단맛만좋아요

STRUCTURE라는 프로그램과 SNP 데이터를 이용해서 population structure를 분석하는 방법입니다. 예전에 128개의 SNP으로 분석하는 방법에 대한 글은 이곳을 클릭하시기 바랍니다. 윈도우용 프로그램을 다운로드 하셔서 위의 링크의 예제 파일을 다운로드하신 후 분석하시면 됩니다. 한국인의 infomative한 SNP 마커 발굴에 관한 논문은 다음의 논문을 참고하시면 됩니다. Int J Legal Med (2010) 124:125–131 DOI 10.1007/s00414-009-0389-9 Development of SNP-based human identification system View more presentations from Hong ChangBum

얼마전부터 사람들이 23andMe 가격 정책이 바뀌었다는데요? 라고 물어보는데, 23andMe 서비스에 접속해 본지도 오래된지라 아는척을 하지 못하고 머뭇거리고만 있었다. 그리고 마침내 오늘에서야 이 질문에 답해 보려고 한다. 23andMe의 현재까지 수익은 얼마나 될까? 현재까지 공식적으로 밝혀진 것은 23andMe의 고객은 75,000명 (23andMe의 CEO가 언급, 10th Systems Biology & P4 Medicine) 이라고 말하고 있다. 고객당 평균 $300의 비용을 들여 서비스를 받았다고 할 경우 수학정석에 나와 있는 공식에 의해 75000*300= $22,500,000 = 24,592,500,000 원 (오늘환율 1,093원 적용시) 즉 현재까지 2백4십억여원의 수입이 발생한걸로..

얼마전 Wired로 블로그 (Genetic Future) 를 옮긴 다니엘의 글에 CEOmics라는 단어가 나왔다. "-ome" 은 세트라는 의미를 가지고 있으며, "-ics"는 ~~학(수학,과학처럼)이라는 의미를 지니고 있는데 이것이 합쳐저서서 "-omics"라는 단어가 만들어졌다. 이 단어는 생물학 분야에서 처음 사용되기 시작했는데 일정 수준의 생물학적 정보의 집합체를 나타내는 접미어로서 genomics, proteomics 등 전체 유전자의 군, 전체 단백질 군을 연구하는 학문이라는 의미를 가지게 된다. 바로 이 omics (오믹스)와 CEO (최고경영자)가 합쳐진 CEOmics라는 단어가 만들어지게 되었다. 그럼 왜 이 단어가 탄생했는지 한번 들여다 보기로 하자. 자신의 유전정보를 공개하는 것이 이..

SNPedia/Web page: 위키 기반으로 SNP과 연관된 trait(질병포함) 정보를 제공하고 있으며, 여러 사람들의 협업을 통해 자료가 업데이트되고 있지만, 주로 관리자가 NCBI의 rss 데이터를 주기적으로 받아 정리하고 있다. Promethease/Mac, Windows program: 자유롭게 다운로드 받아 사용할 수 있으며, 23andMe, deCODEme, Navigenics의 raw data를 넣으면 SNPedia로 부터 데이터를 가져와 SNP과 trait 정보를 보여준다. DIYgenomics/iPhone, Android app: 20여가지의 SNP과 관련된 trait 정보를 보여주는데, 23andMe, deCODEme, Navigenics에서 각각 trait에 사용된 SNP을 비교해..

물론 가장 큰 문제는 윤리적인(ethical) 문제가 있을 수 있겠다. 여기에서는 이러한 유전자 검사가 대중적으로 이루어짐으로서 개인이나 사회가 떠안게 될 윤리적인 문제를 배제하고 과학적인(scientific)면에서 과연 이러한 개인 유전자 검사 서비스가 안고 있는 문제를 짚어 보려고 한다. 지난번 포스팅에서도 언급했던 5명의 동일한 사람에 대해서 두개의 소비자직접거래 방식의 유전자 검사 서비스에 의뢰했더니 그 결과가 서로 상이했다는 내용이었다. 사람이 가진 유전정보는 같을텐데 그것을 해석하는데에 있어서 두 회사가 서로 다른 방법을 취하고 있기 때문에 이러한 결과를 초래하게 된것이다. 그럼 어떠한 부분에서 어떠한 차이가 존재하길래 이처럼 서로 다른 결과를 보여주는지에 대해서 한번 알아보자 유전자 검사 결..

23andMe와 columbia 대학은 PLoS Genetics에 얼마전 공동으로 23andMe의 GWAS(전장유전체연관분석)를 통한 연구 결과를 발표하였다. 연구원들은 23andMe의 검사 서비스를 통해 모은 약 9,000명의 개인 유전정보를 바탕으로 20여개의 형질(trait)에 대하여 유전적인 연관성을 조사하였다. 5개의 형질에 대해서는 기존의 연구 결과를 재확인하였고, 4개의 형질(곱슬머리, 코골이, 주근깨, 소변에서 asparagus 대사물질의 냄새 확인)과 연관된 새로운 유전변이를 발굴하였다. 23andMe의 공동설립자이자 대표인 Anne Wojcicki(구글의 창업자 아내)는 사용자가 자발적으로 제공하는 자료들이 기존의 역학 연구방법에 의해 수집된 자료에 맞먹는 가치를 지니게 될 것이라고 언..