서 학술 연구 목적으로 지원을 하고 있다고 했었죠. 슈퍼컴퓨팅 자원 + 이를 좀더 유연하게 활용할 수 있는 utility(야후에서는 Hadoop) Google의 official 블로그에서도 Supporting cluster computing in the research community이라는 글이 올라왔습니다. 역시나 Google..
Genome Browser를 만들면서 기술적으로 가능한지에 대한 타당성에 대해서 검토를 대충 마쳤다. 따라서 이제는 세부 사항들에 대해서 정의를 하려고 한다. ^^ 그럼 제일 중요한 Brower의 요소인 그래픽 요소들에 대해서 하나씩 정리를 하고 이를 구현해보려고 한다. Genome Brower의 그래픽 요소 Brower에서 사용자가 정보를 얻는 제일 첫번째는 Genome 정보를 그래픽으로 표현한 그래픽 요소들로 부터 1차적으로 정보를 얻는다. Genome Browser의 목적 중 하나가 바로 Genome 정보를 사용자가 그래픽 요소들을 툥해 한눈에 쉽게 알아볼 수 있도록 하는 것이기 때문에 이러한 그래픽 요소의 정의가 충분이 이루어져야 사용자가 원하는, 사용자가 맘에 드는 Browser를 만드는 첫 단..