단맛만좋아요

매주 금요일마다 집으로 내려가기 때문에 서울역에 들르게 됩니다. 기차시간이 맞지 않을때는 KTX 라운지에서 시간을 보내거나(KTX 라운지에서 검은색 맥북 들고 있는 저를 금요일 저녁이면 가끔 보실 수 있습니다 ^^), 콩코스 매장의 애플체험센터(?)에서 지내곤 했습니다. 그러다 과기부에서 국가지정연구실(NRL)의 연구진들이 매주 금요일에 서울역, 대전역, 부산역에서 강연을 한다고... 그동안 들어야지 하면서 못듣다가 저번주에 드디어 들어보았습니다. 제가 흥미를 가질만한 주제는 아니었지만 분위기를 보러 한번 가봤습니다. 분위기는 위와 같습니다. ㅋㅋㅋ 앞으로도 많은 주제의 강연들이 있으니 가족과 함께 함께 가까운 역으로 한번 가셔서 금요일 저녁을 알차게 보내세요 ^^

토니 헤이(Tony Hey) 교수는 영국 e-Science 프로그램의 책임자를 맏고 계시던 분인데 이제는 Microsoft의 Technical Computing부분의 대빵으로 근무하고 계신가부다. 암튼 이 분 e-science 부분에 대해서 꽤 많은 일들을 하신것 같은데, Grid 2007에서 키노트를 담당하셨다. 간략하게 발표자료를 보면 e-science: Data is easily accessiblee-science: Data is easily shareablee-science: Services expose functionalitye-science: Services can be composede-science: Data and Services can be accessed securelye-scienc..

요즘 Taverna 플러그인 만들기에 푹 빠져 있습니다. 그냥 재미있을것 같다는 생각으로 시작했는데 이놈의 플러그인을 만드려니깐 Taverna의 전체적인 구조를 알아야 했습니다. 덕분에 Taverna의 구조까지 대충 알게 되어버렸으니..ㅋㅋㅋ eclipse의 경우 플러그인을 만드는 책까지 나와 있는 판에 Taverna는 맨땅(물론 문서화는 잘되어있지만 ^^;;)에 헤딩하면서 꾸역꾸역 만들었습니다. 요놈 보면 볼수록 잘 설계되고 잘 만들어졌다는 생각이 듭니다. 그러나 Biopipe는 어떻게 되어 가고 있는건지 매주 아니 매월 Biopipe 소식지 같은거라도 만들어서 배포했으면 좋으려만 어떻게 되어 가는지 궁금해요!! 갑자기 삼천포로 빠져 버렸네,,, 간단하게 Taverna는 SPI(Service Provi..

Code Reading이라는 책을 보면 이런 문구가 나온다. 1분의 문서 읽기는 한 시간의 코드 읽기와 맞먹는다는 점을 명심할 것문서화는 섹스와 같다. 좋을 때는 매우 좋고 나쁠 때에는 안 하느니만 못하다.요즘 Taverna Plugin을 만들면서 뼈져리게 느끼는 말들이다. 무턱대고 만들어 보자고 소스코드부터 봤는데, 그게 아니었다. 미리 문서화된 문서들을 읽어봤으면 훨씬 더 수월했으련만...

DDBJ(DNA Data Bank of Japan)는 일본국립유전학연구소(National Institute of Genetics) 산하 기관으로 DNA 염기서열의 데이터베이스를 유럽의 EMBL, 미국의 GenBank와 함께 구축하여 제공하고 있다. DNA 데이터는 DDBJ, EMBL, GenBank중 하나에 등록되지 않으면 저널에 수록되지 않으며 이 3개 기관은 신속하게 처리해 갱신하는 역할을 하고 있다.은 DDBJ에서 제공하고 있는 주요 웹 서비스를 보여주고 있다. 표 1. DDBJ에서 제공하는 주요 웹 서비스 웹 서비스가 나온지 오랜 시간이 지났지만 아직까지 활발히 사용되지 않고 있는건 아마도 사용하기 까다롭기 때문일 것이다. DDBJ에서는 이러한 어려움을 줄이고 좀더 손 쉬운 방법으로 서비스를 제공..

뭐하나 새로운걸 만드는 것보다는 Taverna에 통합하는 편이 나을듯 해서 Taverna 개발자 가이드를 보고 있습니다. 나름 이런저런 설명을 친절하게 해 놓았지만, 실제 뭔가를 만들기에는 좀더 공부를 해야겠습니다. 문서에는 가장 좋은 레퍼런스는 Taverna 자신의 소스코드라니 소스코드를 뚫어지게 쳐다보는 수 밖엔 ^^;; Taverna를 이용하여 Plugins을 개발하기 위해서는 우선 SVN, SPI(Service Provider Interface), Maven에 대한 내용을 숙지하고 시작해야 한다. SVN은 Taverna의 소스코드를 다운로드 받기 위한 것이고, SPI와 Maven은 실제 plugins을 만들고 빌드하기 위해 필요한 내용이다. 여기에 덧붙여 eclipse에 대해서 알면 더 좋다. 개..

바이오인포매틱스와 웹 서비스 분자생물학이나 바이오인포매틱스와 관련한 도구들이나 데이터베이스에 대한 웹 서비스는 꾸준히 늘어가고 있다. 대표적인 곳으로는 영국의 EMBL-EBI, 미국의 NCBI, 일본의 DDBJ와 PDBJ가 있으며, 그 외에도 연구소나 프로젝트별로 다양한 웹 서비스를 제공하고 있다. 주요 데이터 센터 EMBL-EBI, Cambridge, 영국 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices)NCBI, 미국 (http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/esoap_help.html)DDBJ, 일본 (http://xml.nig.ac.jp/index.html)PDBJ, 일본 (http://pdbj.protein.osaka-u..

지난 10월1일 생명공학연구원의 국가생물자원정보관리센터(KOBIC)에서 주최한 Biopipe 경진대회의 시상식이 있었습니다. 그동안 경진대회에 대한 블로그도 작성하고 나름 성의껏 대회에 참가했더랬죠 ^ㅇ^/ 그 결과로 입상을 했습니다. 위사진의 생공연원장님과 시상식에서 찍은 사진입니다.

맥 저널을 통해서 블로깅 작업중입니다. 대충 어떻게 사용해야 하는 건지 감잡아 볼라구 ㅋㅋㅋ ^ㅇ^/test writing

다른 사람들이 들으면 당연히 msn이나 네이트온을 사용한다는것이 뭐가 그리 대단해서 이렇게 글까지 남기느냐 하겠지만, 네이트온이 맥을 정식으로 지원하여 이제 좀더 그럴싸한 UI를 통해 네이트온을 사용할 수 있게 되었으니 어찌 스샷하나 남기지 않겠느냐 말이다 ^^;;