단맛만좋아요

SNPedia/Web page: 위키 기반으로 SNP과 연관된 trait(질병포함) 정보를 제공하고 있으며, 여러 사람들의 협업을 통해 자료가 업데이트되고 있지만, 주로 관리자가 NCBI의 rss 데이터를 주기적으로 받아 정리하고 있다. Promethease/Mac, Windows program: 자유롭게 다운로드 받아 사용할 수 있으며, 23andMe, deCODEme, Navigenics의 raw data를 넣으면 SNPedia로 부터 데이터를 가져와 SNP과 trait 정보를 보여준다. DIYgenomics/iPhone, Android app: 20여가지의 SNP과 관련된 trait 정보를 보여주는데, 23andMe, deCODEme, Navigenics에서 각각 trait에 사용된 SNP을 비교해..

물론 가장 큰 문제는 윤리적인(ethical) 문제가 있을 수 있겠다. 여기에서는 이러한 유전자 검사가 대중적으로 이루어짐으로서 개인이나 사회가 떠안게 될 윤리적인 문제를 배제하고 과학적인(scientific)면에서 과연 이러한 개인 유전자 검사 서비스가 안고 있는 문제를 짚어 보려고 한다. 지난번 포스팅에서도 언급했던 5명의 동일한 사람에 대해서 두개의 소비자직접거래 방식의 유전자 검사 서비스에 의뢰했더니 그 결과가 서로 상이했다는 내용이었다. 사람이 가진 유전정보는 같을텐데 그것을 해석하는데에 있어서 두 회사가 서로 다른 방법을 취하고 있기 때문에 이러한 결과를 초래하게 된것이다. 그럼 어떠한 부분에서 어떠한 차이가 존재하길래 이처럼 서로 다른 결과를 보여주는지에 대해서 한번 알아보자 유전자 검사 결..

Galaxy는 기본적으로 3가지 방법을 통해서 사용이 가능하다. 1) http://usegalaxy.org 웹사이트를 통해서 제공되는 클러스터를 사용하는 방법 2) 자신의 로컬 머신에 직접 설치해서 사용하는 방법 3) 아마존의 AWS를 통해서 사용하는 방법이다. 우선 첫번째 방법은 가장 접하기 쉬운 방법으로 별도의 설치나 머신이 없어도 가능한 방법이지만, Galaxy에서 제공하는 서버리소스를 사용하기 때문에 사용자가 많거나 커스터마이즈에 한계가 있다. 또한 현재 런닝하고 있는 작업에 대한 세밀한 정보 등이 제공되지 않는다는 단점이 있다. 우선 이들이 Galaxy를 서비스하기 위해서 어떠한 리소스를 사용하고 있는지 살펴보면, 헤드 노드(사용자들이 제출한 작업을 받아들이고 이를 잡을 수행하는 컴퓨터 노드에 ..

얼마전 유전자로 알아본 선조 결과에 발끈? 이라는 글을 쓴 적이 있다. 잠깐 요약하자면, 자신의 지놈 정보를 공개한 젊은이가 그것을 가지고 그의 조상 (선조)에 대한 분석 결과가 유대인에 대한 언급이 있자 이에 대해서 그럴일이 없다고 분석에 뭔가 문제가 있을것이라는 주장을 했지만, 유대인인 증조부 (greate-grandfather)가 19세기 폴란드에서 미국이로 이주해온 사실을 알게 되었다는 것이었다. 이는 우리에게 두가지 시사점을 안겨다 주는데, 첫째는 이제는 자신의 실명과 함께 자신의 지놈 정보를 공개하는 시대라는 점이다. 지금까지 인터넷을 통해서 자신의 사진, 거주지 또는 인터넷에서의 흔적을 찾을 수 있는 시대였지만, 이제는 그보다도 더욱더 사적인 지놈 정보가 포함되는 그런 시대라는 것이다. 두번..

오늘 KT의 클라우드 컴퓨팅 서버인 ucloud CS Public 서비스를 신청했다. Amazon의 AWS Management Console의 역활을 담당하는 클라우드 콘솔을 통해서 다음과 같이 서비스를 신청했다. 운영체제는 CentOS 5.4 64-bit로 아직까지 베타서비스인 관계로 ubuntu와 같은 다른 리눅스 배포판이나 아마존과 같이 커스터마이즈된 OS 이미지를 설치할 수는 없다. 각각 4코어와 2코어 8/2GB의 서비스를 신청했으며, 신청과 동시에 계정에 SSH를 통해 접속 가능한 암호를 메일로 보내 주는데 첫번째 신청한 4코어짜리 서버는 메일이 오지 않아 접속을 할 수가 없었다. -.-;; 이것저것 해 볼 것도 없이 장점과 단점을 바로 기술해 보도록 하겠다. 우선 내가 원하는 용도의 클라우드..

Amazon의 web services 중 Galaxy를 사용하기 위해 필요한 서비스는 Compute와 Storage 서비스로 Compute 서비스는 Amazon Elastic Compute Cloud (EC2)와 Amazon Elastic MapReduce가 존재하며, Storage 서비스는 Amazon Simple Storage Service (S3)와 Amazon Elastic Block Store (EBS)가 존재한다. 간단히 Compute 서비스의 EC2와 Storage 서비스의 EBS에 대해서 살펴본 후 다음편에서 실제 Galaxy를 아마존의 클라우드 서비스에 연결하도록 하겠다. Amazon Elastic Compute Cloud (EC2) Amazon Instance EC2는 Amazon의 핵..

Population sequencing of two endocannabinoid metabolic genes identifies rare and common regulatory variants associated with extreme obesity and metabolite level - population 기반의 candidate gene의 ngs를 이용한 sequence 기반의 association 연구 논문 Backgroud의 첫 문장은 다음과 같이 시작한다. "During the past decade, the search for the underlying genetic of complex traits and diseases in human has been focused on common DNA ..

지난 10월 BMC의 Genome Biology에서 'Beyond the Genome' 이라는 주제의 컨퍼런스에서 클라우드 컴퓨팅과 지노믹스라는 주제의 워크샵이 있었습니다. BioMed Central Blog에서는 이 워크샵에 대한 내용을 잠깐 언급하고 있는데, 실제 가보지는 않았지만 제목이나 연사들을 보면서 현재 외국에서 어떠한 방향으로 genome과 클라우드를 언급하고 있는지 살펴볼 수 있는 좋은 기회일듯 싶어 간단히 언급하려고 합니다. High Throughput (고효율) 기술 중 단연 NGS는 데이터의 생산량이나 시간면에서 다른 어떤것들 보다 현재 이슈화 되있는게 현실입니다. 하지만 NGS 이전에도 많은 Bio 데이터가 생산되었고 이에 따른 컴퓨팅 리소스나 스토리지 리소스 또한 대두되었던것은 사..

Genomeics & Cloud의 두 번째 시간이 왔습니다. 바로 클라우드 컴퓨팅쪽으로 가려고 했지만 galaxy를 이용한 genome 분석에 대해서 하나만 더 이야기 하고 Amazon의 클라우드로 넘어가려고 합니다. 저번 시간에는 기본적인 galaxy의 사용에 초점을 맞추어 진행했는데 오늘도 저번과 galaxy의 기능에서는 추가되는 내용은 없지만 실제 아프리카의 부시맨 데이터를 가지고 진행을 하도록 하겠습니다. - 마찬가지로 galaxy 홈페이지에 Screencast에 있는 내용입니다. 1980년 개봉된 영화 부시맨, 주인공 니카우씨는 2003년 07월 돌아가셨네요. 이번 분석에 사용된 부시맨들은 니카우씨 연배의 분들입니다. 아프리카 남부의 부시맨 올해초 아프리카 남부의 부시맨(Khoisan, 코이산종..

Personal Genome (PG) 분야는 다음의 두 기관에서 주도적으로 진행하고 있습니다. A highly annotated whole-genome sequence of a Korean individual, nature 2009 논문을 통해 AK1에 대한 full genome sequencing을 수행한 서울대학교의 Genome Medicine Institute에서 진행하고 1) Asian Genome Road 와 The first Korean genome sequence and analysis: Full genome sequencing for a socio-ethnic group, Genome Research 2009 논문을 통해 김성진(SJK)에 대한 full genome sequencing을 수..