Bioinformatics 39

Building Web Service with Netbeans and JAX-WS 2

외국에서는 distributed computational environment 즉, grid나 cluster 환경과 자신의 연구분야에 어떻게 적용하고 어떠한 서비스를 할것인지에 대해 오래전부터 꾸준하게 연구가 진행되고 있다. Bioinformatics, Immunoiformatics등 bio~분야도 예외가 아니다. 앞서 언급했었던 biomoby, biogrid, taverna, bioclipse 등이 그 활용 분야의 대표적인 예라고 할 수 있겠다. 그럼 분산 컴퓨팅환경에서 blast를 수행하고 이를 웹 서비스를 통해서 제공한다면, 이미 많은 곳에서(일본의 XML Central of DDBJ, 유럽의 EBI에서 제공하고 있다.) 서비스를 제공하고 있지만, 나도 한번 해보자는 의미에서 차근차근 공부해 나가고..

howto 2007.08.03

Bioclipse: an open source workbench for chemo-and bioinformatics

Bioclipse: an open source workbench for chemo-and bioinformatics 요약 Background: 화학-바이오인포매틱스(chemo- and bioinformatics) 연구에 필요한 단일의 워크벤치(singel workbench)로부터 소프트웨어 어플리케이션이 필요하다. 상업 패키지(commercial packages)의 경우 비용과 소스의 비공개(closed source) 문제가 있다. 따라서 알고리즘을 교체(modify algorithms)하거나 기능(custom functionality)을 추가하는데 문제가 있다. 본 오픈소스 프로젝트(existing open source projects)는 사용하기 쉬운 인터페이스(user-friendly) 보다 독립되..

Bioblogs 2007.07.27

Eclipse Rich Client Platform(RCP)를 이용한 Bioclipse

Bioclipse: an open source workbench for chemo- and bioinformatics, Ola Spjuth1, 2007, BMC Bioinformatics. 다들 알고 있겠지만 Eclipse는 단지 자바나 기타 프로그래밍 언어를 위한 통합개발환경(IDE)이 아니라, 툴의 통합을 위한 공개 플랫폼이다. 다시 말해서 Eclipse는 상이한 툴들이 끊김없는 유저 인터페이스를 가진 단일 통합 어플리케이션으로 합치기 위한 프레임워크를 제공한다. Eclipse RCP는 Eclipse가 단순히 개발툴인 아닌 어플리케이션 플랫폼으로 활용할 수 있도록 정의된 것으로 Eclipse는 SWT를 기반으로 GUI 플랫폼의 독립성을 확보하고, 그 위에 수많은 플러그인이 합쳐진 결과가 Eclipse..

Bioblogs 2007.07.27

생물정보학에서 일반적인 문제들을 풀기 위한 과정

과학적인(Bioinformatics) 문제를 풀기 위한 일반적인 과정은 다음과 같다. Step 1 : Figure out what it is you wnat to do. 어떠한 문제를 해결하고자 할것인지, 다루는 데이터와 해야할 일에 대해 생각하는 단계이다. Setp 2: Conceptualize the flow of data and the individual steps in the process. 어떠한 알려진 DNA, RNA, protein 서열로 부터 인간의 진화적인 관련성을 결정하기 위한 과정을 다음과 같이 나타낼 수 있다. Setp 3. Identify sources, and applications or services to perform each setp. 각 단계마다 필요한 데이터나 도구, ..

Bioblogs 2007.07.26

실험을 공유하자 두번째 이야기 - myexperiment

저번 포스팅에서더 잠깐 언급했지만 드디어 myexperiment가 클로즈 베타 테스트를 실시하고 있습니다. 메일을 보냈더니 2~3일 후에 접근 권한을 주는 메일이 와서 어제 한번 쭉 둘러보았다. myexperiment는 작게 보면 Taverna라는 워크플로우 디자인 도구의 결과물(일련의 실험 과정)을 서로 공유하는 web2.0스러운 bio science 관련 웹페이지라고 보면 될것이다. Taverna는 가장 대중적인 웹 서비스 워크플로우 디자인 도구로서 EPSRC(Engineering and Physical Sciences Research Council)의 펀드의 myGrid 프로젝트의 일부로서 GNU Lesser General Public License(LGPL) 하에서 자유롭게 사용이 가능하다. 또한..

Bioblogs 2007.07.26

Bioinformatics or Computational Biology와 Web 2.0

인간의 약 30억개(base)가 되는 염기서열을 해석한다는 것은 , 30억 베이스 중에서 어느 특정부분이 어떻게 단백질로 되어서, 세포내외에서 특정 역할을 어떻게 수행하는지를 밝히는 것이다. 이러한 해석 과정을 연구하기 위한 수많은 연구 분야가 있다. 간단하게 이러한 연구를 수많은 연구를 분야를 통틀어 Bioinformatics라고 한다면, 주로 바이오 데이터를 이용한 분석보다는 이러한 분석에 대한 연구를 진행하는데에 있어 기초적인 자료를 제공하는 바이오데이터 즉, 염기서열 정보, 유전자 해석정보등을 제공하는 바이오 데이터베이스와 Web 2.0과의 결합(?), 접목(?)에 대해서 논하고자 한다. 위에서 언급한 바이오데이터는 Genome Browser 형태로 제공되는데 바이오 데이터에 대한 정보는 상당히 ..

java-programming 2007.05.10