지금까지 수천 샘플에 대한 genotype/snp calling을 수행했음에도 2011년도에 발표된 "Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data"라는 리뷰 논문을 이제서야 꺼내어 읽어본다. 이 논문에 대한 내용은 이미 "ideas should be in papers" 블로그에 소개되었으나 나름 다시 정리하는 차원에서 여기저기 살을 붙여서 작성했다. 간혹 이해가 가지 않는 부분은 참고하여 작성했다. 전체적인 genotype/snp calling 분석 Base calling genotype/SNP calling에 있어서 가장 기초가 되는 것은 per-base quality score로 이는 일반적으로 NGS 장비의 기본 base callin..