유전자정보분석 127

유전자 지도 완성과 인터넷 유전자 테스트

한국인 유전자 지도의 완성이라는 기사와 함께 몇몇 기사를 언뜻 보면 조만간 모든 질병을 정복될것처럼 느낄수도 있었을 것이다. 그런 이유에서인지 "한국인 유전자 지도 완전 해독 했지만,,,진단 치료까지는 머나먼 길"이라는 기사가 나왔다. 이러한 상황에서 잠깐 23andMe와 같은 인터넷 유전자 검사? 서비스는 어떻게 받아들여야 할지에 대해 잠깐 한번 짚어보려고 한다. 영국의 INDEENDENT 지의 "Home genetic test: How much do your really want to know?" 라는 기사를 보면 병원에서 이루어지던 유전자 검사가 이제는 인터넷을 통해 손쉽게 할 수 있는 환경이 되어가고, 이러한 서비스들이 내세우는 "자신의 삶과 건강은 본인이 알아야한다(23의 핵심가치중 하나가 바로..

한국인 유전체 지도 첫 완성의 의미

오늘 포털 사이트 및 언론사에 올라온 기사 중 재미있는게 나와서 잠깐 소개하려고 한다. 이길여암당뇨연구원의 원장인 김성진 박사의 유전체 염기 서열을 완전 해독했다는 기사였다. 여기서 중요한 것은 바로 유전체 염기 서열을 완전 해독, 그리고 그것이 한국인이라는 것이다. 이제까지 DNA 이중나선 구조 해석으로 노벨상을 수항한 제임스 왓슨 박사로 15억원(2008년), 셀레라를 창립한 크레이그 벤터 박사 1000억원(2007년 발표), 중국의 양 후안밍 박사(2008년 발표)로 전체 시퀀스 데이터가 공개된 사례로는 세계적으로도 다섯 손가락안에 들게 되었다. 이것을 가지고 크게 3가지 부류의 기사가 나왔다. 1. 한국인 유전체 지도의 첫 완성에 초점을 둔 기사 2. 너무 성급하게 공개한 것 아니냐? 라는 기사 ..

유전자정보분석 2008.12.05 (7)

개인용 Genome 브라우저

(맞춤형 개인 의료, 개인 Genome 서비스, Google Health, 23andMe) 논문에서나 볼 수 있는 내용들이 점점 나(개인)에게 실질적으로 다가오고 있다. 이런 상황에서 자신의 Genome 정보를 시각화하고 다른 정보와 결합해서 보여주는 Genome Browser 또한 개인(연구용이라기 보다 좀 아는 일반인)에게 맞추어져야 할것이다. 제임스 왓슨 박사의 개인 Genome 브라우저 - 이런건 일반인에게 필요 없지,,, 만약 23andMe에서 Ensembl이나 UCSC Genome Browser에 개인의 정보를 추가해서 보여준다면 일반인들은 질색을 할 것이다. 그럼 개인의 입장에서 한번 살펴보자. 나는 나의 Genome 정보를 가지고 있다. 그럼 이것만 가지고는 그 어떤 정보도 찾을 수가 없다..

SNP Browser 작업

10,000명에 대한 각각의 500,000개의 데이터 즉, 10,000 x 500,000의 속이 꽉찬 매트릭스가 탄생하게 된다. 여기서 원하는 것들만 뽑아내서 지지고 볶고 다듬는 작업,, sparse matrix도 아니고 ㅜㅜ. 여기서 우선 DB에 넣고 원하는 값만을 뽑아내는 작업을 해봤는데, 프로그램 작성시 DB에 대해서 연결을 해줘야 하고, 인덱스에 테이블 쪼개기, 하드웨어 최적화 등등의 작업까지 모두 해보았지만, 별로 맘에 들지 않는다. 간단한 질의를 수행했지만 6분정도의 시간이 소요 간단하게 말해 10,000 x 500,000 매트릭스 내용을 보여주는 브라우저 - 현재 프로토타입 단계 자세한건 나중에 ^^ 브라우저야 어느정도의 시간을 감수하면서 DB에 넣을 데이터들을 만들었지만, 저 데이터를 가지..

유전자정보분석 2008.09.10 (4)

설문조사 중간 결과

약 이주전에 간단한 설문조사(아직도 유효하니까, 설문에 참여해 주세요 ^^)를 수행한 결과의 중간 점검 자료입니다. 궁금해 하실까봐? 설문의 내용은 이것저것 잡다한 것들이 있었는데, 그중 4가지만 중간 결과를 한번 내봤습니다. 첫 번째는 자신의 분야에 대한 질문이었는데, IT 분야가 70%로 압도적으로 많았습니다만, 생물정보학과 생물학이 각각 20, 10%를 차지하고 있습니다. 두 번째는 클러스터나 슈퍼컴퓨터를 사용하느냐는 질문인데, 60%가 사용하고 있지 않는다는 응답이 나왔고 기타로는 쓰기 쉽다는 전제하에 사용한다는 응답도 나왔습니다. 세번째 질문은 자신의 (연구)분야에서 데이터의 크기에 대한 질문인데, 90%가 커져간다는 응답을 했습니다. 마지막으로 자신이 주로 사용하는 프로그래밍 언어에 대한 질문..

유전자정보분석 2008.08.26 (6)

유전자와 교육과정 개발

하버드 대학교의 W.E.B Du Bois 연구소-아프라카인과 아프리카계 미국인 연구(W. E. B. Du Bois Institute for African and African American Research)-의 헨리 루이스 게이츠 Jr. thwkddms 2000년 처음 유전자 검사를 받은후 유전자 검사를 통해 아프리카 혈통을 추적하기를 주장해왔다는군요( 헨리 소장의 사진을 보면 흑인인데, 유전자 검사 결과는 유럽 혈통이 발견되었다고 하네요 ^^). 뭐 이전에 23andMe에서도 자신의 혈통을 추척하는 서비스가 있기는 한데,,, 그는 단순히 이것으로 끝나는 것이 아니라, 흑인과 소수 민족 아이들에게 역사와 과학을 가르치는데 학생들이 그들의 유전자의 배경이 되는 지식을 공부하고 자신들의 계보를 재구성하는 ..

간단한 설문조사

일전에 BioBlogRSS 글 중에서 Bioinformaticszen의 글을 보게 되었습니다. Bioinformatics Career Survey 2008을 통해 설문조사를 수행하고 그 결과를 발표한 내용의 글 이었는데, 제목에서 알 수 있듯이 Carrer에 대한 설문이었습니다. 그 글에서 착안해서,, 데이터의 증가(본 내용은 lordmisss님의 화학정보학 블로그의 글 - 데이터의 홍수가 과학적인 방법을 필요없게 만들 것인가?를 참고하세요 ^^)와 이에 관련한 컴퓨팅 이슈에 대한 틀을 잡고자 본 설문을 만들게 되었습니다. 뚜렷한 목적은 없지만, 향후 세미나 및 정책 결정^^;; 등에 활용할 계획입니다. 많은 참여 부탁드리겠습니다. ^^ 로드 중입니다...