단맛만좋아요

저는 아침에 출근해서 제일 먼저 하는 일이 관심있는 블로그들을 한번 주욱 둘러보는것입니다. 그리고 퇴근전에 다이어를 정리하고는 다시 한번 블로그를 둘러보고는 퇴근을 합니다. 처음에는 firefox의 탭을 주욱 늘어 놓고는 일일이 블로그들을 돌아다녔었는데,, 이것도 만만치 않은 일이더군요. 그래서 RSS 리더를 이용해서 블로그들의 RSS를 등록해서 사용하고 있습니다. 그런데 이게 내가 관심있는 블로그라고 해도 내가 관심있는 글이 꼭 올라오지는 않습니다. 제목을 보고는 글을 읽을건지를 선택하거나, 글을 읽다가 "어 이건 별로" 하곤 하죠 ^^;; 그런데 문제는 한글로 된 블로그는 그나마 읽을 글을 선택하고 읽는데는 별 어려움이 없지만,,, 영어로 된 블로그들은 글을 선택하거나 글의 포인트를 찾는데(논문이나 ..

생물정보학을 통해서 어떠한 분석이나, 분석을 시스템을 만드는 경우 우리는 오픈소스로 소프트웨어를 활용게 된다. 마이크로어레이 분석 시스템이나, genome 브라우저 등을 만들때도 있고 아니면 비교적 스크립트 몇줄로 이루어진 분석 도구를 만들때도 있다. 이런 경우 무턱대고 처음부터 끝까지 자신이 직접 코드를 작성하진 않을 것이다. 자신이 원하는 기능을 같은 라이브러리(Bioperl, Biojava, Biopyton)나 소프트웨어(R-project, svm light, ensembl, blast)등을 이용할 것이다. 이러한 작업에 있어서 우선 처음으로 생각해봐야 할것은 어떠한 오픈소스라이브러리나 소프트웨어를 사용하는가 이다. 나에게 필요한 오픈소스 소프트웨어가 무엇인지를 찾아보는 Ohloh.net의 Stac..

KISTI의 Bioworks 이벤트시 제출했던 사용후기와 시나리오 입니다. 이걸 공개해도 되는건지는 모르겠지만, 지금의 상황에서는 KISTI 측에서 그냥 단지 이벤트를 위한 도구일뿐 이를 활용할 계획은 없는것처럼 보이네요 ^^;; 뭐 문제가 된다면 연락이 오겠죠. 나중에라도 제가 볼 수 있게 이렇게 블로그에 포스팅합니다. Bioworks 사용후기 Bioworks 시나리오 내용은 뭐 공개하기에 부끄럽습니다만,, 그냥 그려려니 하세요 (^_______^)/

이전 포스팅에서 "국내 리눅스 배포본" 이라는 글을 쓴적이 있습니다. 혼자서 국내 리눅스 배포본이 어떤것들이 있는지 한번 주욱 리스팅 해봤었는데,, 이제 거기에 SK C&C에서 만든 ginux를 하나더 추가해야 할것 같군요 ^^ AnNyung 리눅스, SULinux, igetlinux, hansoft asianux, 와우리눅스, 눅스원 2.1 마루 등을 언급했었는데,, 물론 지금도 존재하는 어떻게 운영되는지는 모릅니다. ^^ 한번 주욱 다시 정리해 봅니다. AnNyung 리눅스 소개말 : 안녕은 OOPS Development Organization 의 이름으로 배포를 하는 리눅스 배포본 입니다. AnNyung(안녕) 은 너무나 비대해진 RedHat 배포본에 좌절하여, 가볍고 한글환경의 설정에 최적화를 한..

빌드란 간단히 말하자면 프로그램 소스로 부터 실행 가능한 프로그램을 만들기까지의 일련의 과정이다. 당신이 바이오인포매틱스 연구자라면 configure, make, make install을 통해서 바이오인포매틱스 툴을 한번쯤 설치해봤을 것이다. 여기서 make가 바로 빌드를 자동화 해주는 툴이다. 사용자는 복잡한 과정을 거치지 않고서도 프로그래머가 만들어 놓은 일련의 과정대로 빌드를 make 명령 하나로 자동화 할 수 있는 것이다. 저는 만들어진 프로그램만 가져다 쓰기 때문에 빌드 툴에 대해서는 몰라도 돼요? 또는 제가 만드는 프로그램은 간단하기 때문에 직접 gcc -o ~~~ 이렇게 해서 설치하면 돼요~ 라고 한다면야 뭐 할말없다. 요즘 만들어지는 오픈소스 프로그램들이 대부분 빌드를 자동화해서 즉, ma..

근 일주일만의 포스팅이 되어버렸네요 ^^;; 올해 다짐중에 하나가 꾸준한 포스팅이었건만,, 만만치 않습니다. 꾸준하다는것에 대한 딱한 기준이 없는것도 문제네요 ^^;; 블로그 하단에 보시면 왠 형광펜 하나가 보이시죠. 이게 레몬펜이라고 합니다. 한마디로 제 블로그페이지에서 사용 가능한 형광펜입니다. 죽 긋고 간단한 메모를 남길 수 있는... 어떤식으로 활용해야 할까 하다가 제가 쓴 글에서 오류나 부가적인 설명을 달면 좋을것 같더라구요. 여러분들도 openid로 로그인하시고 제 블로그에 마음껏 형광질을 해보세요 ^^;; 위와 같이 형광펜으로 마킹하고자 하는 부분을 주욱 드래그한후 간단하게 메모를 남기면 됩니다. 여기에 댓글이나 Tag들도 가능하구요. 참 재미있는 놈입니다. 설치방법도 간단하고 블로그나 개인..

Bioinformatics Zen의 How to draw simple graphs in R이라는 글을 보면 R을 이용해서 데이터의 특성에 따라서 데이터를 그래프로 표현하는 방법에 대해서 간단하게 소개되어 있다. 여기서 간단하다는 의미는 짧고 명확하게 그리고 데이터를 어떻게 표현할지에 대해서 막막한 사람들도 고개를 끄덕이며 빠져 들 수 있다는 의미이다. 참 그리고 댓글을 읽다보면 Matlab과 Mathematica의 상용 어플리케이션과 R에 대한 논쟁(?)의 글도 있으니 댓글도 확인해 보세요 ^^;; 우선 "하루에 차(커피)를 얼마나 드십니까?" 라는 질문으로 시작하겠습니다. 이 질문에 마음속으로 대답을 하셨다면 이제 R package와 예제 데이터 파일(zip format)을 다운로드하시고 차한잔을 옆에..

일전에 한참 GoogleMap을 가지고 이런 저런 작업(?)을 하다가 주소나 우편번호를 입력하면 해당 위치가 지도상에 보여지도록하는 방법에 대해서 이리저리 알아보고 다녔던 기억이 났다. 이것을 가리켜서 전문용어(?)로 Reverse Geocoding이라고 한다. 그럼 이러한 주소정보만을 가지고 어떻게 해당지역을 지도위에 표시해줄 수 있을까?? 지도를 수십만개의 작은 영역으로 나누고 해당 영역마다 주소정보를 넣어 놓는 방법도 있을테고, 여기서는 작은영역이 작을수록 보다 정밀하게 주소에 대응하는 지역을 찾을 수 있겠다. 이외에도 뭐 생각한다면 여러가지 무식한 방법들이 많을테고... 내가 선택한 방법은 우선 전국의 우편번호와 우편번호에 따른 주소를 가기고 와서 이 우편번호에 대응하는 지도의 위도와 경도를 데이..

현재 국내에서 바이오인포매틱스 관련 오픈 소스 프로젝트에 직간접적으로 참여하고 계신분이 얼마나 될까요? 또한 이러한 바이오인포매틱스 관련 오픈소스의 활용은 어떠할까요?? 어떠한 부분에서 어떤 오픈 소스 소프트웨어를 사용하는지, 얼마나 알고 계신지, 필요성은 느끼시는지 궁금해지네요. Biopipe나 Bioworks도 이러한 오픈 소스가 없었더라면 생겨나지 못하는 그리고 앞으로도 오픈 소스 소프트웨어들이 받쳐 주지 않는다면 무용지물의 소프트웨어 될 수 밖에 없는 아주 중요한 문제입니다. 제가 생각하기에는 이러한 바이오인포매틱스 관련 오픈 소스의 개발과 활용에 대한 문제는 바이오인포매틱스 연구의 뿌리라고 생각합니다. 아래의 내용은 가칭 한국 오픈 바이오 사용자 모임(http://open-bio.kr)의 설립 ..

ZDNet Korea에서 제작한 동영상입니다. 한번쯤 봐두면 좋을 듯 하네요 ^^;;