단맛만좋아요

국립보건연구원이 충북 오송으로 이전한지도 4달여 가량이 지났네요. 본 영상은 오송으로 이전한 직후 국립보건연구원 유전체센터 송년회를 하면서 오송의 모습을 동영상으로 만든건데요, 유전체센터 및 국립보건연구원의 연구원들과 건물들을 나옵니다. 간혹 불광동 시절의 사진도 곁들어서 만들었는데 불광동 시절도 그립고 오송도 그립??고...

내과의사는 아니지만 간간히 관심있는 주제의 논문들이 발표되어 NEJM을 보게 된다. 오늘은 2011년 2월에 나온 "Whole-Genome Sequencing and Social-Network Analysis of Tuberculosis Outbreak (결핵 유행에서의 홀 지놈 시퀀싱과 사회연결망 분석)"라는 논문이다. 여기서 혼동하지 말아야하는 부분이 있는데, 요즘 자주 접하게 되는것이 바로 Social-Network라는 용어인데, 흔히 facebook과 것은 Social Network Service (SNS)라고 하며, Social-Network Analysis(사회연결망 분석)은 인터넷 공간에서의 사회적인 관계가 아닌 실제 사람과 사람간의 관계를 통한 네트워크이며 이를 분석하는 것이다. 즉, 논문..

예전에는 갖고 싶었던 것도 많았는데... 그중에 하나가 PSP였다. 휴대용 게임기로 예판때 구입했던 기억이... 그리고 아이폰 역시 잠실운동장에서 줄서서...ㅋㅋㅋ 그런데 꽤 오랫동안 내 마음을 뺏는 stuff가 없었다. 그런데 그만 하나 덜컥 생겨버렸다. 오늘은 내 마음을 사로잡은 요놈을 한번 소개해보려고한다. 큰 놈 하나 작은 놈 하나 NGS 시퀀싱 장비하면 Illumina, Roche, Life Technologies(이하 LT)라는 세 회사가 주름을 잡고 있다. Roche는 타미플루하면 생각나는 기업이겠지만 NGS 장비도 만드는 회사중 하나이다. 요즘 이들 회사에서 밀고 있는 시퀀서 모델은 각각 HiSeq, Genome Sequencer, SOLiD 로 장비 가격만으로도 몇 억원을 호가하는 장비들..

오늘은 후성 유전체 두 번째 시간으로 첫 번째에서는 유전체 발현에 DNA상에서의 메틸레이션의 영향에 대해서 살펴봤다면, 오늘은 DNA가 감싸고 있는 히스톤에서의 메틸레이션에 대해서 살펴보고자 한다. 우선 DNA는 인간의 세포핵속에서 30억 bp정도의 염기 형태로 죽 늘어져 있는것이 아니라 히스톤이라는 단백질에 감겨져 있다. 어머니가 실을 실패에 감싸서 실이 엉키지 않도록 보관하고 바느질을 하실때 실패의 실을 풀어서 사용하시는 것처럼 30억 bp DNA(실)는 실패(히스톤 단백질들)에 잘 감겨져 있다. 우리가 흔히 보는 X자 모양의 DNA들은 히스톤 단백질에 감겨져 있으며, 이렇게 감겨진 DNA와 히스톤 단백질을 가리켜 뉴클레오좀이라고 부른다. (출처: http://jasmine71.wordpress.co..

언제부턴가 후성유전체라는 단어가 유독 귀에 거슬리기 시작했다. 언제부터였더라??? 그 동안 DNA만 가지고 놀기도 바빠 죽을 지경이고 DNA도 몰라서 버벅 거리고 있는데 후성유전체는 또 뭐란 말이냐! 우선 인간의 DNA는 초등학교만 졸업하더라도 A, T, G, C의 네개의 염기로 구성되어 있다는 것쯤은 알고 있을 만도 하다. 염기(수산화이온(OH-) 이온을 생성하거나 주는 물질)라? 우선 패스~하고, 이 중 C (Cytosine, 시토신)는 C4H5N3O의 화학식을 지닌 피리미딘 (pyrimidine, N을 함유한 화합물의 골격) 염기 (피리미딘염기: 핵산의 구성분으로 시토신, 우라실, 티민 등이 있음) 뭔소리진 모르겠다면, 다시 시작하자! 시토신(C4H5N3O)의 분자 구조식 인간 DNA의 기본 염기인..

얼마전 Wired로 블로그 (Genetic Future) 를 옮긴 다니엘의 글에 CEOmics라는 단어가 나왔다. "-ome" 은 세트라는 의미를 가지고 있으며, "-ics"는 ~~학(수학,과학처럼)이라는 의미를 지니고 있는데 이것이 합쳐저서서 "-omics"라는 단어가 만들어졌다. 이 단어는 생물학 분야에서 처음 사용되기 시작했는데 일정 수준의 생물학적 정보의 집합체를 나타내는 접미어로서 genomics, proteomics 등 전체 유전자의 군, 전체 단백질 군을 연구하는 학문이라는 의미를 가지게 된다. 바로 이 omics (오믹스)와 CEO (최고경영자)가 합쳐진 CEOmics라는 단어가 만들어지게 되었다. 그럼 왜 이 단어가 탄생했는지 한번 들여다 보기로 하자. 자신의 유전정보를 공개하는 것이 이..

지난주 수요일부터 금요일까지 한국유전체학회 동계 심포지엄이 강원도 용평에서 개최되었습니다. 정리한다 정리한다 하면서 이제서야 대충 생각나는 대로 한번 간단히 정리해 봅니다. 다들 아시겠지만 NGS라는 테크놀로지가 점점 화두가 되면서 이제 유전체니 후성유전체니 NGS를 모르면 Nature Genetics 논문도 못 들여다보게 되었습니다. 뭐 그건 그렇고 우선 이번 학회는 다음의 몇 가지로 요약될 수 있습니다. 물론 이외에도 많은 세션에서 많은 내용들이 있었습니다. 1. 세션뿐만 아니라 교육이 포함 (EBI의 NGS 교육) 2. 학술적인 주제뿐만 아니라 KPGP (Korean Personal Genome Project)와 같은 연구에 있어서의 Open/Public에 대한 주제 발표 3. NGS라는 기술을 이..

오늘은 간단한 구글 리더의 익스텐션 하나 소개 하려고합니다. 바로 Google Reader Extenstion - PostRank입니다. 이름에서도 느껴지시겠지만, 바로 구글 리더의 글들에 대해서 점수를 매겨주고 점수에 따라서 구글 리더의 글들을 골라 읽을 수 있습니다. PostRank (http://labs.postrank.com/gr) 사파리, 크롬, 파이어폭스에서 작동합니다. 뭐 얼마나 많은 글들이 올라온다고 구글 리더의 글을 다시 필터링해서 보냐구요? 음~ 우선 저는 크게 다음과 같은 글들을 구글 리더를 통해서 구독하고 있습니다. 1. 관심있는 개인 블로그의 RSS 2. 관심있는 출판사의 책 소식 RSS 3. IT 관련 회사들의 뉴스 RSS 4. 관심있는 저널 (BMC Bioinformatics ..

계속 업데이트, 이외 정보 있으시면 댓글이나 이메일 환영, 모르시면 질문도 환영 =끝= 1. Amazon Machine Images(AMI) for Biology a. JBrowse AMI 32-bit images: ami-8ff312e6 64-bit images: ami-346c8b5d (based on CentOS) b. Galaxy AMI AMI: ami-228a7e4b Name 115971652512/galaxy-cloudman-2010-10-08 c. GBrowse AMI AMI: ami-c228cfab Search: gbrowse d. UCSC Genome Browser In your AWS console screen, start an instance from the AMI: ami-cc55b..