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Day1 - Genome Data 받기 Genotyping 데이터나 Sequencing 데이터의 가격이 점차 하락과 함께 23andMe나 deCODEme와 같은 DTC(소비자직접거래) 방식의 Personal genome 서비스를 통해 자신의 질병에 대한 유전적인 소인이나 자신의 조상에 대한 정보를 얻을 수 있게 되었다. 23andMe 서비스를 받았다면, 자신의 Genotype 데이터를 따로 받을 수 있다. 23andMe에 로그인한 후 Download raw data를 선택하면 자신의 genotype raw 데이터를 다운로드가 가능하다. SNPTips를 사용하면 firefox web browser를 pop-up 창에서 SNP 정보를 확인할 수 있게 된다. 23andMe에서도 이와 비슷하게 SNP 정보를 확인 할 수 있다. 23andMe의 경우 .. 2011. 10. 30.
개인 유전체 분석 공짜 이벤트 - Personal Genome Project in Korea Personal Genome (PG) 분야는 다음의 두 기관에서 주도적으로 진행하고 있습니다. A highly annotated whole-genome sequence of a Korean individual, nature 2009 논문을 통해 AK1에 대한 full genome sequencing을 수행한 서울대학교의 Genome Medicine Institute에서 진행하고 1) Asian Genome Road 와 The first Korean genome sequence and analysis: Full genome sequencing for a socio-ethnic group, Genome Research 2009 논문을 통해 김성진(SJK)에 대한 full genome sequencing을 수.. 2010. 12. 8.
유전자로 알아본 선조 결과에 발끈? 이번에는 genome unzipped에 공개된 유전체(SNP) 데이터를 기반으로 ancestry를 분석한것에 대해서 이야기해보려고 한다. 특히 다니엘과 조에 포커스가 맞추어져 있으니 사진을 잘 보고 이 글을 읽어 나간다면 더욱 흥미로울 것이다. 북서/남동 유럽의 지리적 위치 이들의 유전체 데이터가 공개되자 제일 먼저 Dienekes' Anthropology 블로그를 통해 이들의 선조에 대한 정보를 분석한 결과가 공개되었다. 유럽인이라면 23andMe나 deCODEme의 유전자 검사 데이터를 EURO-DNA-CALC이라는 프로그램에 입력하면 NW (북서) 유럽인, SE (남동) 유럽인, 중동부 유럽 유대인의 후손인 아슈케나이지 유대인의 3가지의 분류로 자신의 선조 정보를 표시해준다. 대부분 서양인들이 한국.. 2010. 10. 21.
게놈 구멍(CNV) 찾기 게놈과 관련된 글들을 올리고 있는 'genome unzipped'에서는 총 12명의 저자들이 글을 올리고 있으며 이들은 이분야에 좀 관심만 있다면 한번쯤은 이름을 들어본 사람들로 구성되어 있다. 그런데 이들이 얼마전 자신의 게놈을 공개해버렸다. 말 그대로 자신들의 게놈을 unzip해 버린것이다. 데이터가 공개되자 이들은 공개된 데이터에 대해서 이런 저런 분석, 윤리적인 면들에 대해 블로그를 작성하고 있는데, 오늘은 여러가지 분석중에서 블로그 저장중 한명인 Conrad가 자신과 자신의 부모의 게놈을 분석한 이야기를 해보려고 한다. 유전자 복제수 변이 (Copy Number Variation, CNV) 얼마전 헬스로그의 최신연구동향에 "ADHD는 환경적인 문제만으로 발생하지 않는다"라는 란셋 논문에서 간단히.. 2010. 10. 21.