단맛만좋아요

lordmiss님의 블로그를 보다가 갑자기 USB 메모리 사진을 찍어줬다. 메모리 한쪽의 빨간점은 두개의 USB를 구분하기 위한 표식으로 당구공의 그것에서 아이디어를 얻었다. ^^ 고광일 교수님의 친필 사인 질병네트워크 ^^;; 감기는 왜 안떨어지는지,,, 자취생활에 귤까지 먹고 있구만,,,

UCSC, NCBI MapViewer, Ensembl과 같은 많은 Genome Browser들을 통해서 생물학 실험자들은 고급?의 프로그래밍 경험 없이도 genomic 영역을 시각화할 수 있지만 이들만을 가지고는 부족하기 때문에 여전히 프로그래밍과 데이터베이스를 다룰 줄 알아야 한다. 그러나 어느 정도까지는 프로그래밍 경험이 부족한 실험자들에게 서열데이터, 서열 정렬, 기능에 대한 주석등을 다룰 수 있도록 여러가지 방법을 통해 사용자들이 기존에 존재하는 소스로 부터 데이터를 모으고 간단한 인터페이스를 통해서 데이터를 결합, 계산, 원하는 것만 추출, 시각화, 서열 정렬, 결합, 삽입, 추출 등의 작업을 할 수 있게 해 줄 수 있도록 한다면 어떨까? genome browser 및 기타 데이터 소스로 부터 ..

저번주 금요일까지 Processing 1.0 버전이 윈도우건 맥이건(리눅스에서는 잘 됨 ^^) 실행이 되지 않아서 이리저리 고생하다가 오늘 아침에 혹시나 하고 들어가 보니 1.0.1버전으로 업데이트 되어있었다. 헉 잘된다. Processing 프로그래밍 환경 Processing은 오픈소스 프로그래밍 언어이자 프로그래밍 환경으로 애니메이션, 이미지 프로그래밍을 하고 싶은 사람들을 위한 것이다. 자바 기반으로 간단한 문법으로 자신이 원하는 이미지나 애니메이션을 뚝딱 만들 수 있다. Flickr의 Processing 그룹이나, Processing을 가지고 괴물 만들기를 보면 대충 어떤것들을 할 수 있는지 알 수 있을겁니다. Processing으로 만든 괴물 이미지 - up/down, left/right 키를 ..

예전에 다음의 포스팅을 통해서 고려대학교 고광일 교수님의 논문과 질병네트워크에 대해서 언급한적이 있다. 질병 네트워크 - 알츠하이머와 천식 천식과 관련된 protein interation 네트워크 질병 네트워크 오늘 센터 세미나 시간에 고광일 교수님을 초정했는데 PNAS 논문의 Fig. 13.의 멋진 그림 포스터를 잔뜩 가지고 오셨다. 2박스를 보내줘서 아직 남아 있다고 하시면서,,, ^^;; 감사합니다. 인간질병네트워크의 일부분으로서 복잡계 연구의 주요 방법론 중 하나인 복잡계 네트워크 이론을 생체계에 적용한 예이다. 둥근 노드는 유전질환을, 네모난 노드는 유전자를 나타낸다. 어느 유전자의 돌연변이가 특정 유전질환의 발현에 연관되면 이 유전자와 유전질환이 링크로 연결된다. 노드의 색깔은 서로 다른 질병..

23andMe의 경우 약 60만개의 SNP을 제공하는 Illumina의 HumanHap 550+ BeadChip을 사용하고 있다는군요. 아래 사진은 백만개의 SNP를 제공한는 Illumina의 chip입니다. 동료인 김군이 하나 가져왔네요 ^^ 물론 이미 사용한거구요. 가격이 만만치 않다는군요 : ) 인간의 전체 3억개 서열 중에 천만개 정도로 추정되는 SNP에서 백만개를 한번에 찍어낼 수 있는거죠. Archon X PRIZE for Genomics에서는 100명을 10일안에 genome당 만달러의 비용으로 시퀀싱하는 팀에게는 천만달러의 상금을 내걸기도 했습니다만,,, ^^;;

한번쯤 읽어 두면 좋을 듯 - 경제도 안좋고, 법적으로도 문제가 많을 수 있지만, 점점 다가가다 보면 ^^;; Personalized Medicine, Version 1.0 My Genome, Myself: Seeking Clues in DNA Company Offers Genome Assessments 23AndMe Will Decode Your DNA for $1,000. Welcome to the Age of Genomics Google and Microsoft Want Your DNA Your Genome, Your Heath: Personalized Testing Poised to Go Mainstream Human Genome Pioneer and Open-Source Junkie Enters..

가끔 외국의 슬라이드 자료나 블로그를 읽다보면 사전에도 없는 단어가 튀어나오면 바로 위키피디아로 다려가고는 합니다. NYT가 선정한? 2007년도 신조어라는데 몇 가지 간추려 봤습니다. "I-repoter들에 의해 글로벌 위어딩 현상이 포착되면서 기업의 칩 서스테이너빌리티 오피서의 역할이 중요해지기 시작했다. 이러한 현상은 크라우드소스를 통해 해결책이 제시되어 베이컨을 통해 전파되지만 이것들은 이메일 뱅크럽시로 취급되곤 한다." 도대체 무슨말일까요?? (좀 말은 안되지만 짧은 글짓기를 한번 해봤습니다. -.-) 이 글을 읽으면 대충 무슨 소리인지 알 수 있을겁니다. ^^;; crowdsource를 위키피디아에 찾아보니 citizen science라는 단어도 보이네요 ^^ 인터넷과 Web2.0의 개방과 참..

아시는 분들은 이미 다들 아시겠지만, 튜토리얼 워크샵입니다. Hadoop 설치 트랙과 MapReudce 프로그래밍 트랙으로 나뉘어져 진행됩니다. 28일 금요일이고 아직 시간과 참여인원제한이 남아있으니 참고 하세요 ^^;;

우선 첫번째로 구글의 Gmail 계정이 있어야 합니다. Gmail 계정이 있다면 http://mail.google.com 대신에 https://mail.google.com으로 접속합니다. 안되신다면 다음의 주소들로 시도해 봅니다. http://www.gmail.com 또는 https://www.gmail.comhttp://gmail.com 또는 https://gmail.comhttp://m.gmail.com 또는 https://m.gmail.comhttp://googlemail.com 또는 https://googlemail.comhttp://mail.google.com/mail/x/ 또는 https://mail.google.com/mail/x/자 이제 Gmail에 접속이 가능하다면, 한메일이과 네이버 메..

1. 대전에는 눈이 온다고 한다. 서울은 그저 춥기만 한데,,, 2. O|B|K 홈페이지에 대해서 끄적끄적 거리기,,, 3. Hadoop의 HDFS에 NCBI의 nt 데이터에 약간의 변형을 주고(하나의 서열이 하나의 라인이 되도록) 올렸는데, 하드디스크가 full나 버려서 남는게 없는 노드들이 생겨버렸다. 이런,,, 그것도 모르고 자꾸 job이 fail나 버리는것만 바라보았다. 4. 네이처 바이오인포매틱스 그룹에 23andme 서비스에 대해 어떻게 생각하냐고 뜬금 없이 질문을 올렸다. -.-;; 오늘의 교훈! 돌다리도 두들겨 보고 건너자. 로그는 꼭꼭 챙겨보자! 시작한 일 꼭 마무리하자 당신(나) 아니면 안된다. 그러니 니가 솔선수범해라!