분류 전체보기 749

오늘밤은 집결호다!

CGV 불광 12:30분 영화 오늘도 어김없이 홀로~~~~ 보다가 잠들면 안된다. 태극기 휘날리며 제작진이 참여했다고 하던데,,, 앙 기대되는구나. 125분짜리니깐... 오늘은 아이폰이랑 먹을꺼 잔뜩 싸가지고 좀 일찍 가서 기다리다가 봐야겠다. ^^;; 내 행복은 어디있는걸까?? 콜라는 다먹고 영화 기다리면서.... 음 혼자서 영화도 보는구나~ 개인전용 영화관 ^^

blogging 2008.03.12

뭐하는 거지??

1. 기존의 실험/연구과정에 대한 정보를 기반으로 프로세스를 자동화하고 이를 모델링하여 자동화 도구를 통해 수행 할 수 있는 가상 연구 관리 환경 구축 2. bioinformatics process management 3. information flow via a computational journal 4. predefined workflows 5. protocol based bioinformatics analysis 6. distribute, grid-enable workflow 7. composition, enactment of bioinformatics workflow 8. workflow enactment portal 9. web- based workflow mangement system for ..

blogging 2008.03.12

유전체 연구에서의 e-Science

대용량 데이터(개방된 혹은 철저히 베일에 가린)와 이를 분석하고 시뮬레이션할 수 있는 계산 능력 꺼리낌 없이 자연스러운 협업(참여)기반의 연구 개발 패러다임 타 연구 분야간 융합을 통한(창발성에 대한 대안?? 모든 문제에 대한 대안은 되겠지 ^^;;) 문제 해결 방안 모색 및 문제 해결 이 모든것을 해결함으로서 막대한 시너지 창출(집단 지성의 표출) 이것은 지금 현재 생물학뿐만 아니라 모든 과학 분야에 해당될 것이다. 이것을 해결하고자 하는 솔루션이 현재 회자되고 있는 e-Science, Science 2.0이 아닐까? 생각한다.

Bioblogs 2008.03.12

Engineers hate complexity - Bio:Blog #19

Bio:Blog를 접하고 나서 오! 이런 짓거리를 다하다니,,, 정말 놀라울 따름이었다. 국내에서도 이런 시도를 할 수 있을까? 라는 생각에 혼자서 국내에 관련 블로거들을 검색엔진으로 온갖 키워드를 넣어가면서 검색하다가 비누인형님의 블로그도 알게 되었고(나와 같은 것?에 흥미를 가지고 있는 사람이 있다는것이 이렇게 기쁠 수가!!), 그 초석을 다지고자 하는 마음으로 BioBlogRss라는 서비스도 만들고 레몬펜도 껴 넣으면서 나름 짝퉁 Bio::Blog를 만들어보고자 했다. 조엘의 Joel on Software 라는 책에서 읽었던가?? 누군가 알아주기를 바라서가 아니라,,, 너의 뜻에 동참하지 않는다고 하더라도 너 혼자서라도 꾸준히 하라는(책에는 뭐라 써있었는지 기억은 확실치 않지만, 지금 내 머리속에 ..

Bioblogs 2008.03.11

리눅스 클러스터로는 무슨 일을 하시는가요??

앞선 Bio::Blog #19에 대한 비누인형님의 글에서와 같이 "(중략) 이러한 Emergent 한 특징은 그 자체로는 우아하기 그지없지만, Engineering 이라는 목적에 있어서는 어마어마한 장애물로 나타나게 된다. 분명 각 부속품들의 동작은 이해하고 있지만, 그것들을 모아두었을 때 어떻게 움직이게 될 것인지는 알 방법이 묘연하기 때문이다.(중략) 이러한 어마어마한 장애물을 풀어헤치는데 있어서 중요한 것이 바로 simple, abstraction...(

Linux-cluster 2008.03.10

아직은 쓸만한 클러스터시스템

한반도기후예측, 신약후보물질탐색, 유전체서열비교에 나오는 데이터는 평균값이 아니라 제일 높은 성능을 낸 날을 선택하였다. 국립보건연구원의 94노드 클러스터의 성능(362Gflops)은 대략적으로 신약후보물질탐색 프로젝트와 같은 성능을 내고 있다. 네티즌들 250명의 참여가 국립보건연구원 클러스터의 성능과 비슷하다고 보면 될듯(??) 유전체서열비교에서 보듯 참여가 많으면 많을수록 성능이 올라가지만,, 우리의 클러스터는(94노드의 362Gflops로) 한계가 딱 정해져 있다는것!!! 물론 요번에 튜닝작업을 거쳐서 실제성능의 향상이 이루어졌다. 이는 튜닝 작업 전의 데이터를 기준으로 작성됨 전반적으로 아직까지는 Korea@Home에 프로젝트를 건의하는것보다는 그냥 우리 시스템으로 돌리는것이 더 빠를 수 있다는..

Linux-cluster 2008.03.06