Naver, Daum 너희만 포털이 아니다 Bio 포털 시대
저번 포스팅에서 현재 논문으로 publish되었거나 또는 개발중인 Bio Workflow Management System들에 대해서 언급한적이 있습니다. 그외에도 최근 GIW 포스터로 부터 DDBJ의 Workflow에 대해서도 잠깐 언급한적이 있습니다. 모두 조금씩 모양은 다르지만, 이러한 WMS(workflow management system)들이 추구하는것은 모두 같은거죠 ^^ 오늘은 이러한 WMS를 기반으로 생물학자들의 협업을 이끌어낼 수 있는 정확하게 말하자면 Workflow 기반 Bio 포털에 대해서 알아보려고 합니다. 이미 생물학에 관련된 포털(?)들은 생물학의 각 분야별로 꽤 많은 것으로 알고 있습니다. 그러니 여기에서는 Workflow를 기반으로 하는 포털들만 다루도록 하겠습니다. Tave..
http://www.myexperiment.org 에 올려 놓은 워크플로우를 보고 한 외국인이 몇 가지 질문을 해왔네요 ^^;; 질문을 잘 못알아 들어서(나는 분명히 local java service를 사용하지 않았는데...암튼) 그냥 감으로 "이걸 물어봤겠지"하고 답변을 해주었는데, 다음과 같이 답변이 왔네요 ^^ Hi, yes, It's what I want. Thanks you so much. Best, 국내의 Biopipe나 Bioworks를 사용하면서도 이런 질문들이 오가는 날이 오겠죠 ^^. 어서 빨리 그런날이 오기를 바라면서...
myExperiment에 대해서는 저번 포스팅에서 언급했듯이 한마디로 워크플로우 기반 협업을 위한 커뮤니티이다. 물론 Taverna를 기반으로하는... 그동안 클로즈베타 서비스를 수행중이었는데, 오늘 메일링 리스트에 드디어 오픈 베타를 실시한다고 한다. 모두들 가입하셔서 한번 둘러보시는것도 괜찮을 듯 합니다. 클로즈베타에서는 openid만을 지원했는데 이제는 일반 로그인도 가능한가 봅니다. 기능상에는 큰 차이는 없어 보이나 UI가 많이 바뀌었습니다. 솔직히 클로즈베타때는 별로 안이뻐서 ㅋㄷㅋㄷ 시간이 나면 좀 더 둘러봐야겠습니다. 요즘 Bioworks 후기도 작성해야 해서 돌아다닐 시간이 별로 없네요 ^^;;
얼마전 [네트워크와 융합과학] 암세포 연구에도 '네트워크' 이론 적용이라는 기사를 본적이있다. 간단하게 요약하자면 인터넷과 같은 정보 네트워크에서 연결선이 많은 허브를 가지고 있고 이러한 허브가 존재하는 척도 없는 네트워크는 인터넷과 같은 정보 네트워크에서만이 아니라, 단백질 상호작용네트워크에서도 허브 단백질의 존재가 있어 이 또한 척도 없는 네트워크를 형성하고 있다. 이렇듯이 인터넷 시대를 맞이하여 정보교환이 활발해지고, 서치엔진의 발달로 각 연구 분야에에서 숨겨져 있던 연구결과들이 드러나고있다. 이러한 연구결과의 융합으로 새로운 연구의 창출 노력이 일어나고 있다는 것이다. 이 글은 융합과 허브라는 두 단어로 마무리된다. 허브를 통한 정보의 교환, 공유, 협업 그리고 새로운 융합의 탄생... 그러다가 ..
어제 포스팅에서 언급했던것과 같이 Biopipe를 통해 문제를 해결하려고 Biopipe 사이트에 들어가서 차근차근 진행하다가 내가 잘못해서 그런지 몰라도 처음부터 꽉 막혀 버렸다. WSDbfetch_fetchData를 통해서 서열을 얻고 이를 protein 서열로 바꾸기 위해nucleic_translation_transeq를 사용했다. 각각의 모듈을 독립적으로 실행시 잘 돌아간다. 전체적으로 돌리면 아무런 반응이 없다. 시간이 흐른뒤 점심을 먹고 다시 해보니 잘 된다. 이런 QnA란에 올랐던 글을 지웠다. 아직 답변이 올라오기 전이라. 내가 뭔가 잘못했던건가??? 그래 이번엔 searchSimple을 통해 protein 서열에 대해 blastp를 수행하려고 했다. nucleic_translation_tr..