단맛만좋아요

13 난쟁이 Berkeley에서 발표한 The Landscape of Parallel Computing Research: A View from Berkeley를 보면 난쟁이(Dwarf)라는 개념을 이용해서 병렬 컴퓨팅 환경에서 어플리케이션들을 집합을 가지고 통신 및 전산 공통 패턴에 대해서 정리하고 있다. 핵심적인 것은 17p~19p에 걸쳐서 총 13개의 Dwarfs와 각각의 Dwarfs들이 Embedded Computing, General Purpose Computing, Machine Learning, Graphics/Games/Databases에서 어떠한 형태로 발현? 되는지를 요약하고 있다. 또한 2008년도 자신의 연구에 대한 문서를 보면 각 Dwarfs(Motif라는 표현)와 컴퓨팅분야, 자신..

지금까지 살아오면서, 부모님께서 넌 하는짓이 할아버지랑 똑같냐,,, 라는 말은 자주 들었다. 내 동생에게 그런 말씀을 하시는건 한번도 보지 못했는데 말이다. 유독 형제중에 왜 나만 그런 소리를 자주 듣게 되는지 여기 그 증거?중 하나가 있다. 바로 23andMe... 할어버지인 Fred, 그리고 아버지인 Greg, 그리고 그의 두 아들 lan, Alan 이들의 유사성을 비교한 그림을 보면 큰아들 lan(첫번째 있으니까 큰 아들인것 같다 ^^)이 작은 아들보다 할아버지와 더 유사하다. ^^;; 나도 할아버지의 데이터가 있다면,,, 나중에 후손을 위해서라도 내 유전정보를 남겨야 하는것인가?? Mendel 가족

오늘도 모니터링에 대한 이야기인데요, 모니터링 대상이 조금 바뀌었습니다. 바로 질병입니다. 예전에 HealthMap(Global Dsease Alert Map)이라는 서비스에 대해서 언급한적이 있는데요, 이 서비스는 ProMED Mail, WHO, Google News 등등 수많은 웹사이트에서 질병에 대한 정보를 모아서 이를 구글맵에 보여주는 서비스입니다. 10월 초에 조류독감에 대한 내용들이 우리나라에 보고되고 있지만, 안심 수준인 주황색입니다. 서비스는 간단한데, 이를 구축하는것은 꽤나 복잡합니다. 20,000여개의 웹 사이트의 정보를 나타내는 ProMED Mail 등의 14개의 소스로 부터 질병정보, 지리정보, 질병대상 등등의 정보를 수집하고 이를 자신들이 이미 만들어 놓은 딕셔너리를 통해 카테고리..

이것저것 복잡하고, 바쁘다는 핑계로 포스팅 주기가 점점 느려지네요 ^^;; 오늘은 클러스터의 job 모니터링과 @Home 서비스에서 사용할 수 있는 대시보드 위젯을 소개하려고 합니다. 그동안 Mac을 사용하면서도 위젯은 별로 사용하고 있지 않았는데, 오늘 살펴볼 두 개의 위젯 때문에 위젯의 매력에 푹 빠져 버렸습니다. Xgrid@Stanford Widget Xgrid는 Mac에서 Grid 서비스에 사용하는데 필요한 것으로 아마도 SGE의 역활을 하는것으로 알고 있습니다. Xgrid에 묶인 클러스터들의 CPU 성능, 프로세서 정보, 에이전트 정보 등을 게이지 형태로 보여주고 있습니다. 이러한 정보는 Xgrid에서 제공하는 유틸리티를 통해서 모으고 이를 XML 형태로 만들어 위젯에서 XML 정보를 파싱해서 ..

VMware Fusion with SAMSUNG SSD 64GB from HongChangBum on Vimeo. 넉넉해진 SSD 용량덕에 외장하드가 아닌 로컬에 VMware 이미지를 넣고 실행해봤습니다. ^^;; XBench 결과도 좋고, 무엇보가 체감속도는 MTRON의 그것과 별반차이도 없고~ 이것으로 왠만한 넷북의 가격을 훌쩍 넘어버리는 금액이 맥북에 들어갔지만 결코 후회스럽지 않을듯?? XBench로 SSD의 성능도 측정해봤는데, 다른 SSD들과 별다른 차이없이 제 속도를 내는군요.

예, 달아 주었습니다. 오늘 아침에 포스팅한것처럼 더이상 노트북은 없고 대신 기존의 맥북 블랙에게 MTRON의 16GB SSD 대신 삼성의 64GB SSD를 달아주고 있습니다. 지금 열심히 OS 설치중이고, 성능에 대해서는 간단하게 다음번에 MTRON과 비교해서 포스팅하겠습니다. 간단히 겉모습은 스뎅 재질??의 고급스러움이 삼성제품에서는 풍기는 반면 MTRON은 플라스틱 재질이죠,, 감상해 볼까요? 맥북에 들어가기전의 삼성 64GB SSD ^^;; 나란히 한컷~ 향후 넷북을 구입하면 16GB는 넷북에 쏘옥~ 자! OS 설치중입니다. 보이시나요 64GB SSD

오늘 새로운 맥북과 맥북프로가 발표되면서 기존의 맥북 화이트의 경우 애플코리아의 경우 백만원대에 아직 존재하지만,,, 제가 쓰고 있는 맥북 블랙의 경우 이제 역사속으로 사라지게 되었네요 ^^;; 맥북을 쓰는 이유가 비교적 저렴한 가격에 맥북을 통해서 맥OS를 사용할 수 있다는 점에 끌려서 맥을 쓴지도 이제 몇년이 흘렀겄만,,, 오늘 출시된 맥북들은 국내 가격이 이백만원이 훌쩍 넘어버리네요,, 가장 싼 신형 맥북의 경우 $1,299인데 국내 가격은 209만원이니,,, 환율 때문에 어쩔 수 없는 것이겠지만,,, 외국 나가서 달러라도 벌어야하는건지 기대에 미치지는 못하지만 새로운 맥북이 발표되어 기분 좋게 하루를 시작하나 했더니 가격 때문에 -.- 이제 바꿀때가 되어서 요번 새로운 맥북으로 교체해볼까 생각했지..

제목이 좀 이상한데,,, 일본의 보석산업에 대해서 이야기 할 것은 아니라는건 눈치채셨겠죠 ^^;; 일본의 Open Bio의 간략한 리뷰를 할까 해서 입니다. 왜 일본이냐구요,,, 그야 뭐 어쩔수 없는 벤치마킹 모델이라고 할 수 있겠죠 ^^;; 자! 반짝반짝 루비입니다. 루비는 일본에서 태어났죠, 일본의 유키히로 마치모토가 만든 언어로서 좀 더 자세한 내용은 국내 루비 페이지에서 확인해보시면 됩니다. 이러한 루비에서도 Bio Perl이나 Bio Python과 같은 Bio Ruby가 존재하는데요, Bio Ruby가 바로 Open Bio Japan에서 주도적으로 만들어 지고 있다는 것입니다. 단지 만드는것에 그치지 않고 지속적으로 OBF, BOSC와 연결되어 운영중이라는 점입니다.(BOSC에서 매년 BioRu..

간단하게 Gbrowse만 설치하고 데이터가 없다면, 공개된 DAS 서버의 데이터를 가져와서 자신의 Gbrowse에 보여 줄 수 있다. 물론 자신의 데이터를 DAS를 통해 공개(DAS 서버의 역할을 하겠죠)할 수도 있다. 간단하게 config 파일에 다음과 같이 feature 부분에 remote feature로 해서 DAS 서버의 주소를 입력하면 해당 DAS 서버의 데이터를 가져와서 보여준다. Gbrowse Config 파일에 [teset]섹션을 만들고 feature를 remote feature로 해서 DAS서버의 주소를 입력한다. 위에서 지정한 Variation 트랙에 das test를 선택해주면,,, Reomote DAS 서버의 데이터가 das test 부분에 보여진다. 이렇게 외부의 DAS 서버를 활..

Gbrowse에서는 GFF 형식의 데이터를 불러 들여 이를 MySQL 데이터베이스에 넣어서 관리한다. 본 글에서는 데이터를 GFF데이터를 읽어 MySQL에 넣는 방법과 MySQL에 저장된 데이터는 어떤 테이블에 어떤 구조로 들어가는지를 살펴보고, 쿼리를 통해서 MySQL에 저장된 데이터를 불러와 이를 Visualization하는 일련의 과정에 대해서 살펴보도록 하겠다. 1. GFF 데이터를 MySQL에 입력하기 BioPerl 패키지에는 GFF 형태의 데이터를 Gbrowse에서 사용할 수 있도록 MySQL에 넣어 주는 bulk_load_gff.pl 파일을 이용하면 된다. # bulk_load_gff -c -d dbi:mysql:gbrowse_db --user root --password passwd --g..