단맛만좋아요

Genotyping 데이터나 Sequencing 데이터의 가격이 점차 하락과 함께 23andMe나 deCODEme와 같은 DTC(소비자직접거래) 방식의 Personal genome 서비스를 통해 자신의 질병에 대한 유전적인 소인이나 자신의 조상에 대한 정보를 얻을 수 있게 되었다. 23andMe 서비스를 받았다면, 자신의 Genotype 데이터를 따로 받을 수 있다. 23andMe에 로그인한 후 Download raw data를 선택하면 자신의 genotype raw 데이터를 다운로드가 가능하다. SNPTips를 사용하면 firefox web browser를 pop-up 창에서 SNP 정보를 확인할 수 있게 된다. 23andMe에서도 이와 비슷하게 SNP 정보를 확인 할 수 있다. 23andMe의 경우 ..

Personal Genome (PG) 분야는 다음의 두 기관에서 주도적으로 진행하고 있습니다. A highly annotated whole-genome sequence of a Korean individual, nature 2009 논문을 통해 AK1에 대한 full genome sequencing을 수행한 서울대학교의 Genome Medicine Institute에서 진행하고 1) Asian Genome Road 와 The first Korean genome sequence and analysis: Full genome sequencing for a socio-ethnic group, Genome Research 2009 논문을 통해 김성진(SJK)에 대한 full genome sequencing을 수..

이번에는 genome unzipped에 공개된 유전체(SNP) 데이터를 기반으로 ancestry를 분석한것에 대해서 이야기해보려고 한다. 특히 다니엘과 조에 포커스가 맞추어져 있으니 사진을 잘 보고 이 글을 읽어 나간다면 더욱 흥미로울 것이다. 북서/남동 유럽의 지리적 위치 이들의 유전체 데이터가 공개되자 제일 먼저 Dienekes' Anthropology 블로그를 통해 이들의 선조에 대한 정보를 분석한 결과가 공개되었다. 유럽인이라면 23andMe나 deCODEme의 유전자 검사 데이터를 EURO-DNA-CALC이라는 프로그램에 입력하면 NW (북서) 유럽인, SE (남동) 유럽인, 중동부 유럽 유대인의 후손인 아슈케나이지 유대인의 3가지의 분류로 자신의 선조 정보를 표시해준다. 대부분 서양인들이 한국..

게놈과 관련된 글들을 올리고 있는 'genome unzipped'에서는 총 12명의 저자들이 글을 올리고 있으며 이들은 이분야에 좀 관심만 있다면 한번쯤은 이름을 들어본 사람들로 구성되어 있다. 그런데 이들이 얼마전 자신의 게놈을 공개해버렸다. 말 그대로 자신들의 게놈을 unzip해 버린것이다. 데이터가 공개되자 이들은 공개된 데이터에 대해서 이런 저런 분석, 윤리적인 면들에 대해 블로그를 작성하고 있는데, 오늘은 여러가지 분석중에서 블로그 저장중 한명인 Conrad가 자신과 자신의 부모의 게놈을 분석한 이야기를 해보려고 한다. 유전자 복제수 변이 (Copy Number Variation, CNV) 얼마전 헬스로그의 최신연구동향에 "ADHD는 환경적인 문제만으로 발생하지 않는다"라는 란셋 논문에서 간단히..

SNPedia에서는 자신의 유전정보를 공개한 사람들에 대해서 질병이나 신체적 특징에 대한 정보를 분석해서 보여주는데, 이 정보에 대해서 태그 클라우드를 만들어서 보여주기도 한다. 최근 추가된 컨텐츠로 아직 완벽하진 않다. - Thank you Mike ^^ 앞선 포스팅들에서도 언급했듯이 내 유전정보는 아직까지는 별다른 특이한 점이 없다. 따라서 좀 시시 한면이 없지 않아 있다. ^^;; 아직 완벽하진 않다는 점을 염두에 두고,,,, B 이건 내 혈액형, approximately asian 아마도 아시아인, 당뇨도 좀 보이고 flush 이건 술먹으면 얼굴이 빨개 지는것. 이렇듯 자신의 유전정보 중에서 신뢰도가 높은 순으로 글자가 크다. 암이나 알츠하이머가 큰 글씨로 떡하니 보인다면 -.-;; 아무튼 다양한..

UCSC, NCBI MapViewer, Ensembl과 같은 많은 Genome Browser들을 통해서 생물학 실험자들은 고급?의 프로그래밍 경험 없이도 genomic 영역을 시각화할 수 있지만 이들만을 가지고는 부족하기 때문에 여전히 프로그래밍과 데이터베이스를 다룰 줄 알아야 한다. 그러나 어느 정도까지는 프로그래밍 경험이 부족한 실험자들에게 서열데이터, 서열 정렬, 기능에 대한 주석등을 다룰 수 있도록 여러가지 방법을 통해 사용자들이 기존에 존재하는 소스로 부터 데이터를 모으고 간단한 인터페이스를 통해서 데이터를 결합, 계산, 원하는 것만 추출, 시각화, 서열 정렬, 결합, 삽입, 추출 등의 작업을 할 수 있게 해 줄 수 있도록 한다면 어떨까? genome browser 및 기타 데이터 소스로 부터 ..

(맞춤형 개인 의료, 개인 Genome 서비스, Google Health, 23andMe) 논문에서나 볼 수 있는 내용들이 점점 나(개인)에게 실질적으로 다가오고 있다. 이런 상황에서 자신의 Genome 정보를 시각화하고 다른 정보와 결합해서 보여주는 Genome Browser 또한 개인(연구용이라기 보다 좀 아는 일반인)에게 맞추어져야 할것이다. 제임스 왓슨 박사의 개인 Genome 브라우저 - 이런건 일반인에게 필요 없지,,, 만약 23andMe에서 Ensembl이나 UCSC Genome Browser에 개인의 정보를 추가해서 보여준다면 일반인들은 질색을 할 것이다. 그럼 개인의 입장에서 한번 살펴보자. 나는 나의 Genome 정보를 가지고 있다. 그럼 이것만 가지고는 그 어떤 정보도 찾을 수가 없다..

Genome Browser를 만들면서 기술적으로 가능한지에 대한 타당성에 대해서 검토를 대충 마쳤다. 따라서 이제는 세부 사항들에 대해서 정의를 하려고 한다. ^^ 그럼 제일 중요한 Brower의 요소인 그래픽 요소들에 대해서 하나씩 정리를 하고 이를 구현해보려고 한다. Genome Brower의 그래픽 요소 Brower에서 사용자가 정보를 얻는 제일 첫번째는 Genome 정보를 그래픽으로 표현한 그래픽 요소들로 부터 1차적으로 정보를 얻는다. Genome Browser의 목적 중 하나가 바로 Genome 정보를 사용자가 그래픽 요소들을 툥해 한눈에 쉽게 알아볼 수 있도록 하는 것이기 때문에 이러한 그래픽 요소의 정의가 충분이 이루어져야 사용자가 원하는, 사용자가 맘에 드는 Browser를 만드는 첫 단..

예전에 작년 5월 달이네요,, Bioinformatics와 웹 2.0이라는 주제를 가지고 글을 쓴적이 있었습니다. 저는 이글에서 Genome Browser를 만드는데 있어서 API를 제공하자는 뭐 그런류의 글이었는데 이것을 구현한 논문이 나와 있더군요,, 제가 생각한것과 조금 틀린점은 이들은 새로운 API를 만들어서 제공하는것이 아니라 Google Maps를 이용한 매시업을 통해서 Browser를 만들었다는 것이죠. 뭐 만들자는거나 만든어진거 가져다 쓰는거나.. ^^;; 어쨌든 Bioinformatics와 매시업의 만남이라는게 키포인트였으니 이건 서로 일맥상통합니다. ㅋㅋㅋ 영국의 paterson 암 연구소의 Bioinformatics 그룹의 X:Map: annotaion and visualization..

인간의 약 30억개(base)가 되는 염기서열을 해석한다는 것은 , 30억 베이스 중에서 어느 특정부분이 어떻게 단백질로 되어서, 세포내외에서 특정 역할을 어떻게 수행하는지를 밝히는 것이다. 이러한 해석 과정을 연구하기 위한 수많은 연구 분야가 있다. 간단하게 이러한 연구를 수많은 연구를 분야를 통틀어 Bioinformatics라고 한다면, 주로 바이오 데이터를 이용한 분석보다는 이러한 분석에 대한 연구를 진행하는데에 있어 기초적인 자료를 제공하는 바이오데이터 즉, 염기서열 정보, 유전자 해석정보등을 제공하는 바이오 데이터베이스와 Web 2.0과의 결합(?), 접목(?)에 대해서 논하고자 한다. 위에서 언급한 바이오데이터는 Genome Browser 형태로 제공되는데 바이오 데이터에 대한 정보는 상당히 ..