단순하게 Bioinformatics관련 블로그의 글들을 모아서 보여주고 레몬펜으로 자신의 생각을 적을 수 있도록 만든 BioBlogRSS 사이트가 가장 기본적인 기능이면서 핵심기능을 모두 갖추게 되었습니다. BioBlogRSS는 국내외 Bioinformatics관련 블로거들의 블로그 총 13개에서(각 블로그의 목록은 OPML 형태로 제공되고 있습니다.) 수집된 232개의 글중에서 총 111개의 글을 보여주고 있습니다. 어디로 접속해야 하나요? BioBlogRSS의 공식적인 주소?는 http://www.hongiiv.com/bioblogrss/bioblog.html 입니다. 참고로 제 블로그 왼쪽의 PAGES부분에도 링크를 걸어두었습니다. 왜 13개의 블로그인가요? 현재까지 제가 파악하고 있는 적어도 제가..
위선 위의 그림과 같이 UI쪽은 대충 마무리 되었습니다. 많은 부분을 모 홈페이지의 디자인을 상당 베낀 모습입니다. 추후 변경될 예정입니다. ^^;; 그림을 클릭해서 보시면 확대 가능합니다. 우선 작업을 진행하면서 이것저것 고려해보았습니다. 사용자 스토리 즉 기능분석 작업은 아래와 같습니다. 1, Bioinformatics 관련 블로그의 RSS를 읽어와 화면에 표시해야한다. 2, 화면에 표시된 RSS의 글에는 해당 블로그의 이름, 링크, 날짜, 간단한 내용이 포함되어야 한다. 3, 표시된 RSS글에 대해서 레몬펜으로 메모를 추가할 수 있어야 한다. 4, 현재까지 수집된 RSS에 통계정보를 표시해야 한다. 5, 오래된 글과 레몬펜 메모도 확인 가능해야 한다.(이부분이 좀 ^^, 어쩔수 없이 DB를 사용해야..
저는 아침에 출근해서 제일 먼저 하는 일이 관심있는 블로그들을 한번 주욱 둘러보는것입니다. 그리고 퇴근전에 다이어를 정리하고는 다시 한번 블로그를 둘러보고는 퇴근을 합니다. 처음에는 firefox의 탭을 주욱 늘어 놓고는 일일이 블로그들을 돌아다녔었는데,, 이것도 만만치 않은 일이더군요. 그래서 RSS 리더를 이용해서 블로그들의 RSS를 등록해서 사용하고 있습니다. 그런데 이게 내가 관심있는 블로그라고 해도 내가 관심있는 글이 꼭 올라오지는 않습니다. 제목을 보고는 글을 읽을건지를 선택하거나, 글을 읽다가 "어 이건 별로" 하곤 하죠 ^^;; 그런데 문제는 한글로 된 블로그는 그나마 읽을 글을 선택하고 읽는데는 별 어려움이 없지만,,, 영어로 된 블로그들은 글을 선택하거나 글의 포인트를 찾는데(논문이나 ..
생물정보학을 통해서 어떠한 분석이나, 분석을 시스템을 만드는 경우 우리는 오픈소스로 소프트웨어를 활용게 된다. 마이크로어레이 분석 시스템이나, genome 브라우저 등을 만들때도 있고 아니면 비교적 스크립트 몇줄로 이루어진 분석 도구를 만들때도 있다. 이런 경우 무턱대고 처음부터 끝까지 자신이 직접 코드를 작성하진 않을 것이다. 자신이 원하는 기능을 같은 라이브러리(Bioperl, Biojava, Biopyton)나 소프트웨어(R-project, svm light, ensembl, blast)등을 이용할 것이다. 이러한 작업에 있어서 우선 처음으로 생각해봐야 할것은 어떠한 오픈소스라이브러리나 소프트웨어를 사용하는가 이다. 나에게 필요한 오픈소스 소프트웨어가 무엇인지를 찾아보는 Ohloh.net의 Stac..
OBF에서 지원하는 BOSC(Bioinformatics Open Source Conference) 2007에서 재미난 것들을 나만 알아보도록 요약해봤다 ^^;; BOSC 2007 발표자료 1 - An Open Source Framework for Teaching Bioinformatics where's the real bottleneck in scientific computing? scientific software developement is not an oxymoron an open source software culture in the undergraduate computer science curriculum 산업현장과 학교간의 격차 오픈소스 정의 오픈소스의 가치 오픈소스 교육 프레임워크(소스코드,..
OBF(Open Bioinformatics Foundation)은 바이오인포매틱스분야의 공개 소스 프로그래밍을 지원하는데 초점을 맞추고 자발적으로 운영되는 비영리 단체이다. 이 단체는 자발적인 프로젝트인 Bioperl, BioJava, BioPython에서 생겼고, 하드웨어 소유를 위한 적당한 조건들과 도메인 네임 관리, 컨퍼런스와 워크샵을 위한 기금마련 등을 처리하기 위해 통합되었다. OBF의 주요한 활동은 다음과 같다. BOSC(Bioinformatics Open Source Conference) 컨퍼런스를 승인하고, 개최한다.미래의 ‘hackathon’ 이벤트를 승인하고, 개최한다.서버와 설비, 은행 계정, 도메인 네임과 같은 자산들을 관리한다.미국의 Delaware주에 비영리 법인으로 조직되어 있..