생물정보학에서의 서열 유사성 검색의 중요성은 굳이 설명하지 않아도 다들 이해하시리라 믿는다. 여기서는 String Match라는 관점에서 서열 데이터(text)로 부터 주어진 서열 찾는 Suffix Tree 알고리즘과 이 알고리즘을 GPU를 통해서 구현하는 방법에 대해서 알아보고자 한다. GPU(Graphics Processing Unit)는 무엇인가? 간단하게 말하면 컴퓨터에 있는 그래픽 카드의 CPU라고 생각하면 될것이다. 요즘 게임들은 3D와 실사와 정말 유사한 화면을 제공하는데, 이러한 것들을 CPU가 아닌 그래픽 카드의 GPU에서 처리하게 함으로써 좀 더 빠르게 게임을 할 수 있는 환경을 제공하는 것이다. 그런데 이 GPU의 아키텍처의 특성상 이것만 하기에는 너무 아깝기 때문에 범용적인 수치연산..
사단법인 분자설계연구소(연세대학교내)에서 "Virtual Laboratory based on GRID Technology workshop"에 다녀왔습니다. 아침에 7720번 버스를 타고 연세대학교로 향하는 길은 출근을 하지 않는다는 것만으로도 ㅋㅋㅋ^^ 더 잊기전에 기억에 남는 세션만 간략하게 정리해봅니다. 미투데이에 간략하게 남기다가,, 인터넷 사정이 별로 좋지 않아서 그만두고 메모 남기기를 포기했습니다. ㅋㄷㅋㄷ Large Scale Computing for Bioinformatics Yutaka Akiyama, Tokyo Institute of Technology, Japan 기억에 남는건 GPU(graphics processing unit)에 SSD까지 이용해서 클러스터를 구축해서 높은 성능 향상..
지도상의 특정 부분을 선택하면 그 부분의 주소가 뽕 하고 나오는 신기함을 Flickr에서 보고,, 국내도 물론 된다. 영문으로 시도, 구군, 동면 까지 잘 나온다. 이거 보고 엄청 놀란적이 있었는데,,, 뭐 정확하지는 않아도 대충 이런식으로 흉내내보면 어떨까??? 이렇게 하면 지도상의 위치가 (2,8) 인 경우 DB에 있는 (2,9)의 주소를 보여주면 그래도 근사치의 주소?를 제공할 수 있겠지... 누군가가 우편번호상의 구역정보를 제공하기만 한다면야 간단하고 정확하겠지만,, 우선 이렇게 만이라도 한다면 지도상에 사진이라도 올릴라 치면, 해당 지역의 주소라도 부가적으로 보여줄 수 있어 좋지 않을까??라는 생각을 해본다.
주소나 우편번호에 해당하는 지도상의 위치정보를 제공하는(국내 전용) Open API를 공개합니다. 이용자는 우편번호를 입력하는 해당 우편번호의 네이버 지도의 좌표와 구글맵의 좌표를 얻을 수 있습니다. 호출 방법 Open API 호출 방식은 간단한 REST 방식을 사용합니다. 위의 geocoding_search를 호출할 수 있는 URL은 http://www.hongiiv.com/service/geocoding_search.php?zipcode=valuehttp://www.hongiiv.com/service/geocoding_search.php?address=value 의 우편번호(zipcode)로 호출하는 방식과 주소(address)로 호출하는 방식 두가지를 제공하고 있습니다. 각각의 value는 다음의 ..
기존의 Bioinformatics 관련 블로거들의 글들을 수집해서 보여주던 BioBlogRSS는 DB를 사용하고 있지 않아서 좀 느리고, 제목과 해당 블로그로 갈 수 있는 링크만을 제공했었죠,, 그나마 레몬펜을 통해서 블로그 글에 대한 자신의 의견이나 블로그의 내용등을 이용자가 직접 작성할 수 있도록 만든 메타 블로그 사이트였습니다. 기존의 BioBlogRSS (http://www.hongiiv.com/bioblogrss_/bioblog.html) 링크는 살려두었습니다. ^^ 이번에 공개된 설치형 메타 블로그 인 날개(Wing)으로 바꾸고 약간의 스킨변경과 레몬펜을 달았습니다. 제자신이 생각하기에 기존에는 레몬펜의 역할을 많이 기대했는데,, 그냥 일반적인 메타 블로그 형태가 더 나을것 같다는 생각에 바꿔..