향후 Bioworks의 경우 각종 스크립트 언어를 추가하여 사용자가 워크플로우내에서 프로그래밍을 통하여 필요한 기능을 추가할 수 있도록 할 계획에 있다고 한다. Taverna의 경우는 BeanShell이라는 Java 언어를 통하여 사용자가 워크플로우내에 프로그래밍 로직을 작성할 수 있도록 해주고 있다. 기타 Perl, python, Ruby등의 다른 스크립트 언어에 익숙한 사용자에게는 다소 불편함이 있을 수도 있다. 어쨌든 이러한 프로그램 언어의 사용과 더불어 Taverna에서는 통계 언어인 R(Bioinformatics에 관련된 라이브러리도 상당히 많이 존재하죠 ^ㅇ^)을 사용할 수 있도록 하고 있는데, 바로 RShell을 통해서다. Taverna의 RShell은 R을 TCP/IP 기반으로 원격에서도 ..
여기 계신분들은 이미 Biopipe는 알고 계실테고 Taverna는 Biopipe와 유사한데 뭐라 좀 말하긴 그렇고 암튼 요번에 KISTI의 CCBB에서도 Bioworks라는 Bio 워크플로우 툴을 만들었는데요,,, 자세한 내용은 http://socmaster.homelinux.org/~hongiiv 를 참고 각 기관에서는 서로 다른 서비스라고 말할수도 있겠지만 제가 보기에는 그나물에 그밥인것 같은데요,,, (암튼 요즘 왜이렇게 워크플로우 툴들이 많이 나오는지...) 제 생각엔 이러한 툴의 성능이나 기능보다는 어떻게 실 사용자들에게 좀 더 많은 정보와 손쉬운 접근을 가능하게 하느냐가 관건인건 같습니다. 달랑 툴하나 보단 그 툴을 사용하기 위한 그 무엇이 실사용자에겐 더 필요할것 같은데요. 그런 의미에서 ..
영국의 대표적인 workflow인 Taverna와 KOBIC의 BioPipe 그리고 하나더 국내에서 발표되었습니다. 바로 Bioworks가 KISTI에서 태어났습니다. 요즘은 아무리 서비스를 내놓기 전에 Beta가 유행이지만, 역시 Bioworks도 베타버전입니다. 지금 등록된 서비스는 Alignment, DNA Analysis, Protein Analysis, Utils의 크게 4개 분야로 되어있습니다. 기존에 KISTI의 CCBB에서 제공하던 서비스들인 것 같습니다. CCBB에서 제공하던 서비스들은 제대로 잘 안돌아 가던데 Bioworks에서는 잘 돌아갈런지 ^^;; KISTI의 막강한 슈퍼컴퓨팅 파워와 네트워크 파워가 잘 어우러진다면 이것도 꽤 쓸만하겠는데요,,, Java로 만들어진 어플리케이션이고..
토니 헤이(Tony Hey) 교수는 영국 e-Science 프로그램의 책임자를 맏고 계시던 분인데 이제는 Microsoft의 Technical Computing부분의 대빵으로 근무하고 계신가부다. 암튼 이 분 e-science 부분에 대해서 꽤 많은 일들을 하신것 같은데, Grid 2007에서 키노트를 담당하셨다. 간략하게 발표자료를 보면 e-science: Data is easily accessiblee-science: Data is easily shareablee-science: Services expose functionalitye-science: Services can be composede-science: Data and Services can be accessed securelye-scienc..
DDBJ(DNA Data Bank of Japan)는 일본국립유전학연구소(National Institute of Genetics) 산하 기관으로 DNA 염기서열의 데이터베이스를 유럽의 EMBL, 미국의 GenBank와 함께 구축하여 제공하고 있다. DNA 데이터는 DDBJ, EMBL, GenBank중 하나에 등록되지 않으면 저널에 수록되지 않으며 이 3개 기관은 신속하게 처리해 갱신하는 역할을 하고 있다.은 DDBJ에서 제공하고 있는 주요 웹 서비스를 보여주고 있다. 표 1. DDBJ에서 제공하는 주요 웹 서비스 웹 서비스가 나온지 오랜 시간이 지났지만 아직까지 활발히 사용되지 않고 있는건 아마도 사용하기 까다롭기 때문일 것이다. DDBJ에서는 이러한 어려움을 줄이고 좀더 손 쉬운 방법으로 서비스를 제공..
바이오인포매틱스와 웹 서비스 분자생물학이나 바이오인포매틱스와 관련한 도구들이나 데이터베이스에 대한 웹 서비스는 꾸준히 늘어가고 있다. 대표적인 곳으로는 영국의 EMBL-EBI, 미국의 NCBI, 일본의 DDBJ와 PDBJ가 있으며, 그 외에도 연구소나 프로젝트별로 다양한 웹 서비스를 제공하고 있다. 주요 데이터 센터 EMBL-EBI, Cambridge, 영국 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices)NCBI, 미국 (http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/esoap_help.html)DDBJ, 일본 (http://xml.nig.ac.jp/index.html)PDBJ, 일본 (http://pdbj.protein.osaka-u..