단맛만좋아요

이전에 국내 바이오인포매틱스 관련 오픈소스 현황이라는 주제의 글에서 대용량 데이터 분석 환경 지원 부분에서 연구를 위해서 단순하게 슈퍼컴퓨터나 cluster 컴퓨터의 기본적인 환경만을 제공하는 것이 아니라 이러한 환경에 + 유틸리티를 덧붙여 제공해야 한다고 언급했었습니다. 그 일례로 Yahoo에서는 학교나 일반 기업에서 구비하기 힘든 Hadoop기반의 클러스터 컴퓨팅 자원에 대해서 학술 연구 목적으로 지원을 하고 있다고 했었죠. 슈퍼컴퓨팅 자원 + 이를 좀더 유연하게 활용할 수 있는 utility(야후에서는 Hadoop) Google의 official 블로그에서도 Supporting cluster computing in the research community이라는 글이 올라왔습니다. 역시나 Google..

Genome Browser를 만들면서 기술적으로 가능한지에 대한 타당성에 대해서 검토를 대충 마쳤다. 따라서 이제는 세부 사항들에 대해서 정의를 하려고 한다. ^^ 그럼 제일 중요한 Brower의 요소인 그래픽 요소들에 대해서 하나씩 정리를 하고 이를 구현해보려고 한다. Genome Brower의 그래픽 요소 Brower에서 사용자가 정보를 얻는 제일 첫번째는 Genome 정보를 그래픽으로 표현한 그래픽 요소들로 부터 1차적으로 정보를 얻는다. Genome Browser의 목적 중 하나가 바로 Genome 정보를 사용자가 그래픽 요소들을 툥해 한눈에 쉽게 알아볼 수 있도록 하는 것이기 때문에 이러한 그래픽 요소의 정의가 충분이 이루어져야 사용자가 원하는, 사용자가 맘에 드는 Browser를 만드는 첫 단..

이전 포스팅에서 총 3개의 Java Panel 만들고 Panel 자체를 이미지로 출력해서 Google Maps API에서 사용할 Custom Map Tile에 사용하기로 했다. 문제는 Sense Panel과 AntiSense Panel에 Genome 정보(SNP, CNV, Exon, Intron 등등등등)를 어떻게 표시할것인가?에 대한 것이다. 그전에 그러면 Bioinformatics에서 위의 정보들을 보여주기 위해서 사용하는 그래픽은 어떠한 것들이 있는지 간단히 살펴보자. BioRuby의 다양한 생물 정보 표시 그래프?? 위의 그림들은 흔히 우리가 Genome Browser에서 보는 표시형식들이다. box, line, line with handles, directed, directed box, tria..

이제 해야 할 일은 이미지를 만드는 작업이다. 지금 만들 Genome Browser의 경우 위의 그림처럼 3개의 부분으로 나누어 생각해 볼 수 있다. 2번 부분은 chromosome의 위치를 보여주는 눈금자가 위치할 부분이고 이 눈금자(2번, Scale)를 기준으로 윗부분(1번, Sense)과 아랫부분(3번, Antisense)에 실제 유용한 정보들(SNP정보 등등)이 보여지게 된다. 여기에서는 Java를 이용하여 그림파일을 생성할 것이다. Java에서 이미지를 생성하고 이를 파일로 얻는 방법은 다음과 같다. 1. BufferedImage를 생성한다. 2. 위의 생성된 버퍼로 부터 Graphics 객체를 얻는다. 3. Graphics 객체에다가 마구 마구 그린다. drawLine(), fillRect()..

이전 포스팅에 소개한것처럼 구글에서 제공하는 지도 대신 자신이 만든 정보(지도 그림)를 보여줄 수가 있다. 이것을 Custom Map이라고 부른다. 구글맵에서는 256x256 pixel의 이미지(이러한 이미지를 타일, tile이라고 부른다.)를 이용해서 보여주기 때문에 구글맵에서 보여주고하는 커다란 이미지를 256x256의 작은 tiles들로 쪼개야(tile cutter) 한다. 이미 많은 Custom Map들이 커다란 이미지를 자동으로 256 pixel로 잘게 잘라주는 프로그램으로 만들어져 있다. 암튼 문제는 247,249,719bp의 1번 chromosome의 경우 6,400bp를 256 pixel의 비율로 만든다고 한다면, 약 10,000,000 pixel의 해상도를 가지는 그림 파일을 필요로 한다..

google maps api를 이용한 Genome Browser 입니다. 현재까지는 1번 염색체의 줌레벨도 1단계만 지원하고 있습니다. 수많은 눈금들은 dbsnp에서 snp정보를 읽어와 염색체 위에다가 표시한 것입니다. 이제 확대할 경우 좀더 자세히 볼 수 있겠죠 ^^;; 클릭하면 해당 snp의 정보도 보여줄 예정입니다. 이거 막상하다 보니깐 여기저기 고려해야 할것들이 너무 많네요 ^^;;

예전에 작년 5월 달이네요,, Bioinformatics와 웹 2.0이라는 주제를 가지고 글을 쓴적이 있었습니다. 저는 이글에서 Genome Browser를 만드는데 있어서 API를 제공하자는 뭐 그런류의 글이었는데 이것을 구현한 논문이 나와 있더군요,, 제가 생각한것과 조금 틀린점은 이들은 새로운 API를 만들어서 제공하는것이 아니라 Google Maps를 이용한 매시업을 통해서 Browser를 만들었다는 것이죠. 뭐 만들자는거나 만든어진거 가져다 쓰는거나.. ^^;; 어쨌든 Bioinformatics와 매시업의 만남이라는게 키포인트였으니 이건 서로 일맥상통합니다. ㅋㅋㅋ 영국의 paterson 암 연구소의 Bioinformatics 그룹의 X:Map: annotaion and visualization..

단순하게 Bioinformatics관련 블로그의 글들을 모아서 보여주고 레몬펜으로 자신의 생각을 적을 수 있도록 만든 BioBlogRSS 사이트가 가장 기본적인 기능이면서 핵심기능을 모두 갖추게 되었습니다. BioBlogRSS는 국내외 Bioinformatics관련 블로거들의 블로그 총 13개에서(각 블로그의 목록은 OPML 형태로 제공되고 있습니다.) 수집된 232개의 글중에서 총 111개의 글을 보여주고 있습니다. 어디로 접속해야 하나요? BioBlogRSS의 공식적인 주소?는 http://www.hongiiv.com/bioblogrss/bioblog.html 입니다. 참고로 제 블로그 왼쪽의 PAGES부분에도 링크를 걸어두었습니다. 왜 13개의 블로그인가요? 현재까지 제가 파악하고 있는 적어도 제가..

위선 위의 그림과 같이 UI쪽은 대충 마무리 되었습니다. 많은 부분을 모 홈페이지의 디자인을 상당 베낀 모습입니다. 추후 변경될 예정입니다. ^^;; 그림을 클릭해서 보시면 확대 가능합니다. 우선 작업을 진행하면서 이것저것 고려해보았습니다. 사용자 스토리 즉 기능분석 작업은 아래와 같습니다. 1, Bioinformatics 관련 블로그의 RSS를 읽어와 화면에 표시해야한다. 2, 화면에 표시된 RSS의 글에는 해당 블로그의 이름, 링크, 날짜, 간단한 내용이 포함되어야 한다. 3, 표시된 RSS글에 대해서 레몬펜으로 메모를 추가할 수 있어야 한다. 4, 현재까지 수집된 RSS에 통계정보를 표시해야 한다. 5, 오래된 글과 레몬펜 메모도 확인 가능해야 한다.(이부분이 좀 ^^, 어쩔수 없이 DB를 사용해야..

질병관리본부 국립보건연구원의 유전체센터에서 진행하고 있는 보건의료유전체사업에 대한 정보를 담고 있는 홈페이지인 http://cgs.cdc.go.kr이 오픈하였습니다. 한국인유전체역학조사, 유전체실용화, 보건의료생물자원관리의 3가지 사업에 대한 정보를 얻을 실 수 있습니다. 한국인유전체역학조사사업에서는 코호트를 통한 역학정보의 수집 및 관리와 조사자료들을 확인하실 수 있습니다. 또한 실용화사업에서는 genome, SNP, 질병예측에 대한 정보와 마지막 보건의료생물자원관리에서는 인체유래생물자원을 수집하고 분양에 대한 정보를 얻을 수 있습니다. ^^;; 뭐 도움이 되실려나 모르겠네요. 홈페이지를 보시다가 의문사항이나 뭐 부탁하실것이 있으면 홈페이지에도 연락처가 있기는 하지만 제 블로그에 남겨주시면 적극적으로 ..