blogging 277

생물학 데이터 포맷 GFF(Gene-Finding Format)

GFF, GBrowser File Format?? ^^, General Feature Format, Gene-Finding Format이라고 알려져있다. 자세한 GFF 문서는 여기에 나와 있다. 생물학 데이터를 표현하고 서로 교환하기 위한 데이터 포맷으로 GBrowse 등에서 사용되고 있다. GBrowse는 의 한 부분으로 앞서 언급한 GFF의 지원 이외에도 다양한 특징을 가지고 있다. 그 중에서 두드러진 특징은 바로 데이터의 공유라고 할 수 있다. GMOD에서는 GMOD Community Meeting과 GMOD Summer School등과 같은 지속적인 행사를 갖고 있는데, summer school의 경우 3일간에 걸쳐 실제 GMOD의 GBrowser 등을 vmware상에서 설치하고 설정도 해보고 또..

blogging 2008.09.25

묵묵히 나를 돕고 있는 놈들

보이지도 않는 벽 한 구석에서 열심히 파란빛을 발산하는 Airport,, USB 프린터와 스피커(아이튠)를 무선으로 연결해서 사용하는 기능도 있지만, 아쉽게도 USB 프린터와 그 흔한 스피커가 없기에 ^^;; 왠지 스태들러 제품을 갖고 있으면, 공부??가 잘 되는 느낌이 든다. 왜일까?? 원래 레고 시계에 같이 있던 축구선수였는데, 공은 어디로 도망가고 항상 책상위에서 나를 쳐다보신다. 그리고 맥북이 이상 소리없이 나를 은근히 돕고 있는 녀석들 되겠다. ^^

blogging 2008.09.24

너 자신을 알라! 구글 창업자도 안다.

구글의 세르게이 브린이 개인 블로그(http://too.blogspot.com)를 개설했다는 기사를 어제 보게 되었다. 역시나(아내 사랑??) 첫 글의 주제는 바로 파킨슨 병[1][2](질병에 대한 정보를 얻고 싶다면 firefox 플러그인을 설치해서 사용하면 편리합니다.)에 관한 내용이었다. 어머니가 파킨슨 병에 걸렸고, 자신 또한 그병에 취약하다는 내용의 글이었다. 이러한 정보는 바로 세르게이의 부인이 일하고 있는 23andMe에서 알아냈겠지 ^^;; 이제는 이러한 유전정보는 세르게이와 같이 일반 개인들의 관심사가 되어가고 있다. Common sense for our genomes 23andMe의 핵심 가치(Core Value) 중 "We believe that your genetic informat..

blogging 2008.09.20

요즘 작업 환경은 어떠신가요?

추석 명절도 끝나고 일을 하려고 키보드를 두드리지만, 자꾸 엄한 웹페이지만 돌아다니고 있다. 무슨 추석이 끝났는데도, 왜 이리 더운지 -.-;; 일하기 정말 싫다. 어쨌거나 일은 해야해야하니,,, 여기서 잠깐 요즘 작업환경을 간단하게 소개하고 넘어가려고 한다. 일도 하기 싫은데 잘됐다. ^^;; 요즘은 웹 프로그래머가 되어버렸다. 간단하게 php와 prototype, jquery, google maps api, mysql을 가지고 전형적인 웹 프로그래머가 되어 버렸다. ^^;; 테스트를 위한 테스트 서버에 웹서버를 올리고 작업하고 있는데, 처음에는 무턱대고 ssh로 접속해서 vi를 통해서 코드를 작성하고 있었다. 그러다가는 그림 파일을 편집할 경우 scp로 다운받아서 수정하고 다시 scp~~ 왜 이리 콘..

blogging 2008.09.17

이건 뭐라고 해야 하는 건가요?

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터에서는 슈퍼컴퓨팅 소식지를 발간하는데요, 저 역시 책자로 받아서 잘 읽고 있습니다. 요번 여름호에서는 "시스템 생물학과 슈퍼컴퓨터', 계산유전체학과 병렬 프로그래밍', '슈퍼컴퓨터를 사용한 가상세포연구', 'KISTI Bioworks 시스템소개' 등의 생물학 관련 글들이 많이 올라와서 재미있게 읽고있는데, 뭔가 어디서 많이 본듯한 내용이 보이기 시작했습니다. 이번호 소식지 표지 이 기사는 KISTI에서 만든 Bioworks 시스템을 소개하는 글입니다. 여기서 국내외의 생물학 워크플로우들을 소개하는 부분이 나옵니다. 제 블로그의 글과 소식지의 글을 나란히 열거해봤습니다. 한번 찬찬히 ^^;; 읽어보세요. KISTI 소식지의 BioWMS 내용 2007년 제 블로그에 올린 글의 내용 K..

blogging 2008.09.12