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R 과 Rserve를 이용한 Taverna 프로그래밍

향후 Bioworks의 경우 각종 스크립트 언어를 추가하여 사용자가 워크플로우내에서 프로그래밍을 통하여 필요한 기능을 추가할 수 있도록 할 계획에 있다고 한다. Taverna의 경우는 BeanShell이라는 Java 언어를 통하여 사용자가 워크플로우내에 프로그래밍 로직을 작성할 수 있도록 해주고 있다. 기타 Perl, python, Ruby등의 다른 스크립트 언어에 익숙한 사용자에게는 다소 불편함이 있을 수도 있다. 어쨌든 이러한 프로그램 언어의 사용과 더불어 Taverna에서는 통계 언어인 R(Bioinformatics에 관련된 라이브러리도 상당히 많이 존재하죠 ^ㅇ^)을 사용할 수 있도록 하고 있는데, 바로 RShell을 통해서다. Taverna의 RShell은 R을 TCP/IP 기반으로 원격에서도 ..

R 2007.11.16

iphone을 질렀습니다. ㅠㅠ

제가 어떻게 된건지 모르겠습니다. 한손에는 카드를 들고 있었던거 같기는 한데,,, 아이팟 터치냐 아이폰이냐 고민은 하긴했지만,,, 이렇게 순식간에 결제를 끝내다니.. 399달러에 Tax 붙고 좀 더 빨리 배송하라고 10달러 더 내고 했더니 445달러나 됩니다. 환율이 많이 내려가긴 했지만 그래도 없는 살림에 ㅠㅠ 참 미국에 잠시 가신분께 부탁드렸습니다. 그분이 지내시는 곳으로 배송시켰고 그분과 함께 제 아이폰도 오겠죠 ^^;; 카드값은 어쩌나 ㅠㅠ

blogging 2007.11.14

myExperiment 오픈 베타 시작

myExperiment에 대해서는 저번 포스팅에서 언급했듯이 한마디로 워크플로우 기반 협업을 위한 커뮤니티이다. 물론 Taverna를 기반으로하는... 그동안 클로즈베타 서비스를 수행중이었는데, 오늘 메일링 리스트에 드디어 오픈 베타를 실시한다고 한다. 모두들 가입하셔서 한번 둘러보시는것도 괜찮을 듯 합니다. 클로즈베타에서는 openid만을 지원했는데 이제는 일반 로그인도 가능한가 봅니다. 기능상에는 큰 차이는 없어 보이나 UI가 많이 바뀌었습니다. 솔직히 클로즈베타때는 별로 안이뻐서 ㅋㄷㅋㄷ 시간이 나면 좀 더 둘러봐야겠습니다. 요즘 Bioworks 후기도 작성해야 해서 돌아다닐 시간이 별로 없네요 ^^;;

Bioblogs 2007.11.14

2008 매쉬업 경진대회 - 그럼 Bio 매쉬업 경진대회!!

작년에 이어서 대한민국 매쉬업 경진대회를 진행한다고 합니다. 네이버와 다음은 이렇게 공동으로 서로의 살길을 찾아가고 있는데요 ^^;; 어디 오픈 API를 통해서 바이오관련 매쉬업 아이디어 없을까요? ㅋㅋㅋ 외국에서는 질병에 관련된 정보를 구글맵을 통해서 보여주는 매쉬업도 있던데... 그냥 매쉬업이 아니라 대한민국이네요 두 회사가 주최하면 바로 대한민국이 되어버리는군요!!! KISTI와 KOBIC도 같이 주최하면 바로 대한민국 바이오 워크플로우 경진대회가 되어버리겠죠 ^^;; 바이오 워크플로우에서도 이런 움직임이 있었으면 하네요 ^^;; 어차피 이러한 워크플로우로 만든 것들도 매쉬업의 한 형태 아니겠습니까??

java-programming 2007.11.08

아무생각없이 Bioworks를 보고 있다가...

어제 오늘은 정말 신났었습니다. Bioworks라는 툴이 KISTI에 의해서 발표되고 이런저런 행사도 시작하고 뭔가 특별한 것이 없어도, 미숙하더라도 그런 시도가 있었다는 것에 사용자로서 감사할 뿐이었습니다. 그런데 Bioworks 홈페이지에서 Bioworks에 대한 소개 페이지를 읽어보다가 이건 완전 Taverna와 다를것이 없다라는 생각이 문득 들었습니다. 이러한 움직임이 많으면 좋지만,,, 그래도 이런식으로 많은것은 아니라는 생각이 들었습니다. 저만의 생각인지... 그래서 Bioworks QnA에 올렸습니다. Taverna와 무엇이 틀리냐고,,, 내일이면 답변이 올라오겠죠,,, 제가 오해하고 있는 뭔가가 있겠죠 ^ㅇ^/ 아니 기능상으로 똑같으면 어떻습니까? MS-워드 있다고 한글 안만들지 않지 않습..

Bioworks 2007.11.07

Korea Bio e-Science - 이글은 구글 그룹스 바이오커뮤니티에 등록된 내용입니다.

여기 계신분들은 이미 Biopipe는 알고 계실테고 Taverna는 Biopipe와 유사한데 뭐라 좀 말하긴 그렇고 암튼 요번에 KISTI의 CCBB에서도 Bioworks라는 Bio 워크플로우 툴을 만들었는데요,,, 자세한 내용은 http://socmaster.homelinux.org/~hongiiv 를 참고 각 기관에서는 서로 다른 서비스라고 말할수도 있겠지만 제가 보기에는 그나물에 그밥인것 같은데요,,, (암튼 요즘 왜이렇게 워크플로우 툴들이 많이 나오는지...) 제 생각엔 이러한 툴의 성능이나 기능보다는 어떻게 실 사용자들에게 좀 더 많은 정보와 손쉬운 접근을 가능하게 하느냐가 관건인건 같습니다. 달랑 툴하나 보단 그 툴을 사용하기 위한 그 무엇이 실사용자에겐 더 필요할것 같은데요. 그런 의미에서 ..

blogging 2007.11.06

Bioinformatics 분야에 e-Science 꽃이 활짝 피었습니다.

영국의 대표적인 workflow인 Taverna와 KOBIC의 BioPipe 그리고 하나더 국내에서 발표되었습니다. 바로 Bioworks가 KISTI에서 태어났습니다. 요즘은 아무리 서비스를 내놓기 전에 Beta가 유행이지만, 역시 Bioworks도 베타버전입니다. 지금 등록된 서비스는 Alignment, DNA Analysis, Protein Analysis, Utils의 크게 4개 분야로 되어있습니다. 기존에 KISTI의 CCBB에서 제공하던 서비스들인 것 같습니다. CCBB에서 제공하던 서비스들은 제대로 잘 안돌아 가던데 Bioworks에서는 잘 돌아갈런지 ^^;; KISTI의 막강한 슈퍼컴퓨팅 파워와 네트워크 파워가 잘 어우러진다면 이것도 꽤 쓸만하겠는데요,,, Java로 만들어진 어플리케이션이고..

Bioblogs 2007.11.06