단맛만좋아요

Daum DevDay때 언급 되었던 문맥 키워드 API가 드디어 공개되었다. 특정 문서에서 중요한 키워드를 자동으로 찾아주는 서비스로 활용할 여지가 꽤 많은 API인것 같다. 어떠한 알고리즘으로 키워드를 추출합니까? 라는 질문에 그건 회사 비밀이니 말할수 없다는 대답으로 웃음지게 만들었던 ^^;; 이놈을 어디다 쓸지는 대충 생각했는데, 이제 공개되었으니 슬슬한번 붙여봐야겠다. 이 글은 스프링노트에서 작성되었습니다.

지난 9월 14일~15일 이틀간 워크숍을 다녀왔다. 거기서 나온 말중에 KEGG를 Pathway를 Parsing해서 Customized하는 어플리케이션을 만들면서 Pathway가 중구난망(?)으로 이건 좀 심하고 암튼 Pathway 그림 요소들이 어떤때는 이렇게 그려지고 어떤때는 또 다르게 그려져서 고생했다는 말을 하시면서 동네 아주머니들이 그린거라고 생각된다고 하셨는데, 같이 일하시는 박박사님의 15일날 명쾌한 해답을 주셨다. 동네 아주머니가 아니라 아가씨들이(대부분 컴퓨터를 전공하는 동네 아가씨들)에 의해 그려진다는 사실을 사진과 함께 말씀해 주셨다. ^ㅇ^/ 이 글은 스프링노트에서 작성되었습니다.

오늘로써 Biopipe 경진대회가 마감이 된다. 그동안 주어진 문제에 대해서 Taverna와 Biopipe로 각각 풀어보면서 나름대로 재미있는 시간을 보냈다. 물론 간간히 짬을 내서 하는 작업이라 막판에는 밤늦도록 해야하기도 했지만 ^^;; 시간이 갈수록 괜히 문제를 풀었다는 생각이 들기도 했다. 문제 대신 파이프라인을 제작해서 제출했더라면 덜 막힐 수도 있었을텐데라는 생각도 들기도 했다. 잘 돌아가는 것들로만 만들면 ㅋㅋㅋ 대신 문제를 풀면서 더 많은 아쉬운 부분들이나 개선점에 대해서 알게되었으니 그걸로 만족하고 이번 경진대회를 마감한다. 모두들 수고하셨습니다. 이게 끝은 아닌거 다들 아시죠 ^ㅇ^ 이제 시작이니 다들 분발해주세요. 이 글은 스프링노트에서 작성되었습니다.

Taverna를 통해서는 주어진 문제를 모두 풀었지만, Biopipe를 가지고는 아직도 문제를 풀고 있습니다. 아니 문제를 푼다기 보다는 모듈 또는 어답터를 요청하고만 있습니다. 앞으로 실제 사용하는 사용자들도 이러한 어답터나 자신이 원하는 모듈에 대한 제작 의뢰를 KOBIC에 하게 될텐데요. 지금까지 KOBIC의 대응에 대해서 몇가지 짚고 넘어가야 할 부분이 있어서 이렇게... 우선 칭찬은 아님니다. ^^;; 너무 수고 하시는데 죄송합니다. Biopipe의 최대강점은 앞선 포스팅에서도 언급했듯이 모듈의 제작과 어답터 지원이라고 할 수 있다. 향후 어답터 부분은 시맨틱웹을 통해서 온톨로지 기반으로 지능을 추가하여 사용자가 일일이 어답터에 대한 신경을 쓰지 않고서도 지능이 내장된 시스템을 통해 어느 정도의..

BioPipe 경진대회의 문제 풀이 진행 상황에 대해서는 아래의 링크를 클릭하면 되고요 ^^ 지속적으로 업그레이드 되고 있습니다. 블로그에다가는 계속적으로 쓰기가 좀 마땅치 않아서 SpringNote를 이용하고 있습니다. ^^ 현재까지의 진행상황

올해초 블로고스피어를 뜨겁게(?) 달군 행사가 하나 있었다. PlatformDay라는 이름의 행사였는데, 구글 플랫폼에 대한 내용과 이를 오픈소스로 구현한 Hadoop에 대한 행사였다. 참석하진 못하고 블로그와 관련기사를 통해 행사에 대한 내용을 접할 수 있었다. 생각보다 많은 분들이 관심을 가지고 참여했다는 소리를 들었던 기억이 있었다. 나도 뒤늦게나마 Web2Hub 사이트를 들락날락 거리면서 한동안 주의 깊게 살펴보던 기억이 났다. 그러다 이런저런일에 치이면서 기억의 저편으로 사라질 무렵... 오늘 금요일 집에 내려가려고 서울역에서 대전으로 가는 KTX에 몸을 실었다. 회사를 끝내고 저녁도 먹고 마침 읽을 책들(공상과학SF소설과 전생에 관한 소설^^)을 사느라 좀 늦은 시간이었다. 창가쪽이 아니라 먼..

9월 1일 토요일에는 다음에서 주최하는 DevDay 행사가 있었습니다. OpenAPI를 제공해주시는 여러 업체분들과 태우님이 OpenAPI에 대한 내용으로 꾸며 주셨습니다. 비도 부슬부슬 내리고 다들 아시다시피 좋은 점심도 먹었더랬죠 ^^;; 저는 현재 OpenAPI와 같은 웹 2.0에서의 경향들을 e-Science에도 접속시켜 요즘 아주 많은 분들의 입에서 회자되는 융합에 대해서 어떠한 힌트를 얻을 수 있을까? 하고 참석했습니다. 많은 분들과 대화를 나누지는 못했지만 이야기를 나눈 몇몇 분들이 꽤 좋은 시도라고 말씀해 주셨습니다. 아직 구체적으로 어떠한 작업을 어떻게 해야 할지는 아직 이런저런 생각만 둥둥 떠다니고 있는데, 이번 기회를 통해서 업계에서 제공하는 OpenAPI와 회사 내부의 고민거리 등 ..

9월 3일 Biopipe 교육이 숭실대학교에서 있었습니다. 1시부터 교육이 시작이었는데, 날씨가 무척이나 더웠습니다. 숭실대에 도착하니 시간이 시간인지라 더위에 헥헥대면서 벤처관을 찾았습니다. 12시50분쯤 도착했을 때에는 몇몇분이 강의실에 앉아 계셨습니다. 두리번 두리번 어 맞게 찾아왔나~ 촌놈마냥 두리번 거리자 한분이 홍창범씨 맞으시죠.. 블로그의 제 모습을 보고 KOBIC의 김태형씨가 인사를 먼저 건네셨습니다. ^^;; 온라인 상으로 한번 대화를 했을 뿐인데 공통의 관심사를 갖고 있어서인지 낯설지가 않았습니다. 총 3분이 KOBIC에서 나오셨는데, 김태형씨, 권제근씨, 그리고 한분은 멋지게 생기셨는데 이름이 가물가물 죄송합니다. 첫번째 교육은 biopipe와 관련되어 전반적인 내용을 김태형씨가 맏아..

Biopipe 경진대회 문제를 풀면서 8,000여개의 multiple 서열을 sort하는 beanshell 스크립트를 만들었는데, 로컬에서 돌아가다 보니 좀 시간이 걸렸다. 간단하게 웹 서비스를 만들어서 휘리릭 배포해서 쓰고 싶어졌다. Axis와 JWS를 이용해서 간단하게 해결하자. 우선 Tomcat에 Axis를 설치한다. Axis를 다운로드 받아서 common/lib에 라이브러리들 옮기고 webapps/axis 디렉토리를 Tomcat의 webapps에 옮긴 다음 http://hostname:8080/axis 로 가면 첫화면에서 validation을 선택하여 필요한 라이브러리를 체크하고 없다면 추가해준다. 이때 라이브러리는 java의 lib/ext 디렉토리에 해당 라이브러리를 옮겨주면 끝. 이제 필요한 ..

Taverna에서는 묵시적이지만, 설정이 가능한 iteration 메커니즘을 가지고 있다. processor가 하나의 list를 입력으로 받으면 여러번 processor가 수행되어 그 결과를 새로운 list로 받을 수 있다. 이러한 iteration은 cross와 dot이 존재한다. 첫 번째는 a 하나만을 입력으로 받아서 function f를 수행하고 나면 결과로 f(a)를 받는 일반적인 상황이고, 첫 번쨰 하단은 입력으로 리스트 [a1,a2,a3]를 받아서 결과로 묵시적인 iteration이 발생해서 각각의 입력에 대해 하나씩 수행된 상황이다. 이제 cross와 dot strategy가 발생하는 상황인데, 첫 번째 cross는 입력으로 [a1,a2] [b1,b2]를 받으면 두개의 list가 cross로..