단맛만좋아요

모든 생물정보학을 하시는 분들의 제일 첫 질문은 R 설치되어 있습니까? 라는 질문이다. 가장 많이들 사용하시는 프로그램(?) 중 하나인데, 일반 X86에서는 문제가 없지만, Intel Itanium2나 IBM PowerPC의 64bit machine에서는 잘 컴파일된 것 같지만, 막상 테스트를 해보면 어이없게도 에러가 발생하곤 한다. PPC64에서 rnorm(10^9)을 계산해보면 바로 메모리 관련 에러를 뱉으면서 계산하기 싫다는 에러를 내곤 계산을 포기하는 현상이 발생해 버렸다(cannot allocate vector length XXXXXKB). 여태 모르고 있었다니..ㅜㅜ 음~ 역시 구글링을 통해 R 메일링 리스트를 검색해보니 답이 나와 있더군요 ^^ It has been reported that ..

뭐 다들 아시는 거지만, 레오파드가 나온지도 좀 되었죠 ^^;; 저도 스택기능좀 볼려고 업그레이드 좀 했습니다. 아 너무 멋지네요~ 시너지를 통해서 윈도우의 키보드와 마우스를 공유도 끝내고 이것 저것 설정 잡느라 아직 집에도 못갔네요 ㅎㅎ ^^

Workflow Management System이란? The software component taht "defines, manages and executes worflows through the execution of sotware whose order of execution is driven by a computer representation of wht workflow logic", according to Workflow Managenemt Coalition(WfMC) Reference Model, is named Workflow Management System(WMS). 바이오인포매틱스와 WMS 바이오인포매틱스에서도 Workflow Management System과 것들이 이미 개발되어 biosc..

이제는 동영상을 이용하는 연구 커뮤니티 입니다. 바로 SciVee 서비스가 이것을 가능하게 하고 있습니다. SciVee에 대한 내용은 Agile2Robust 블로그에 자세한 설명이 나와있으니 참고 하시기 바랍니다. 한마디로 과학계의 Youtube라고 하는 서비스입니다. 이미 Taverna의 메일링 리스트에 언급되고 있어서 한번 가서 본적이 있는데, 정말 이런 서비스를 가능하다는 것 자체가 놀라울 따름입니다. 아래 내용은 The BRCA1/2 pathway prevents hematologic cancers in addition to breast and ovarian cancers 라는 논문의 pubcast입니다. podcast가 아니고, pubcast ^^ 논문의 저자가 막 나오고 하니깐 참 흥미롭네요 ^^

현재 biopipe.net 사이트는 접속이 불가능하고 http://biocommunity.kr/로 이동하셔서 다시 가입하면 Biopipe를 사용하실 수가 있네요 ^^;; 아직 공식적으로 오픈한건 아닌데 지금 사용해도 괜찮은것 같습니다. 재미있는것은 Biopipe에서 사용 가능한 서비스를 제공하는 곳을 구글맵을 통해서 보여준다는 것입니다. 따라서, 자신이 만든 워크플로우의 흐름의 구글맵을 통해서 확인할 수 있다는 거죠. 참 재미난 기능을 추가 한것같습니다. 혼자 워크플로우 창에 서비스 가져다 놓으면서 어디서 제공하는건가 보고 있습니다. ^^;; 그외에도 여러가지 부분에서 조그마한 변화들이 보이네요. 지금 서비스는 영국과 일본 미국에서 제공하는 것들로 이루어져 있네요 ^^

Bio::Blogs #16 - Halloween edition에 보면 "연구를 위해서 Blog를 시작하라"는 인용을 시작으로 Three stories about science and the web에 대해서 언급하고 있습니다. 간단하게 말하자면 과학(bioinformatics and computational biology)분야에서 웹을 사용하여 효과적인 연구활동을 위해 필요한 것들에 대해 말하고 있습니다. 한번은 google과 naver등의 search를 통해서 국내의 bioinformatics and computational biology 분야에 대한 blog 글들을 찾아 보았더랬습니다. 기초적이건 세부적이건간에 그리 많지 않은 blog가 있을 뿐이었습니다. 반면 외국에서는 자신의 연구분야와 관련한 다양..

오늘이 Bioworks 시나리오 공모 마지막 날이었습니다. 후기 작성하느라 시간 보내고 시나리오 작성하느라 시간 보내고 막상 당일 닥쳐서 급하게 만드느라 아이디어는 없고 역시나 한계입니다. 우선 작성해서 제출했다는 것에 의의를 두고 있습니다. 제출하고 참여한다는 것만으로도 Bioworks를 비롯한 국내 연구자들에게 어떠한 힘이될거라는 생각입니다. ^^;; 부디 많은 분들이 참여하고 움직였으면 하는 바램입니다. 이런 기회를 통해 좀더 국내 연구자들의 적극적인 행동이 이끌어졌으면 하는데... 근데 요즘 Biopipe는 홈페이지도 들어가지지 않고 아무런 반응이 없네요. 그냥 스윽 하고 없어져 버리진 않을텐데... 사용자들에게 어떠한 방법으로든 진행사항이 있었으면 하는 아쉬움이 남네요. Bioworks나 Bio..

http://www.myexperiment.org 에 올려 놓은 워크플로우를 보고 한 외국인이 몇 가지 질문을 해왔네요 ^^;; 질문을 잘 못알아 들어서(나는 분명히 local java service를 사용하지 않았는데...암튼) 그냥 감으로 "이걸 물어봤겠지"하고 답변을 해주었는데, 다음과 같이 답변이 왔네요 ^^ Hi, yes, It's what I want. Thanks you so much. Best, 국내의 Biopipe나 Bioworks를 사용하면서도 이런 질문들이 오가는 날이 오겠죠 ^^. 어서 빨리 그런날이 오기를 바라면서...

이거 너무 늦게 사는 바람에 firmware 버전이 1.1.2입니다. 하루종일 Activation 하느라 시간 다 보냈네요 ^^ 현재 firmware 버전은 1.0.2 어떻게 1.1.1->1.1.2로 업데이트 하나??? 암튼 현재 만족하면서 mp3기능을 다하고 있습니다. ^^;; 마지막 사진은 직접 iphone으로 찍은 사진입니다. ^^/

목요일과 금요일 이틀간 연찬회에 참석하느라 안면도에 내려가 있어서 인터넷에 접속을 못했는데 이제야 인터넷을 ㅠㅠ 제가 수요일날 Bioworks QnA에 글을 하나 썼는데 아무래도 마음에 걸려서 ^^;;. 이글을 쓸 당시에는 빨리 사용해보고 후기를 작성해야겠다는 급한 마음으로(주말에는 좀 놀려구 ^^;;) Bioworks를 실행하고 사용하다가 로그인에서부터 기존에 작성하던 User Data의 폴더에 있는 workflow와 data에 접근 하려다가 너무 오랜 시간과 시스템이 다운되는 상황이 되다보니 제가 좀 격해 있었습니다.(ㅎㅎ 계속 그랬었지만...) ^ㅇ^/ 개선할 부분이나 추가해야 할 부분이 많지만, 욕을 먹더라도 사용자들의 의견을 수용하여 제대로 만들어 보겠다는 일념으로 오픈하셨다는것을 알고는있었지만..